|
|
Příprava a využití proteas vhodných ke studiu struktury proteinů.
Jirečková, Barbora ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Vaňková, Pavla (oponent)
Vodík/deuteriová výměna spojená s hmotnostní spektrometrií (HDX-MS) je metoda, která umožňuje studium struktury a dynamiky proteinů. Pro lokalizaci této výměny je do HDX-MS zařazena proteolýza analyzovaného proteinu, která určuje prostorové rozlišení. Standardně se používá pepsin, který má ale své limitace, a také štěpení pouze jednou proteasou často neposkytuje optimální prostorové rozlišení. V několika publikacích byl akcentován význam alternativních proteas nepenthesinu-2 (Nep-2) a aspergillopepsinu (XIII), které oproti pepsinu štěpí za bazickými aminokyselinami. Při studiu na prolin bohatých proteinů získává význam prolyl endoproteasa z Aspergillus niger (AnPEP). Tato práce se zabývá charakterizací imobilizovaného AnPEPu v kombinaci s proteasami pepsinem, aspergillopepsinem nebo Nep-2 za účelem jejich aplikace v HDX-MS. Nejprve byly na sadě modelových proteinů otestovány kolony s pouze jednou proteasou. Bylo zjištěno, že imobilizovaný AnPEP oproti ostatním proteasám nemá optimální štěpné charakteristiky. Za účelem spojení výhod výše uvedených proteas byly modelové proteiny štěpeny pomocí kolon s AnPEP koimobilizovaným s pepsinem, Nep-2 nebo XIII a také pomocí dvou proteasových kolon v sériovém zapojení (vždy AnPEP kolona s pepsinovou, Nep-2 nebo XIII kolonou v obou směrech). V rámci štěpení...
|
|
|
Charakterizace a využití proteas štěpících za prolinem.
Portašiková, Jasmína Mária ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Kádek, Alan (oponent)
Peptidová vazba tvořená prolinem je vůči většině známých proteas odolná, proto objev a izolace proteas štěpících za touto aminokyselinou otvírá nové možnosti nejen pro studium proteinů, ale také pro průmyslové, potravinářské či farmaceutické použití. Prolylendopeptidasa z houby Aspergillus niger (AnPEP) je enzym specificky štěpící za prolinem, který je komerčně dostupný v podobě různých produktů. Tato bakalářská práce se zabývá charakterizací a srovnáním štěpných preferencí proteas AnPEP (Clarity Ferm) a ProAlanasa (Promega). V práci je popsán vliv různých podmínek na specifitu proteas při štěpení modelových proteinů. Štěpné preference AnPEPu byly charakterizovány i na komplexních proteinových směsích a byla také připravena a testována imobilizovaná forma enzymu. Klíčová slova: ProAlanasa, AnPEP, H/D výměna, strukturní proteomika, imobilizované proteasy
|
host ::
RSS.