|
|
Výskyt lidských adenovirů v biologických vzorcích dýchacích cest u pacientů FN MOTOL
NOVÁKOVÁ, Veronika
Lidské adenoviry se vyskytují celosvětově a způsobují endemické a epidemické one-mocnění. Adenovirové infekce jsou spojeny s vysokou morbiditou a mortalitou zejména u pediatrických příjemců krvetvorných kmenových buněk. Bakalářská práce se zabývá srovnáním komerční a in-house soupravy na detekci lidských adenovirů. Cílí na zlepšení diagnostiky adenovirových infekcí ve Fakultní nemocnici v Motole, především u imunokompromitovaných pacientů, kde je včasná a přesná diagnostika důležitá. Teoretická část práce obsahuje charakteristiku adenovirů, jejich klinické projevy a ne-moci a využití při experimentální léčbě. Praktická část práce je zaměřená na screening vzorků dýchacích cest pomocí kvantitativní in-house soupravy a její porovnání s dříve provedenou detekcí pomocí komerční soupravy Anyplex TM II RV16. Přítomnost adenovirů byla testována v 1881 vzorcích od 1420 pacientů s příznaky respirační infekce pomocí real-time PCR. Celkem se adenovirus podařilo detekovat ve 187 vzorcích (9,9%) od 169 pacientů (11,9%). Sto vzorků (53,5%) bylo pozitivních oběma metodami, 26 (13,9%) jen pomocí komerční detekce a 61 (32,6%) pozitivních pouze in-house metodou. Adenoviry byly nejčastěji detekovány na Pediatrické klinice, Klinice dětské hematoonkologie, dále také u dospělých imunosuprimovaných pacientů z III. chirurgické kliniky a Kliniky anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny. U všech pozitivních vzorků byla provedena následně sekvenace hypervariabilního úseku 1-6 hexonového genu přičemž reprezentativní sekvenci k identifikaci se nám podařilo získat u 70 vzorků. Nejčastěji byly detekovány genotypy C2 (25,7 %), A31 (24,3 %), B3 (15,7 %) a C1 (11,4 %). Z 26 vzorků pozitivních pouze soupravou Anyplex TM II RV16, se podařila sekvenace u 3 vzorků, které byly identifikovány jako genotyp B3, naopak v případě vzorků pozitivních pouze in-house soupravou bylo z 61 vzorků identifikováno 15 vzorků jako genotyp A31 a 3 vzorky jako AdV skupiny C. Srovnání souprav ukazuje na nedostatečnou citlivost komerční soupravy Anyplex TM II RV16 pro detekci adenovirů.
|
|
|
Role komplexu Smc5/6 při DNA virové infekci
Protivová, Eliška ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Pokorná, Karolína (oponent)
Komplex Smc5/6 je eukaryotický proteinový komplex, který se spolu s kohezinem Smc1/3 a kondenzinem Smc2/4 podílí na zajištění stability genomu. K tomu přispívá svou účastí při organizaci a udržování chromozomových struktur a také při odpovědi na poškození DNA. Mimo to bylo zjištěno, že komplex Smc5/6 hraje významnou roli při virové infekci. Tato práce se zaměřuje na mechanismy interakce komplexu Smc5/6 s virovými DNA genomy, DNA intermediárními genomy a virovými proteiny. V případě HBV z čeledi Hepadnaviridae působí Smc5/6 jako restrikční faktor. Stejně je tomu tak u HSV-1 z čeledi Herpesviridae, virů z čeledi Papillomaviridae a HIV-1 z čeledi Retroviridae. Také byla objevena interakce komplexu Smc5/6 s JC virem z čeledi Polyomaviridae. Význam této interakce však zůstává nepochopen. Některé z výše zmíněných virů dokážou této restrikci zabránit. Konkrétně HBV protein HBx zprostředkovává proteazomální degradaci komplexu Smc5/6 či HIV-1 protein Vpr indukuje degradaci proteinu SLF2, který je zodpovědný za lokalizaci komplexu Smc5/6 na DNA intermediární genom HIV-1. Klíčová slova: komplex Smc5/6, oprava DNA, ATPáza, sumoylace, DNA viry, viry s DNA intermediárním genomem, inhibice, restrikční faktor
|
|
|
Role buněčných chaperonů Hsp70 a Hsp90 v životním cyklu virů s DNA genomy
Žáčková, Sandra ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Poláková, Ingrid (oponent)
Molekulární chaperony jsou proteiny, které umožňují jiným proteinům zaujmout nativní konformaci a jsou esenciální pro přežívání buněk. Chaperony z rodiny Hsp70 váží nově vznikající a stresem denaturované proteiny, zabraňují jejich agregaci a umožňují jim zaujmout správnou konformaci. Účastní se skládání i rozkládání oligomerů a podílí se na transportu proteinů přes membrány. Chaperony z rodiny Hsp90 se na rozdíl od Hsp70 neúčastní sbalování nově vznikajících a denaturovaných proteinů. Váží proteiny, které se nachází v téměř nativní konformaci a umožňují jim zaujmout konformace charakteristické pro vazbu ligandu či interakci s dalšími proteiny. Tyto vlastnosti předurčují chaperony k využití v průběhu replikačního cyklu virů s DNA genomy. Při virové infekci je translatováno velké množství proteinů, které vyžadují asistenci chaperonů pro zaujetí správné konformace a skládání do oligomerních a makromolekulárních struktur. Chaperony se kromě skládání částic také účastní transportu genetické informace do míst replikace, rozvolňování částice nebo se přímo podílí na replikaci virové DNA. Proto vývoj specifických inhibitorů proti chaperonům slibuje možnost využití proti širokému spektru virových infekcí bez rizika vzniku rezistence a mohl by být i vítaným řešením v případě vypuknutí infekcí způsobených...
|
host ::
RSS.