|
|
Molekulárně genetická analýza vzácných onemocnění oka v romské populaci na území České republiky
Rysková, Natálie ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Klímová, Aneta (oponent)
Romové jsou největší a nejrozšířenější nadnárodní etnickou komunitou. Česká republika odhaduje jejich 2% zastoupení ve své populaci. Vzhledem k vysoké míře endogamie jsou spektrum a frekvence dědičných onemocnění v romské populaci odlišné od populace většinové. Hereditární onemocnění oka jsou jednou z nejčastějších příčin nevidomosti u dětí a mladších dospělých a představují tak významnou socioekonomickou zátěž. Cílem práce byla molekulárně genetická analýza dědičných onemocnění postihující zrak včetně kombinovaných vad a syndromů u jedinců romského původu a stanovení frekvence detekovaných patogenních variant v této populaci. Molekulárně genetická analýza 17 rodin byla provedena pomocí přímého a celoexomového sekvenování. V rámci mezinárodní spolupráce byla dále stanovena jejich vzájemná míra příbuznosti pomocí programu PLINK. Frekvence vybraných variant byla sledována na kontrolním souboru 156 romských exomů a genomů. Spektrum chorob v analyzovaném souboru zahrnovalo různé dystrofie sítnice, primární kongenitální glaukom, Usherův syndrom, neuronální ceroidní lipofuscinózu, Noonanův syndrom, nanoftalmus a syndrom kongenitální katarakty, faciálního dysmorfismu a demyelinizační neuropatie. Výsledky diplomové práce naznačují, že romská populace žijící na území České republiky má vyšší riziko vzniku...
|
|
|
Molekulární diagnostika fungálních patogenů z klinických vzorků
CIMICKÁ, Jana
Tato studie je zaměřena na optimalizaci a použití molekulárních metod v mykologické diagnostice. Pacientův život často závisí na včasné diagnostice, kterou běžné kultivační metody nemohou poskytnout. Řešením jsou pan-fungální primery ITS oblasti a sekvenování nové generace (NGS). Tyto metody byly použity pro fungální detekci z FFPE vzorků tkání od pacientů s ulcerózní kolitidou (UK), Crohnovou chorobou (CD) a 10 kontrol bez chronických zánětlivých změn ve střevní sliznici. Výsledky této studie mají tři úrovně. Za prvé, proces optimalizace upozornil na důležitost sterilní izolace DNA v laminárním boxu, který může zabránit kontaminaci fungálním rodem Malassezia spp. Za druhé, hrubá data ukázala vyvážený poměr Askomycet a Basidiomycet u CD vzorků podobný poměrům v negativních kontrolách, zatímco UC vzorky ukázaly vyšší zastoupení Askomycet oproti ostatním skupinám. Za třetí, podrobná data zobrazila fungální rody Malassezia, Cladosporium a Toninia ve všech skupinách vzorků, zatímco rod Candida byl nalezen jen v UC vzorcích a rody Engyodontium a Ramularia byly nalezeny v CD vzrocích. Závěrem, mykobiom hraje roli v idiopatických střevních onemocněních; ačkoliv jeho složení je stále diskutabilní. Optimalizace pan-fungální nested PCR a NGS pomohla se zavedením mykologické diagnostiky z FFPE vzorků v Bioptické laboratoři s.r.o. a nyní se používá pro diferenciální diagnostiku.
|
|
|
Molekulární diagnostika ptačích schistosom při nákaze přirozených i náhodných hostitelů
Šteiger, Vladimír ; Kašný, Martin (vedoucí práce) ; Dvořák, Jan (oponent)
Ptačí schistosomy rodu Trichobilharzia patří mezi významné původce kožní hypersenzitivní reakce zvané cerkáriová dermatitida. Tito parazité využívají jako mezihostitele plicnaté plže z čeledi Lymnaeidae, a jako definitivní hostitele především kachnovité ptáky. První larvální stádium, miracidium, ve vodě aktivně vyhledává a penetruje mezihostitelského plže, ve kterém se vyvíjí v mateřskou sporocystu. Vytvářejí se dceřiné sporocysty migrující do hepatopankreatu plže, kde dochází k asexuální produkci velkého množství cerkárií. Ve vodním prostředí cerkárie opouští mezihostitele, aktivně vyhledávají a penetrují do kůže definitivního hostitele. V jeho těle dospívají a produkují vajíčka. Cerkárie však mohou penetrovat do kůže savců, včetně člověka, kde dochází k jejich rychlé eliminaci imunitním systémem za vzniku zánětlivé reakce. Dosud neexistuje spolehlivá metoda, která by u lidí byla schopná odlišit cerkáriovou dermatitidu od jiných hypersenzitivních kožních reakcí a zároveň pomocí které by bylo možné spolehlivě diagnostikovat trichobilharziózu u kachen. Hlavním cílem této práce bylo, za použití molekulárních metod diagnostikovat nákazu ptačími motolicemi u experimentálně nakažených přirozených (kachen) i náhodných hostitelů (myší, lidí). Za účelem optimalizace experimentů byla pomocí konvenční PCR...
|
|
|
Motolice Aporocotyle simplex ze svalbardských platýzů Hippoglossoides platessoides.
