|
|
Webový nástroj pro rychlou genotypizaci bakteriálních kmenů
Kaňoková, Martina ; Nykrýnová, Markéta (oponent) ; Vítková, Helena (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tvorbou algoritmu pro detekci zvolených genů rezistence a virulence. První část představuje genotypizační metody, zmiňuje jejich využití spolu s výhodami a nevýhodami. V další části jsou představeny některé z bioinformatických nástrojů, které lze pro genotypizaci použít. Praktická část pak tyto nástroje využívá. Dále je v praktické části představena vlastní webová aplikace umožňující určení sekvenčního typu spolu s detekcí genů virulence a rezistence v bakteriálním genomu.
|
|
|
Laboratorní databáze pro katalogizaci bakteriálních vzorků
Podrazký, David ; Bezdíček, Matěj (oponent) ; Vítková, Helena (vedoucí práce)
Správné nakládání s výsledky typizačních metod pro klasifikaci bakterií má zásadní význam pro diagnostiku a sledování šíření infekcí v nemocničním prostředí. Řešením pro jejich správu je relační databáze. Problémem je ukládání velkého množství vícerozměrných dat kvůli variabilitě typizačních metod. Současně je potřeba přizpůsobit práci s databází požadavkům konkrétního zdravotnického zařízení. Tato práce popisuje návrh a tvorbu relační databáze pro Centrum molekulární biologie a genetiky ve FN Brno. Pojednává o klíčových krocích při vývoji databáze, včetně strukturování dat, tvorby tabulek a relací a návrhu uživatelského rozhraní.
|
|
|
Online Database of Bacterial Sequence and Melt Types
Františová, Zuzana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
|
|
|
Advanced Computational Methods for Increasing the Discriminatory Power of Genotyping Methods
Nykrýnová, Markéta ; Budinská, Eva (oponent) ; Hrabák,, Jaroslav (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This dissertation aims at developing new computational methods to increase the discriminatory power of genotyping methods. The main focus is on distinguishing closely related bacterial strains, e.g. from the same hospital or ward. The first part of the thesis describes current typing methods and new approaches to identify genetic markers with high levels of sequence variability that contribute to distinguishing bacterial populations better. The proposed methods are based on the entropy signal calculation and analysis of unmapped reads. The second part of the thesis deals with designing new methods for raw nanopore sequencing data processing; thus, it can be used for rapid high-sensitivity bacterial typing without the need to convert current signals into nucleotide sequences. Overall, this dissertation contributes to the improvement and refinement of routine typing methods by utilizing the proposed bioinformatics approaches and presenting a unique application for experimental nanopore sequencing in rapid genotyping and bacteria analysis.
|
|
|
Online Database of Bacterial Sequence and Melt Types
Františová, Zuzana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
|
host ::
RSS.