|
|
Segmentace významných struktur v obrazových datech sítnice
Trojánek, Václav ; Mézl, Martin (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na segmentaci významných struktur v obrazových datech sítnice s cílem zlepšit diagnostiku a léčbu očních onemocnění. V práci jsou zkoumány a implementovány metody analýzy obrazů sítnice. Práce začíná přehledem anatomie oka a principů snímání očního pozadí pomocí fundus kamery a experimentálního video oftalmoskopu. Následuje podrobná literární rešerše zaměřená na aktuální metody detekce a segmentace diagnosticky významných struktur, jako jsou optický disk, žlutá skvrna a krevní cévy. Klíčovou částí práce je implementace a testování vybraných algoritmů, včetně Houghovy transformace pro detekci optického disku, OTSU prahování pro segmentaci krevních cév a detekci žluté skvrny na základě předchozí segmentace optického disku.
|
|
|
Dekonvoluce hemodynamické odezvy z dat fMRI
Bartoň, Marek ; Kolář, Radim (oponent) ; Havlíček, Martin (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o variabilitě HRF, která může mít v určitých případech zásadní vliv na výsledky detekce neuronální aktivace pomocí fMRI. Jsou popsány tři metody – kumulace, regresní dekonvoluce a metoda bikonjugovaných gradientů - které umožní odhadnout tvar HRF. V rámci simulací byla vybrána jako nejrobustější regresní metoda, která pro dekonvoluční odhad o délce 30 s využívá křivky B-spline 4. řádu. Dekonvoluční odhady byly využity jako modely HRF pro klasickou analýzu dat fMRI, konkrétně vizuální oddball pradigma, obecným lineárním modelem. Bylo pozororováno rozšíření lokalizovaných oblastí a výsledky byly po odborné konzultaci s vědeckými pracovníky neurologické kliniky vyhodnoceny jako relevantní. Také bylo vytvořeno v Matlabu programové prostředí, které umožnuje pohodlně pozorovat variabilitu HRF mezi jednotlivými oblastmi mozku.
|
|
|
Segmentace žil a tepen v sítnicových snímcích
Sedlář, Radek ; Kanich, Ondřej (oponent) ; Kavetskyi, Andrii (vedoucí práce)
Tato práce se zaměřuje na úvod do problematiky segmentace žil a tepen ze sítnicových snímků. Práce obsahuje srovnání nejpoužívanějších metod s jejich klady a zápory. Dále je navržena vlastní metoda pro segmentaci a rozdělení na žíly a tepny. Práce také obsahuje detailní popis implementace navržené metody a shrnutí jejich výsledků.
|
|
| |
|
|
Porovnání metod efektivní a funkční konektivity ve funkční magnetické rezonanci
Gajdoš, Martin ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Funkční magnetická rezonance (fMRI) je důležitá neurozobrazovací metoda, používaná ke studiu mozku. Cílem této práce je vytvořit softwarový nástroj pro porovnání dvou souměřitelných metod pro zjišťování funkční a efektivní konektivity ve fMRI datech. V této práci jsou shrnuty základní poznatky o zobrazování magnetickou rezonancí a o zobrazování pomocí fMRI. Dále se práce zabývá metodami funkční a efektivní konektivity, detailně metodami dynamického kauzálního modelování (DCM), analýzy nezávislých komponent (ICA) a Grangerova kauzálního modelování (GCM). V práci je představena praktická implementace metody DCM v toolboxu SPM a metody ICA v toolboxu GIFT. Následně se práce zabývá simulacemi pro porovnání souměřitelných metod DCM a GCM. Simulace jsou prováděny především za účelem zjištění chování modelů v závislosti na několika parametrech, čehož bylo dosaženo použitím Monte Carlo simulací. Ke konci práce je podrobně popsán návrh a realizace softwarového nástroje Connectivity_simulator, který umožňuje provést porovnání metod GCM a DCM na základě uživatelem specifikovaných vstupních parametrů simulace, a výsledky této simulace přehledně zobrazit.
|
|
|
Segmentace žil a tepen v sítnicových snímcích
Sedlář, Radek ; Kanich, Ondřej (oponent) ; Kavetskyi, Andrii (vedoucí práce)
Tato práce se zaměřuje na úvod do problematiky segmentace žil a tepen ze sítnicových snímků. Práce obsahuje srovnání nejpoužívanějších metod s jejich klady a zápory. Dále je navržena vlastní metoda pro segmentaci a rozdělení na žíly a tepny. Práce také obsahuje detailní popis implementace navržené metody a shrnutí jejich výsledků.
|
|
| |
|
|
Porovnání metod efektivní a funkční konektivity ve funkční magnetické rezonanci
Gajdoš, Martin ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Funkční magnetická rezonance (fMRI) je důležitá neurozobrazovací metoda, používaná ke studiu mozku. Cílem této práce je vytvořit softwarový nástroj pro porovnání dvou souměřitelných metod pro zjišťování funkční a efektivní konektivity ve fMRI datech. V této práci jsou shrnuty základní poznatky o zobrazování magnetickou rezonancí a o zobrazování pomocí fMRI. Dále se práce zabývá metodami funkční a efektivní konektivity, detailně metodami dynamického kauzálního modelování (DCM), analýzy nezávislých komponent (ICA) a Grangerova kauzálního modelování (GCM). V práci je představena praktická implementace metody DCM v toolboxu SPM a metody ICA v toolboxu GIFT. Následně se práce zabývá simulacemi pro porovnání souměřitelných metod DCM a GCM. Simulace jsou prováděny především za účelem zjištění chování modelů v závislosti na několika parametrech, čehož bylo dosaženo použitím Monte Carlo simulací. Ke konci práce je podrobně popsán návrh a realizace softwarového nástroje Connectivity_simulator, který umožňuje provést porovnání metod GCM a DCM na základě uživatelem specifikovaných vstupních parametrů simulace, a výsledky této simulace přehledně zobrazit.
|
|
|
Dekonvoluce hemodynamické odezvy z dat fMRI
Bartoň, Marek ; Kolář, Radim (oponent) ; Havlíček, Martin (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o variabilitě HRF, která může mít v určitých případech zásadní vliv na výsledky detekce neuronální aktivace pomocí fMRI. Jsou popsány tři metody – kumulace, regresní dekonvoluce a metoda bikonjugovaných gradientů - které umožní odhadnout tvar HRF. V rámci simulací byla vybrána jako nejrobustější regresní metoda, která pro dekonvoluční odhad o délce 30 s využívá křivky B-spline 4. řádu. Dekonvoluční odhady byly využity jako modely HRF pro klasickou analýzu dat fMRI, konkrétně vizuální oddball pradigma, obecným lineárním modelem. Bylo pozororováno rozšíření lokalizovaných oblastí a výsledky byly po odborné konzultaci s vědeckými pracovníky neurologické kliniky vyhodnoceny jako relevantní. Také bylo vytvořeno v Matlabu programové prostředí, které umožnuje pohodlně pozorovat variabilitu HRF mezi jednotlivými oblastmi mozku.
|
|
|
Heuristic model in joint EEG-fMRI analysis
Janeček, D.
This work deals with the joint EEG-fMRI analysis based on the heuristic model. There is described principle of the heuristic model which assumes that the BOLD (blood oxygen level depend) signal measured by fMRI (functional magnetic resonance imaging) is directly proportional to the spectral shift in the EEG signal. The paper describes algorithm of calculations which was implemented and tested on real data from 22 subjects. The study also monitors effect of different EEG information selection from electrodes of interest (averaging or principal component analysis).
|
host ::
RSS.