|
|
Molekulární testování nádorů hlavy a krku asociovaných s HPV infekcí
Glendová, Kristýna ; Staněk, Libor (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Nádory hlavy a krku (HNSCC) jsou vysoce heterogenní onemocnění, které je důsledkem dvou hlavních karcinogenů - tabáku a/nebo alkoholu, či infekcí HR HPV. Tato práce vycházela z 60 biopsií nádorů hlavy a krku zalitých do parafínu, po histologické verifikaci. Pomocí multiplex qPCR byla sledována HPV infekce, včetně konkrétních typů, v různých oblastech HNSCC. Následnou IHC se prokazovala exprese p16INK4A a p53 jako možný diagnostický biomarker. Na základě údajů, že pacienti s HNSCC mohou profitovat z antiEGFR terapie pomocí Cetuximabu, avšak doposud bez definovaných prediktorů, byla provedena analýza bodových mutací genů rodiny Ras (Kras, Nras) a Braf. Tyto mutace byly sledovány jako potenciální prediktivní biomarkery, spolu v korelaci s pohlavím, věkem a jinými rizikovými faktory. Pro veškeré statistické zpracování byl použit Chí-x2 test. Klíčová slova: Nádory hlavy a krku, biopsie, typy HPV, PCR, p16INK4A, p53, molekulární prediktory, Kras, Nras, Braf
|
|
|
Zavedení vyšetření mutace V600E v genu BRAF v klinické laboratoři
VÍTKOVÁ, Markéta
Rakovina kůže patří v dnešní době k velmi častým nádorovým onemocněním. Dokázáno je, že slunce a rakovina kůže spolu maximálně souvisí, a tak může postihnout kohokoliv, ale vyšší náklonnost vykazují lidé "světlých typů" s blonďatými nebo zrzavými vlasy, světlou kůží a velkým množstvím pih. Nejčastější lokalizace kožních nádorů je na místech, která jsou dlouhodobě vystavená slunečnímu záření oční víčka, nos, tváře, šíje, ramena a ruce. Nejčastějšími druhy rakoviny kůže jsou bazaliom, melanom a spinaliom. Cílem mé bakalářské práce bylo osvojení si teoretických poznatků ohledně rakoviny kůže, především o maligním melanomu. Maligní melanom se na rozdíl od ostatních epiteliálních nádorů jako je bazaliom nebo spinaliom nevyznačuje lokálním destruktivním růstem, ale nebezpečím časného hematogenního nebo lymfogenního metastazování. Maligní melanom metastázuje nejčastěji do lymfatických uzlin, ale vzdálené metastázy se mohou objevit i v kůži, plicích, mozku a gastrointestinálním traktu, převážně v tenkém střevě. Za biologickou příčinu maligního melanomu můžeme považovat přítomnost mutací. Jednou z nejvýznamnějších a nejvíce popisovaných mutací v souvislosti s maligním melanomem je mutace genu BRAF V600E, která se vyskytuje v pozici 1799 v oblasti kodonu 600. Mutace kodonu GTG>GAG vede k záměně valinu za kyselinu glutamovou. Aktivace mutovaného BRAF proteinu je výsledkem konformačních změn v jeho struktuře. Mutované V600E BRAF buňky nepodléhají apoptóze a stárnutí, což má za následek nekontrolovatelný replikační potenciál buněk. V600E BRAF mutovaný melanom pak uniká imunitní odpovědi organismu. V praktické části mé bakalářské práce bylo cílem osvojit si základní molekulárně biologické metody v genetické laboratoři. Především izolaci genomové DNA z bukálního stěru i periferní krve, přípravu a provedení PCR reakce, přípravu agarózového gelu a detekci PCR produktů pomocí gelové elektroforézy. Vyšetření mutace V600E v genu BRAF jsem prováděla pomocí metody PCR-ARMS. Principem této metody je použití čtyř různých primerů schopných detekovat mutovanou i nemutovanou sekvenci DNA během jednoho experimentu. Metodika byla převzata z práce Huang et al. (2013) a následně upravena pro potřeby laboratoře.
