|
|
Functional characterization of plant EXO70 exocyst subunit isoforms and their membrane targeting mechanisms
Sekereš, Juraj ; Potocký, Martin (vedoucí práce) ; Jaillais, Yvon (oponent) ; Ischebeck, Till (oponent)
Souhrn Váčkový poutací komplex exocyst patří mezi hlavní regulátory buněčné polarity eukaryot. Tento proteinový komplex propojuje sekretorické váčky s plazmatickou membránou a reguluje vznik cis SNARE komplexu, jehož formování pohání fúzi membrány váčku s cílovou membránou. Výzkum funkce komplexu exocyst u kvasinkových a savčích buněk ukázal, že dvě z jeho osmi podjednotek, SEC3 a EXO70, poutají komplex k plazmatické membráně díky přímým interakcím se specifickými proteiny a membránovými fosfolipidy. Podjednotka exocystu EXO70 je v genomech krytosemenných rostlin kódována velkým počtem paralogů, v případě modelových rostlin huseníčku a tabáku se jedná o více než 20 genů. Rozdílné izoformy EXO70 pravděpodobně tvoří součást funkčně odlišných typů komplexu exocyst a regulují jejich zacílení do rozličných membránových domén, jelikož specifické interakce periferních membránových proteinů s různými fosfolipidy obecně přispívají k nasměrování proteinů do cílových organel a membránových domén. Tato práce se zaměřuje na funkci specifických interakcí proteinů a lipidů v rámci regulace buněčné polarity u rostlin a přispívá k objasnění rozmanitosti izoforem podjednotky exocystu EXO70 v rostlinných buňkách. Úvodní přehledné články přinášejí recentní shrnutí souhry proteinů a lipidů v ustálení membránových domén...
|
|
|
Studium vybraných podjednotek komplexu exocyst u rostlin a jejích interaktorů v autofagické dráze
Rácová, Denisa ; Žárský, Viktor (vedoucí práce) ; Wilhelmová, Naďa (oponent)
Exocyst je pútací proteínový komplex, ktorý je evolučne konzervovaný v živočíšnych, kvasinkových, ale aj rastlinných bunkách. Má dôležitú úlohu v riadení bunkovej morfogenézy a polarity. Funkciou tohto pútacieho komplexu je naviazať sekrétorickú vezikulu na správne miesto v plazmatickej membráne v predposlednom kroku exocytózy. Tento proces je pre fungovanie a prežitie bunky esenciálny. Ďalším dôležitým procesom prebiehajúcim v bunke, na ktorom sa podieľa exocyst je autofágia. V rastlinách má podstatnú úlohu v odpovedi na hladovanie, stárnutie, abiotický a biotický stres a dôležitú úlohu tu hrá podjednotka exocystu v Arabidopsis thaliana Exo70B1. RabG3b je malá GTPáza, ktorá má pozitívnu úlohu v iniciácii autofágie v Arabidopsis. Preto sa v tejto práci zaoberám interakciou tejto aj niektorých ďalších RabGTPáz s podjednotkami komplexu exocyst Exo70B1, Exo70B2 a Exo84b. Ďalej som sa v tejto práci venovala zmenám morfológie topnolastu pri indukcii a inhibícii autofágie a pri indukcii tvorby a ukladania antokyánov v Arabdopsis thaliana.
|
|
|
Studium vybraných podjednotek komplexu exocyst u rostlin a jejích interaktorů v autofagické dráze
Rácová, Denisa ; Žárský, Viktor (vedoucí práce) ; Wilhelmová, Naďa (oponent)
Exocyst je pútací proteínový komplex, ktorý je evolučne konzervovaný v živočíšnych, kvasinkových, ale aj rastlinných bunkách. Má dôležitú úlohu v riadení bunkovej morfogenézy a polarity. Funkciou tohto pútacieho komplexu je naviazať sekrétorickú vezikulu na správne miesto v plazmatickej membráne v predposlednom kroku exocytózy. Tento proces je pre fungovanie a prežitie bunky esenciálny. Ďalším dôležitým procesom prebiehajúcim v bunke, na ktorom sa podieľa exocyst je autofágia. V rastlinách má podstatnú úlohu v odpovedi na hladovanie, stárnutie, abiotický a biotický stres a dôležitú úlohu tu hrá podjednotka exocystu v Arabidopsis thaliana Exo70B1. RabG3b je malá GTPáza, ktorá má pozitívnu úlohu v iniciácii autofágie v Arabidopsis. Preto sa v tejto práci zaoberám interakciou tejto aj niektorých ďalších RabGTPáz s podjednotkami komplexu exocyst Exo70B1, Exo70B2 a Exo84b. Ďalej som sa v tejto práci venovala zmenám morfológie topnolastu pri indukcii a inhibícii autofágie a pri indukcii tvorby a ukladania antokyánov v Arabdopsis thaliana.
|
|
|
Strukturně- a sekvenčně-závislá identifikace funkčně významných aminokyselin v proteinové rodině.
