|
|
Structure and Function of the C-terminal Domain of the HsdR Subunit from the Type I Restriction-Modification System EcoR124
GRINKEVICH, Pavel
The Type I restriction-modification enzyme EcoR124 is a pentameric complex consisting of one specificity subunit, two methylation subunits and two motor subunits (HsdR) that can recognize specific DNA sequences and perform double-stranded DNA cleavage and modification. The HsdR subunit is responsible for ATP-dependent DNA translocation and DNA cleavage. Even though the first crystal structure of HsdR was obtained ten years ago, a large part of the C-terminus has not been resolved in any HsdR structures to date. This dissertation aims to elucidate its role within the HsdR subunit and the whole pentameric complex by solving the structure of the C-terminus by means of X-ray diffraction crystallography and explore its function using biochemical, microbiological, bioinformatical and computational methods.
|
|
|
Vliv heterodimerizace sestřihových variant metabotropního glutamátového receptoru 1a a 1b na nitrobuněčnou distribuci receptorových komplexů
Dvořáková, Michaela ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
L-glutamát je hlavním excitačním neuropřenašečem v centrální nervové soustavě (CNS) obratlovců, který může zprostředkovat synaptický přenos skrze ionotropní receptory nebo jej ovlivňovat prostřednictvím aktivace metabotropních glutamátových receptorů (mGlu receptory). Glutamátové receptory jsou jako přenašeče signálů v mozku nepostradatelné. Hlavní úlohou metabotropních glutamátových receptorů je zprostředkování pomalých excitačních a inhibičních odpovědí prostřednictvím aktivace druhých poslů a regulace vápníkových a draslíkových kanálů. Glutamatergní nervový přenos má vliv na synaptickou plasticitu, různé typy paměti, učení, motorickou koordinaci a neuronální vývoj. Na druhou stranu je však glutamát spojen s excitotoxicitou, která je jednou z příčin patogenity některých chronických neurodegenerativních chorob jako jsou Alzheimerova, Parkinsonova či Huntingtonova nemoc. Metabotropní glutamátové receptory mohou být terapeutickými cíli pro léčbu psychiatrických a neurologických onemocnění. Cílený transport membránových receptorů do různých částí neuronů podmiňuje neuronální polaritu a má tudíž nezanedbatelný vliv na přijímání a přenos extracelulárních signálů. Tato práce se zabývá skladbou metabotropního glutamátového receptoru 1, konkrétně potvrzuje heterodimerizaci sestřihových variant mGluR1a a mGluR1b ve...
|
|
|
The role of charged residues in the activation and modulation of the TRPA1 ion channel
Zímová, Lucie ; Vlachová, Viktorie (vedoucí práce) ; Doležal, Vladimír (oponent) ; Rokyta, Richard (oponent)
Důležitým receptorem pro detekci bolestivých podnětů je iontový kanál TRPA1 exprimovaný na periferních zakončeních nociceptivních neuronů, kde slouží k převodu fyzikálních a chemických signálů z okolí na signalizaci nervové soustavy. Snaha porozumět mechanizmům aktivace TRPA1 na molekulární úrovni je vedená snahou najít vhodné přístupy k léčení chronických bolestivých stavů u člověka. Naše práce se zaměřila na C-koncovou cytoplazmatickou doménu TRPA1 receptoru, kde jsme popsali možné vazebné místo pro vápník, který je nejdůležitějším modulátorem TRPA1. Díky kombinaci homologního modelování a molekulárně dynamických simulací s elektrofyziologickým měřením se nám podařilo navrhnout hypotézu, která vysvětluje molekulární podstatu dědičného bolestivého syndromu způsobeného bodovou mutací TRPA1. K objasnění principu napěťové aktivace tohoto receptoru jsme přispěli popisem aminokyselin na proximálním C-konci a v S4-S5 oblasti transmembránové domény, které se na napěťové aktivaci podílí. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
The role of charged residues in the activation and modulation of the TRPA1 ion channel
Zímová, Lucie ; Vlachová, Viktorie (vedoucí práce) ; Doležal, Vladimír (oponent) ; Rokyta, Richard (oponent)
Důležitým receptorem pro detekci bolestivých podnětů je iontový kanál TRPA1 exprimovaný na periferních zakončeních nociceptivních neuronů, kde slouží k převodu fyzikálních a chemických signálů z okolí na signalizaci nervové soustavy. Snaha porozumět mechanizmům aktivace TRPA1 na molekulární úrovni je vedená snahou najít vhodné přístupy k léčení chronických bolestivých stavů u člověka. Naše práce se zaměřila na C-koncovou cytoplazmatickou doménu TRPA1 receptoru, kde jsme popsali možné vazebné místo pro vápník, který je nejdůležitějším modulátorem TRPA1. Díky kombinaci homologního modelování a molekulárně dynamických simulací s elektrofyziologickým měřením se nám podařilo navrhnout hypotézu, která vysvětluje molekulární podstatu dědičného bolestivého syndromu způsobeného bodovou mutací TRPA1. K objasnění principu napěťové aktivace tohoto receptoru jsme přispěli popisem aminokyselin na proximálním C-konci a v S4-S5 oblasti transmembránové domény, které se na napěťové aktivaci podílí. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vliv heterodimerizace sestřihových variant metabotropního glutamátového receptoru 1a a 1b na nitrobuněčnou distribuci receptorových komplexů
Dvořáková, Michaela ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
L-glutamát je hlavním excitačním neuropřenašečem v centrální nervové soustavě (CNS) obratlovců, který může zprostředkovat synaptický přenos skrze ionotropní receptory nebo jej ovlivňovat prostřednictvím aktivace metabotropních glutamátových receptorů (mGlu receptory). Glutamátové receptory jsou jako přenašeče signálů v mozku nepostradatelné. Hlavní úlohou metabotropních glutamátových receptorů je zprostředkování pomalých excitačních a inhibičních odpovědí prostřednictvím aktivace druhých poslů a regulace vápníkových a draslíkových kanálů. Glutamatergní nervový přenos má vliv na synaptickou plasticitu, různé typy paměti, učení, motorickou koordinaci a neuronální vývoj. Na druhou stranu je však glutamát spojen s excitotoxicitou, která je jednou z příčin patogenity některých chronických neurodegenerativních chorob jako jsou Alzheimerova, Parkinsonova či Huntingtonova nemoc. Metabotropní glutamátové receptory mohou být terapeutickými cíli pro léčbu psychiatrických a neurologických onemocnění. Cílený transport membránových receptorů do různých částí neuronů podmiňuje neuronální polaritu a má tudíž nezanedbatelný vliv na přijímání a přenos extracelulárních signálů. Tato práce se zabývá skladbou metabotropního glutamátového receptoru 1, konkrétně potvrzuje heterodimerizaci sestřihových variant mGluR1a a mGluR1b ve...
|
host ::
RSS.