|
|
|
Molekulární testování nádorů hlavy a krku asociovaných s HPV infekcí
Glendová, Kristýna ; Staněk, Libor (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Nádory hlavy a krku (HNSCC) jsou vysoce heterogenní onemocnění, které je důsledkem dvou hlavních karcinogenů - tabáku a/nebo alkoholu, či infekcí HR HPV. Tato práce vycházela z 60 biopsií nádorů hlavy a krku zalitých do parafínu, po histologické verifikaci. Pomocí multiplex qPCR byla sledována HPV infekce, včetně konkrétních typů, v různých oblastech HNSCC. Následnou IHC se prokazovala exprese p16INK4A a p53 jako možný diagnostický biomarker. Na základě údajů, že pacienti s HNSCC mohou profitovat z antiEGFR terapie pomocí Cetuximabu, avšak doposud bez definovaných prediktorů, byla provedena analýza bodových mutací genů rodiny Ras (Kras, Nras) a Braf. Tyto mutace byly sledovány jako potenciální prediktivní biomarkery, spolu v korelaci s pohlavím, věkem a jinými rizikovými faktory. Pro veškeré statistické zpracování byl použit Chí-x2 test. Klíčová slova: Nádory hlavy a krku, biopsie, typy HPV, PCR, p16INK4A, p53, molekulární prediktory, Kras, Nras, Braf
|
|
|
Vývoj a validace nové metodiky pro obohacení a detekci cirkulující nádorové DNA u onkologických pacientů
Pláničková, Lenka ; Minárik, Marek (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Nádorová onemocnění jsou v celosvětovém měřítku jednou z nejčastějších příčin úmrtí, přičemž prognóza je obecně lepší, pokud je onemocnění diagnostikováno a léčeno včas. Protinádorová léčba je postupně posouvána od klasické chemoterapie s omezenou účinností a známými negativními vedlejšími účinky směrem k cílené biologické léčbě, která se používá, jsou-li zjištěny specifické genetické mutace. Součástí léčby nádorového onemocnění je také detekce následné progrese založená zejména na sledování nádorových biomarkerů. V současné době je stále více zkoumána možnost vyšetřování molekulárních markerů metodou tzv. tekuté biopsie, na kterou byla tato práce zaměřena. Hlavním cílem práce byl experimentální vývoj a validace metody záchytu ctDNA ze vzorků krevní plazmy na základě detekce vybraných somatických mutací. Vývoj a optimalizace systému založeného na principu denaturační kapilární elektroforézy probíhaly na vzorcích pozitivních na mutace onkogenu KRAS, následně byla provedena klinická část výzkumu na pilotním souboru 21 vzorků krevní plazmy. Na závěr práce byla metoda optimalizována pro detekci markerů BRAF a EGFR. Dílčím cílem práce bylo ověření klinické využitelnosti zvýšením citlivosti detekce a tím i podílu záchytu pacientů v pokročilém stádiu onemocnění. Výsledky práce naznačují možnost využití...
|
|
|
Verification of somatic mutations important for neuroectodermal tumors (CTNNB1, BRAF, ALK)
Hrindová, Božidara ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Janatová, Markéta (oponent)
Diplomová práca bola zameraná na dôkaz vybraných somatických mutácií u génov ALK (Anaplastic lymphoma receptor tyrosine kinase), BRAF (v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1) a β-katenín (CTNNB1) prostredníctvom molekulárno - genetických metód v cieľovej skupine neuroektodermálnych nádorov (neuroblastóm, meduloblastóm, nádory mozgu, paragangliom a feochromocytóm). Niektoré z nich sú už považované za prognostické ukazovatele, ktoré napomáhajú určiť podtyp jednotlivých malignít a na základe tejto molekulárno - biologickej klasifikácie výber správnej liečby. Pre analýzu bol použitý genetický materiál od 133 pacientov, rozdelený podľa typu nádorového ochorenia. Prítomnosť mutácie bola detegovaná v siedmych prípadoch, z čoho 2 prislúchali génu BRAF, 1 génu ALK a 4 génu β-katenín. U jednotlivých génov boli predmetom skúmania hotspotové mutačné miesta, pričom cieľom bolo potvrdiť prítomnosť mutácií v nich a prispieť tým k štúdiám zameraným na zavedenie vhodnejšej liečby pomocou inhibítorov mutovaných génov. Kľúčové slová: ALK, BRAF, β-katenín (CTNNB1), neuroektodermálne nádory, sekvenácia, MLPA
|
host ::
RSS.