|
|
Dynamic metabolomic prediction based on genetic variation for Hordeum vulgare
Nemčeková, P. ; Schwarzerová, J.
Hordeum vulgare, like many other crops, suffers from the reduction of genetic diversity caused by climate changes. Therefore, it is necessary to improve the performance of its breeding. Nowadays, the area of interest in current research focuses on indirect selection methods based on computational prediction modeling. This study deals with dynamic metabolomic prediction based on genomic data consisting of 33,005 single nucleotide polymorphisms. Metabolomic data include 128 metabolites belonging to 25 Halle exotic barley families. The main goal of this study is creating dynamic metabolomic predictions using different approaches chosen upon various publications. Our created models will be helpful for the prediction of phenotype or for revealing important traits of Hordeum vulgare.
|
|
| |
|
|
Posttranslační modifikace proteinů a jejich role v klíčení rostlin
Berka, Miroslav
Posttranslační modifikace proteinů představují komplexní rozšíření diverzity proteomu a poskytují na transkripci nezávislou kontrolu buněčných procesů. Tato práce s názvem "Posttranslační modifikace proteinů a jejich role v klíčení rostlin" stručně pojednává o hlavních posttranslačních modifikacích, blíže rozebírá roli fosforylace proteinů v regulačních cestách rostlin a shrnuje obohacovací techniky využívané ve fosfoproteomice. Experimentální část popisuje vývoj a optimalizaci metod, které mohou být využity v monitorování posttranslačních modifikací v průběhu klíčení obilek ječmene (Hordeum vulgare L.), včetně frakcionace pletiv, ekvalizace proteomu a frakcionačních technik peptidů. Na závěr byly tyto metody použity při analýze účinku peroxidu vodíku na klíčení semen. Celkově bylo v jednotlivých frakcích identifikováno přes 1 400 proteinů. Kvantitativní profily byly stanoveny pro více než 880 proteinů (~60 %) a validované proteiny s rozdílně změněným množstvím by mohly objasnit potencionální mechanismus stimulačního účinku peroxidu vodíku. Peptidy, které by odpovídaly identifikovaným fosfoproteinům obilky, byly v tomto experimentu z velké většiny nezměřitelné a jejich kvantifikace by vyžadovala optimalizovanou cílenou analýzu.
|
|
|
Abiotické a biotické faktory ovlivňující klíčení rostlin
Berka, Miroslav
Klíčení semen a vývoj klíční rostliny je kritickou fází v životě rostlin. Tyto procesy jsou ovlivňovány spoustou vnitřních a vnějších faktorů, které mají vážný dopad na vitalitu a přežití rostlin. Biotické a abiotické faktory vedou k celé řadě změn nejen na vývojové, ale i molekulární úrovni. Složité molekulární mechanismy regulující tyto reakce nejsou ovšem zdaleka vyřešeny. Literární přehled shrnuje proces klíčení semen a nastiňuje úlohu vnějších podnětů na tento proces. Experimentální část popisuje vývoj metod pro monitorování klíčení, poskytuje nový pohled na roli peroxidu vodíku v klíčení a analyzuje efekt iontů kadmia, teploty, zasolení a sucha na proteom a metabolom klíčících obilek ječmene setého (Hordeum vulgare). Celkově bylo identifikováno více než 2000 proteinů a 800 metabolitů. Analýzy odhalily více než 95 potenciálních markerů abiotického stresu, včetně 63 proteinů a 36 metabolitů.
|
|
|
Hodnocení změn zásobních profilů zrna ječmene (Hordeum vulgare L.) v průběhu procesu sladování pomocí gelové elektroforézy
BINDER, Richard
Tato bakalářská práce se zabývá hodnocením změn profilů zásobních bílkovin zrna ječmene (Hordeum vulgare L.) v průběhu procesu sladování pomocí gelové elektroforézy. Analýzám byly podrobeny tři odrůdy jarního ječmene. Nesladovnická odrůda Herris a sladovnické odrůdy Radegast a Sebastian. V průběhu procesu sladování dochází k proteolýze a tím pádem ke změně spekter zásobních bílkovin zrna. Tyto změny zásobních bílkovin byly zachyceny a vyhodnoceny pomocí gelové elektroforézy, technikou SDS-PAGE, na základě změn molekulových hmotností v různých fázích procesu sladování. Dále byla pozorována hmotnost tisíce semen (HTS) před a po procesu sladování. Tyto výsledky byly statisticky vyhodnoceny.
|
|
| |
host ::
RSS.