|
|
Demonstrace vybraných grafových algoritmů
Galanská, Katarína ; Martiško, Jakub (oponent) ; Křivka, Zbyněk (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá úpravou architektúry existujúcej aplikácie pre demonštráciu a vizualizáciu vybraných grafových algoritmov. Cieľom práce je rozdeliť aplikáciu do viacerých modulov a umožniť ľahšiu rozšíriteľnosť. K modularizácií je využívaná technológia OSGi. Vysvetlené sú jej princípy, ktoré sú následne využité k návrhu a implementácií modulov. V rámci novej architektúry je implementovaná podpora viacjazyčnosti programu využitím Eclipse Plugin internacionalizácie. Pri tvorbe modulov grafových algoritmov sú využívané OSGi služby, pomocou ktorých je možné do programu dynamicky pridávať moduly a registrovať ich služby počas behu programu. Implementácia zahŕňa aj tvorbu nových modulov pre Primov, Kruskalov, Edmondsov Karpov a upravený Hierholzerov algoritmus. Beh simulácií nových algoritmov je otestovaný na sade vytvorených grafov.
|
|
|
Návrh implementace MST protokolu do prostředí univerzitní sítě
Zigmund, Martin
Zigmund, M. Návrh implementace MST protokolu do prostředí univerzitní sítě. Bakalářská práce. Brno: Mendelova univerzita, 2023. Tato bakalářská práce se zabývá návrhem implementace MST protokolu do univerzitní sítě. Tato implementace je provedena na základě analýzy protokolu MST a aktuálního stavu počítačové sítě Mendelovy univerzity v Brně. Na základě poskytnutých informací je vytvořeno domácí a univerzitní modelové zapojení testované v domácí i univerzitní síti. Na modelových zapojeních je testována konvergence, STP zabezpečení a také samotná migrace protokolu na novější verzi. Na základě provedených testů je sestaveno několik návrhů k provedení migrace protokolu a jak by mohla univerzitní síť vypadat při implementaci a následném používání MST protokolu. Výsledkem práce je ověření skutečnosti, že lze úspěšně používat novější typ STP současně se staršími verzemi a migraci tohoto protokolu lze dosáhnout různými způsoby.
|
|
|
Modulace interakcí interleukinů a jejich receptorů
Nepokojová, Tereza ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent)
Skafoldy jsou proteiny s vysokou konformační stabilitou, díky kterým mohou být do určitých úseků proteinu zaváděny vícečetné mutace. I přes tyto mutace zůstává celková strukturální integrita proteinu zachována, stejně tak jeho fyzikálně-chemické vlastnosti. Mutacemi získává daný skafold nové vlastnosti, přičemž ve většině případů se jedná o vazebnou specifitu vůči předem určené molekule. Hlavní výhodou skafoldů je malá velikost, stabilita, nízká výrobní cena a snadnost přípravy. Skafold, se kterým bylo v této práci pracováno, je unikátní tím, že měl navržené dva vazebné povrchy, na kterých mohl být mutován. Každý z obou vazebných povrchů je možné nezávisle mutovat tak, aby na nich vzniklo vazebné místo pro jiný protein. V našem případě šlo o mutace vedoucí k vazbě dvou různých receptorů lidského cytokinu. Mutace se provádí pomocí kvasinkového displeje, jednou z metod řízené evoluce. Předmětem této diplomové práce je přenesení vazebných proteinů z kvasinkového expresního systému do systému bakteriálního, jejich produkce a purifikace a jejich následná charakterizace pomocí vybraných biofyzikálních metod. Pomocí těchto metod byla hodnocena stabilita struktury vazebných proteinů, jejich teplotní stabilita a vazebná afinita vůči oběma receptorům. Širším cílem projektu, jehož je tato práce součástí, je...
|
|
|
Strukturní biologie receptoru NKp44 a jeho ligandu PCNA
Herynek, Štěpán ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Kubíčková, Božena (oponent)
Součástí imunitního systému nejen člověka jsou tzv. NK buňky (z anglického natural killer cells). Úkolem těchto buněk, které jsou složkou nespecifické imunity, je vyvolat apoptózu u buněk tělu vlastních, které jsou hrozbou pro organismus (například buňky napadené viry či rakovinné buňky). K rozpoznání cílových buněk slouží NK buňkám povrchové receptory. Receptorů je dnes známa celá řada a jejich dělení vyplývá například z podobnosti jejich struktur, nebo povahy signálu, který zprostředkovávají NK buňkám. Podle toho rozlišujeme receptory aktivační a inhibiční. Inhibiční receptory potlačují NK buněčnou odpověď, zatímco receptory aktivační tuto odpověď vyvolávají. Během kontaktu NK buňky s jinou buňkou je výsledné chování NK buňky vždy výsledkem určité rovnováhy odpovědí receptorů aktivačních i inhibičních. Receptor NKp44 je imunoglobulinový receptor. Tento receptor je mezi ostatními receptory velmi ojedinělý z mnoha hledisek, například i proto, že je spojen jak s aktivačním, tak inhibičním motivem. Ligandem tohoto receptoru je jaderný antigen proliferujících buněk (PCNA). PCNA je svorkový protein důležitý mimo jiné během replikace DNA, při které ukotvuje ostatní proteiny replizómu. Tato práce je zaměřena na rekombinantní přípravu receptoru NKp44 (protein PCNA byl již připraven dříve) a studium...