HÁJKOVÁ, Šárka
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala motolicemi z platýzů Hippoglossoides platessoides, získaných během expedic na Svalbard v letech 2014 a 2018. Cílem bylo morfologické a molekulární zpracování přivezeného materiálu, díky němuž se mi podařilo potvrdit determinaci nalezených motolic jako Aporocotyle simplex Odhner, 1900. Je to často se vyskytující parazit platýzů, a to především u Hippoglossoides platessoides, dále pak u Limanda limanda a Pleuronectes platessa. Druh A. simplex je geograficky rozšířen v zálivu sv. Vavřince v Kanadě, na západním pobřeží Švédska, v Barentsově a Beringově moři, u pobřeží Kamčatky a Grónska. Z mých výsledků vyplývá, že druh A. simplex je rozšířen i na Svalbardu. V praktické části jsem se zabývala metodami, které mi pomohly charakterizovat zkoumané vzorky. Pozorovala jsem povrchové struktury motolice prostřednictvím skenovacího elektronového mikroskopu SEM JEOL JSM-7401F. Vnitřní orgány byly zviditelněny použitím Mayerova-Schubergova karmínu, což mi umožnilo zhotovit nákres motolice s využitím světelného mikroskopu (Olympus BX51) vybaveného kreslícím zařízením. Dále jsem provedla izolaci DNA s využitím komerčního kitu Exgene Tissue SV mini (GeneAll). Izolovaná DNA (gen pro velkou ribozomální podjednotku, 28S rRNA) byla amplifikována pomocí PCR, získané PCR produkty byly sekvenovány na automatickém sekvenátoru (ABI Prism 3130xl nebo 3730xl, firma SEQme). Nově získané sekvence (celkem tři) byly alignovány v programu Geneious 8.0.5 se sekvencemi dostupnými z GenBanku (64 sekvencí). Fylogenetická analýza vztahů v rámci druhů čeledi Aporocotylidae byla provedena metodou maximální věrohodnosti (Maximum Likelihood) s uživím modelu TPM2u+F+G4 jako nejlepšího. Aporocotyle simplex spadá do samostatné větve společně s A. michaudi, od kterého se však výrazně odlišuje svou morfologií (rozmístění a počet tělních ostnů ve shluku, počet varlat, poměr délky jícnu k délce těla) a zeměpisným rozšířením (A michaudi se vyskytuje v jižním Atlantském oceánu).
|
|
|
Molekulární diagnostika ptačích schistosom při nákaze přirozených i náhodných hostitelů
Šteiger, Vladimír ; Kašný, Martin (vedoucí práce) ; Dvořák, Jan (oponent)
Ptačí schistosomy rodu Trichobilharzia patří mezi významné původce kožní hypersenzitivní reakce zvané cerkáriová dermatitida. Tito parazité využívají jako mezihostitele plicnaté plže z čeledi Lymnaeidae, a jako definitivní hostitele především kachnovité ptáky. První larvální stádium, miracidium, ve vodě aktivně vyhledává a penetruje mezihostitelského plže, ve kterém se vyvíjí v mateřskou sporocystu. Vytvářejí se dceřiné sporocysty migrující do hepatopankreatu plže, kde dochází k asexuální produkci velkého množství cerkárií. Ve vodním prostředí cerkárie opouští mezihostitele, aktivně vyhledávají a penetrují do kůže definitivního hostitele. V jeho těle dospívají a produkují vajíčka. Cerkárie však mohou penetrovat do kůže savců, včetně člověka, kde dochází k jejich rychlé eliminaci imunitním systémem za vzniku zánětlivé reakce. Dosud neexistuje spolehlivá metoda, která by u lidí byla schopná odlišit cerkáriovou dermatitidu od jiných hypersenzitivních kožních reakcí a zároveň pomocí které by bylo možné spolehlivě diagnostikovat trichobilharziózu u kachen. Hlavním cílem této práce bylo, za použití molekulárních metod diagnostikovat nákazu ptačími motolicemi u experimentálně nakažených přirozených (kachen) i náhodných hostitelů (myší, lidí). Za účelem optimalizace experimentů byla pomocí konvenční PCR...
|
host ::
RSS.