|
|
Webový server pro predikci 3D struktury proteinu
Votroubek, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
|
Webový server pro predikci 3D struktury proteinu
Votroubek, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování.
|
host ::
RSS.