|
|
|
Demonstrace vybraných grafových algoritmů
Galanská, Katarína ; Martiško, Jakub (oponent) ; Křivka, Zbyněk (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá úpravou architektúry existujúcej aplikácie pre demonštráciu a vizualizáciu vybraných grafových algoritmov. Cieľom práce je rozdeliť aplikáciu do viacerých modulov a umožniť ľahšiu rozšíriteľnosť. K modularizácií je využívaná technológia OSGi. Vysvetlené sú jej princípy, ktoré sú následne využité k návrhu a implementácií modulov. V rámci novej architektúry je implementovaná podpora viacjazyčnosti programu využitím Eclipse Plugin internacionalizácie. Pri tvorbe modulov grafových algoritmov sú využívané OSGi služby, pomocou ktorých je možné do programu dynamicky pridávať moduly a registrovať ich služby počas behu programu. Implementácia zahŕňa aj tvorbu nových modulov pre Primov, Kruskalov, Edmondsov Karpov a upravený Hierholzerov algoritmus. Beh simulácií nových algoritmov je otestovaný na sade vytvorených grafov.
|
|
|
Studium interakcí DNA-vazebné domény proteinu FOXO3 s nízkomolekulárními látkami
Dolejš, Vojtěch ; Obšilová, Veronika (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Tato diplomová práce je součástí projektu, jehož cílem je vývoj nízkomolekulárních látek schopných inhibovat interakci lidského transkripčního faktoru FOXO3 s DNA. Hlavním cílem této diplomové práce je charakterizace interakcí DNA-vazebné domény proteinu FOXO3 (FOXO3-DBD) s nízkomolekulární látkou S9, která inhibuje vazbu FOXO3-DBD na DNA pomocí různých biofyzikálních technik, jako je NMR, mikrotermoforéza a nativní elektroforéza. Transkripční faktory FOXO jsou důležité a evolučně konzervované regulační proteiny, které se účastní mnoha důležitých buněčných dějů. Aktivita FOXO proteinů je regulována posttranslačními úpravami, z nichž nejdůležitější jsou fosforylace, acetylace a ubikvitinace. Forkhead transkripční faktory zastávají značný počet různých buněčných funkcí a účastní se mnoha buněčných signálních drah. Jejich exprese může probíhat tkáňově specificky. Obsahují asi 100 aminokyselin dlouhou DNA-vazebnou doménu složenou z několika částí. Mezi jejich funkce patří regulace buněčného cyklu a apoptózy, proliferace a diferenciace buněk, kontrola metabolismu a regulace protistresové odpovědi. U nádorových buněk lymfoblastomu je resistence vůči chemoterapii zprostředkována právě vysokou aktivitou transkripčního faktoru FOXO3. Z tohoto důvodu je nutné hledat způsoby, jak cíleně potlačit funkci tohoto...
|
|
|
Příprava a charakterizace neutrální trehalasy pro strukturní studie
Šmídová, Aneta ; Obšilová, Veronika (vedoucí práce) ; Jiráček, Jiří (oponent)
Předkládaná diplomová práce je součástí projektu, jehož cílem je vyřešení struktury trehalasové domény neutrální trehalasy Nth1 pocházející ze Saccharomyces cerevisiae. Hlavním cílem této diplomové práce je příprava nových konstruktů kvasničné Nth1 a optimalizace jejich purifikačních protokolů, dále pak výběr nejvhodnějšího pufru pro hledání krystalografických podmínek pomocí metody diferenční skenovací fluorimetrie (DSF) a následná krystalizace připraveného proteinu. Další částí diplomové práce je stanovení enzymové aktivity Nth1 WT a jejích mutantních forem za přítomnosti proteinu Bmh1, dále pak ověření vazby trehalosy na vybrané konstrukty Nth1 pomocí DSF a mikrotermoforézy (MST) a následná krystalizace s trehalosou. Neutrální trehalasa se řadí mezi vysoce konzervované trehalasy, které byly objeveny v široké škále organismů. Tyto enzymy patří do třídy hydrolas, podskupiny glykosidas, hydrolyticky štěpí molekulu trehalosy na dvě molekuly glukosy. Trehalosa je přirozeně se vyskytující neredukující disacharid, který slouží v buňkách kvasinek jako zdroj uhlíku a energie a dále jako ochrana před stresy jako je např. tepelný šok. Hydrolýza trehalosy je životně důležitá pro létavý hmyz, neboť je přítomná jako hlavní cukerná složka hemolymfy hmyzu, proto inhibitory trehalas mohou být využity jako...
|
host ::
RSS.