Peclinovská, Iveta ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Pleskot, Roman (oponent)
Skupina malých GTPáz tvoří přes dvacet proteinových rodin v super třídě P-loop a má v buňce velmi rozličné funkce. Malé GTPázy regulují tvorbu vezikulárních váčků, cytoskelet a jaderný transport. Podílejí se též na buněčné proliferaci a signalizaci. Cílem mé práce je nalézt významné aminokyseliny, které rodiny definují a navzájem od sebe odlišují. Zaměřuji se na rodiny Arf, Rab, Ran, Ras a Rho. U rodiny Rho se dále věnuji třídám Rho, Rac a Cdc42. Aminokyseliny budou identifikovány za pomoci vybraných bioinformatických programů Consurf a Sca5. Cílem je také otestovat specializovaný nástroj P2RANK vyvinutý na MFF UK Praha, který predikuje vazebná místa pro ligandy v jednotlivých rodinách. Nalezené aminokyseliny mohou mít velkou úlohu ve funkční divergenci jednotlivých rodin a tříd malých GTPáz a mohou být základem pro další studii věnující se např. rakovinnému bujení v buňkách. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Existují sekvenční determinanty funkční divergence GTPáz?
Kraus, Ondřej ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Potocký, Martin (oponent)
Malé GTPázy jsou významné proteiny ovlivňující řadu buněčných dějů. Ve své práci se zabývám porovnáním pěti nejvýznamnějších proteinových rodin malých GTPáz - Arf, Rab, Ran, Ras a Rho, abych identifikoval aminokyseliny zodpovědné za velkou funkční rozdílnost jednotlivých rodin. K jejich vzájemnému porovnání jsem využil strukturní data z databáze PDB a sekvence z databáze UniProt. Pomocí programu ConSurf a programu Sca5 jsem objevil dříve nepopsané skupiny aminokyselin specifických pro jednotlivé rodiny malých GTPáz. Na příkladu malých GTPáz jsem také provedl pilotní studii použitelnosti B-faktorů jako indikátorů síly vazby v proteinové struktuře. První výsledky nejsou zcela průkazné, ale ani použitelnost B-faktorů jako indikátorů síly vazby nevylučují. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Úloha GIT-PIX signálního komplexu při regulaci cytoskeletu
Beránek, Karel ; Dráber, Pavel (vedoucí práce) ; Libusová, Lenka (oponent)
3 Abstrakt Cytoskelet je buněčná struktura tvořená z proteinových vláken mikrofilament, středních filament a mikrotubulů. Tato vlákna jsou vysoce dynamická a mění své uspořádání a vlastnosti podle aktuálních potřeb buňky. Systém cytoskeletálních polymerů je regulován pomocí řady interagujících proteinů, mezi které patří i GIT proteiny. GIT proteiny se vyznačují velkým počtem interakčních domén a vytvářejí oligomery, které slouží jako "lešení" pro vazbu asociovaných proteinů. Napomáhají tak specifické subcelulární lokalizaci řady proteinů a jejich komplexů. GIT proteiny obsahují katalytickou ARF-GAP doménu, která reguluje funkce ARF GTPáz. S GIT proteiny interagují proteiny PIX. Ty slouží jako GEF faktory pro Rho GTPázy a regulují tak signální dráhy ovlivňující cytoskelet. Proteiny GIT a PIX spolu pomocí svých "coiled-coil" domén interagují a vytvářejí komplexy označované jako "GIT-PIX signální kazeta". Ta reguluje zejména mikrofilamenta při ustanovování buněčné polarity, tvorbě membránových výběžků a při pohybu a adhezi buněk. Výsledky publikované v posledních letech naznačují, že by GIT-PIX signální kazeta mohla hrát roli také při regulaci mikrotubulů. Klíčová slova Cytoskelet, GIT-PIX signální kazeta, GIT proteiny, malé GTPázy, mikrofilamenta, mikrotubuly, PIX proteiny, regulace cytoskeletu
|
host ::
RSS.