|
|
Stanovení hydraulických charakteristik půdy ve vybraném zájmovém území
Salač, Jan ; Doležal, Petr (oponent) ; Kameníčková, Ivana (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřená na problematiku měření a vyhodnocení hydraulických charakteristik půdy. V literární rešerši jsou rozebrány definice hydraulické vodivosti a retenční čáry půdní vlhkosti, jejich měření v laboratorních i polních podmínkách a předpověď těchto charakteristik pomocí pedotransferových funkcí. V praktické části diplomové práce je provedeno vyhodnocení hydraulické vodivosti půdy z experimentálních ploch v blízkosti obce Bohaté Málkovice. K měření v terénu se použily dvouválcové a minidiskové infiltrometry, v laboratoři pak permeametr s konstantním spádem. K vyhodnocení hydraulické vodivosti se použily fyzikální a empirické rovnice. Výsledky byly zpracovány početně, vyneseny do tabulky a porovnány.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
|
Stanovení hydraulických charakteristik půdy ve vybraném zájmovém území
Salač, Jan ; Doležal, Petr (oponent) ; Kameníčková, Ivana (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřená na problematiku měření a vyhodnocení hydraulických charakteristik půdy. V literární rešerši jsou rozebrány definice hydraulické vodivosti a retenční čáry půdní vlhkosti, jejich měření v laboratorních i polních podmínkách a předpověď těchto charakteristik pomocí pedotransferových funkcí. V praktické části diplomové práce je provedeno vyhodnocení hydraulické vodivosti půdy z experimentálních ploch v blízkosti obce Bohaté Málkovice. K měření v terénu se použily dvouválcové a minidiskové infiltrometry, v laboratoři pak permeametr s konstantním spádem. K vyhodnocení hydraulické vodivosti se použily fyzikální a empirické rovnice. Výsledky byly zpracovány početně, vyneseny do tabulky a porovnány.
|
|
|
Ab initio predikce struktury membránových proteinů
Sokol, Albert ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Plocek, Vítězslav (oponent)
Znalost trojrozměrné struktury proteinu je extrémně důležitá pro plné pochopení jeho funkce a molekulárních interakcí. Struktura je typicky určována experimentálně pomocí X-ray krystalografie a NMR spektroskopie, bohužel membránové proteiny často znamenají pro tyto metody vážný problém. Východiskem je výpočetní predikce na základě již zjištěných dat. Ab initio predikce trojrozměrných modelů membránových proteinů je komplexní proces, který nevyužívá žádnou dostupnou strukturu proteinu jako celkovou šablonu. Existuje pár softwarů, které se tímto procesem zabývají a vybrané čtyři jsou detailně popsány v této práci. Jedná se o dva programy pro predikci transmembránových helikálních proteinů (Rosetta, EVfold_membrane) a dva pro predikci transmembránových beta barelů (EVfold_bb, 3D-SPOT). Hlavní přístupy, které jsou využívány v predikci trojrozměrné struktury proteinu, jsou vkládání krátkých úseků sekvence aminokyselin, které jsou odvozené ze zjištěných proteinových struktur (Rosetta), využívání evoluční informace z mnoha jiných sekvencí proteinů (EVfold) a tvorba beta barelové domény na základě kombinování sousedních antiparalelních beta řetězců (3D-SPOT). Každý software používá různé externí programy na řešení specifických problémů, jako například predikce transmembránových úseků z pouhé sekvence nebo...
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
host ::
RSS.