|
|
Vliv enzymu ADAR1 na životní cyklus viru hepatitidy typu C
Kubů, Martin ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Virus hepatitidy typu C (dále jen HCV) je virus z čeledi Flaviviridae, jehož genom tvoří ,,+ RNA". Způsobuje onemocnění hepatitida typu C, kterým celosvětově trpí desítky milionů lidí. Ačkoli existuje léčba tohoto typu hepatitidy, nebyla dosud vyvinuta preventivní vakcína proti viru HCV. V minulosti byly publikovány nejednoznačné práce zabývající se vztahem HCV a enzymu deaminasy adenosinu účinkující na dvouvláknové RNA 1 (dále ADAR1). Tento dimerický, dvouvláknovou RNA vážící enzym je součástí vrozené imunity a svou enzymatickou aktivitou konvertuje adenosin na inosin, který je buněčnými mechanismy rozpoznáván jako guanin, což vede ve výsledku k mutacím v zasažené dsRNA molekule. Dosud publikované práce připisují enzymu ADAR1 v kontextu infekce virem HCV antivirální funkci. V těchto pracích ovšem nebyly použity vektory obsahující celý genom HCV a dosud také nebyla nikdy použita buněčná linie s delecí genu pro enzym ADAR1. Skutečný vztah enzymu ADAR1 a viru HCV tedy nebyl zatím spolehlivě ověřen. A právě pokus o hlubší porozumění vztahu viru HCV a enzymu ADAR1 byl cílem této diplomové práce. Pro tento úkol byly připraveny HCV permisivní buněčné linie Huh7.5 s delecí genu pro ADAR1. In vitro transkripcí plasmidu JFH1 obsahujícího kompletní genom HCV a následnou transfekcí této virové RNA byly...
|
|
|
Vliv deaminasy adenosinu v RNA na virovou infekci eukaryotických buněk
Kubů, Martin ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Dvouvláknová RNA, molekula běžně se v buňkách nevyskytující, je typickým znakem virových infekcí. Tato molekula také slouží jako substrát enzymů skupiny ADAR, které způsobují konversi adenosinu na inosin, který je obvykle následně rozpoznáván buněčnou mašinérií jako guanosin. Kromě této editační aktivity interagují enzymy skupiny ADAR i s různými buněčnými proteiny, jako například s komplexem Dicer a s protein kinázou R, což spolu s editací dsRNA ovlivňuje replikaci virů. V této práci jsou zpracovány informace o antivirální aktivitě enzymů skupiny ADAR a jejich vlivu na infekci vybraných, zejména lidských, virů.
|
|
|
The role of RNA-binding proteins in post-transcriptional gene regulation of Trypanosoma brucei
DIXIT, Sameer
This thesis characterizes RNA footprints of several RNA-binding proteins (RBPs) thatare involved in U-insertion/deletion, A-to-I, and C-to-U RNA editing in Trypanosoma brucei. Relying on iCLIP data and biochemical methods it shows that two paralogs proteins from the MRB1 complex regulate distinct editing fates of the mitochondrial transcripts. Further, this thesis provides evidence where the combinatorial interplay of RBPs might fine-tune the levels of edited mRNA. Finally, the presented thesis adds to the growing evidence of the importance of RBPs in post-transcriptional gene regulation.
|
|
| |
|
|
High-throughput analysis of uridine insertion and deletion RNA editing in \kur{Perkinsela}
DAVID, Vojtěch
This thesis is a follow-up of my Bachelor thesis about the mitochondrial genome of kinetoplastid protist Perkinsela sp. This work introduces a novel approach in high-throughput analysis method of uridine insertion and deletion RNA editing, describes its background and proposes its further development. Its effect on the interpretation of U-indel editing, both in Perkinsela and in general, is demonstrated via attached manuscript which also introduces other biologically relevant aspects of Perkinsela mitochondrion.
|
|
|
Assembly and annotation of a mitochondrial genome of kinetoplastid protist \kur{Perkinsela}.
DAVID, Vojtěch
This thesis is based on a collaborative project between Laboratory of Molecular Biology of Protists led by Prof. Julius Lukeš and the laboratory of John Archibald (Department of Biochemistry & Molecular Biology, Dalhousie University, Canada). My contribution to the project, as the name of the thesis suggests is to process DNA and RNA sequencing data from Neoparamoeba pemaquidensis isolate that correspond to the mitochondrion of Perkinsela, also called Ichthyobodo-related organism (IRO). The main aim is to characterize mitochondrial gene content and to attempt to understand the mechanism of U-insertion/deletion RNA editing in Perkinsela and its evolution.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.