|
|
A role of the 5' cap in Sm-class snRNA biogenesis
Petržílková, Hana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Abrhámová, Kateřina (oponent)
Malé jaderné RNA (snRNA) jsou hlavní složkou sestřihového komplexu - spliceozomu, který katalyzuje sestřih pre-mRNA. snRNA jsou produkovány složitým biogenním procesem, který zahrnuje modifikace snRNA a skládání snRNA do ribonukleoproteinových snRNP částic. Biogeneze snRNA také zahrnuje několik kroků kontroly kvality, které zaručují, že chybné snRNP částice nejsou využity ve spliceozomu. 5' trimetylguanosinová čepička (TMG) je jedna z důležitých struktur využívaná v kontrole kvality snRNA typu Sm. Tvorbu 5' čepičky na snRNA doprovází modifikace prvního přepisovaného nukleotidu, adenosinu, konkrétně jeho 2'-O-metylace a N6- methylace během transkripce. N6-metylace čepičky je později opět odstraněna demetylázou FTO. V této práci přináším nové poznatky o funkci modifikací 5' čepičky na snRNA. Ukazuji, že N6- demetylace je důležitým krokem pro správnou biogenezi snRNA, především pro biogenezi U2 snRNA. Dále prezentuji důkazy, že 5' čepička hraje roli v kontrole kvality snRNA, které jsou zkrácené na 5' konci. Naše data naznačují, že zkrácené snRNA nesou ve zvýšené míře nezralé monometylované čepičky a jsou vázány proteinovým komplexem IFIT1/2/3, který čepičky rozpoznává. Na základě našich dat odhadujeme, že biogeneze zkrácených snRNA je částečně pozastavena v jejích brzkých fázích a snRNA jsou odkloněny...
|
|
|
The function of 2'-O-methylated RNA in the context of viral infection
Potužník, Jiří ; Macíčková Cahová, Hana (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent)
RNA podléhá velkému množství post-transkripčních modifikací. 2'-O-metylace je přirozenou a nezbytnou modifikací RNA. Ovlivňuje její strukturu, reaktivitu a funkci. 2'-O- metylace je vysoce konzervovanou modifikací a je přítomná ve všech třech doménách života. Virová RNA využívá této modifikace k tomu, aby napodobila hostitelskou RNA a vyhnula se tak detekci hostitelským imunitním systémem. Existují dva hlavní mechanismy, pomocí kterých to 2'-O-metylovaná virová RNA dělá. Prvním způsobem je vyhnutí se rozpoznání pomocí pattern recognition receptoru Mda5. Mda5 dokáže rozpoznat nemetylovanou RNA jakožto nevlastní a následně spustit imunitní reakci. Druhým mechanismem je vyhýbání se a omezování efektorových molekul IFIT. Proteiny IFIT také dokáží detekovat nepřítomnost 2'- O-metylace na virové RNA a následně zabránit translaci virové RNA navázáním se na ternární komplex, který je nezbytný pro formaci ribozomu. Bylo dokázáno, že ovlivnění virové 2'-O- metylace může být využito pro tvorbu atenuovaných vakcín pro některá virová onemocnění. Klíčová slova: virová RNA, RNA modifikace, 2'-O-metylace, Mda5, IFIT, RIG-I-like receptors, epitranskriptomika, WNV, JEV
|
host ::
RSS.