|
|
Polyglutamylation as a Posttranslational Tubulin Modification
Bašta, Miroslav ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Dráber, Pavel (oponent)
α-tubulin je nezbytným proteinem pro přežití každé eukaryotické buňky. Společně s β-tubulinem polymerizuje do mikrotubulů, které se následně podílejí na formování a udržování tvaru buňky a ustavení jejích částí. Mikrotubuly vytvářejí komplexní síť, která prochází celým tělem buňky a poskytuje mnoho vazebných míst pro širokou paletu proteinů. Neuspořádané C-konce α- a β-tubulinu představují nejvíce různorodou část mezi izotypy obou molekul. Vždy se nacházejí na povrchu mikrotubulů, kde se účastní vazby proteinů. Post-translační modifikace dotváří variabilitu C-konců. Nemodifikovaný, tj. tyrozinovaný, C-konec α-tubulinu může být zkrácen o jednu aminokyselinu (detyrozinovaná varianta), o dvě (Δ2 varianta) nebo o tři aminokyseliny (Δ3 varianta), nebo může být modifikovaný přidáním polyglutamátového nebo polyglycinového postranního řetězce. Rodina tubulin tyrozin ligáz-podobných proteinů (tubulin tyrosine ligase-like, TTLL) má 14 členů, kteří se podílejí na glutamylaci, glycylaci a tyrozinaci tubulinu. Glutamylázy vykazují dvě odlišné aktivity, iniciaci a elongaci polyglutamátových řetězců. Iniciázy váží první molekulu glutamové kyseliny na γ-karboxylovou skupinu některého z glutamátů, který je součástí neuspořádaného C-konce tubulinu, čímž C-konec rozvětvují. Elongázy rozpoznávají toto rozvětvení a...
|
|
|
Evoluce genetického kódu a taxonomie oxymonád
Šrámová, Eliška ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
Oxymonády jsou skupinou heterotrofních bičíkovců žijících v prostředí s nízkou koncentrací kyslíku. Tito prvoci se vyskytují především ve střevě xylofágního hmyzu (švábi, termiti), ale výjimku tvoří rod Monocercomonoides, který byl popsán ze střevního obsahu mnoha obratlovců. Na základě molekulárních dat je řád Oxymonadida řazen do říše Excavata (Cavalier-Smith, 2002; Simpson a kol., 2006, Hampl a kol. 2009). Tato práce byla zaměřena na studium rozmanitosti rodu Monocercomonoides náležejícího do morfologicky nejjednodušší čeledi Polymastigidae. Hlavním cílem bylo získat sekvenční data z co největšího počtu kmenů tohoto rodu z širokého spektra hostitelů. Celkem se nám podařilo získat 26 sekvencí části genu pro SSU rDNA, z čehož dvě sekvence náleželi jiné oxymonádě, zřejmě rodu Oxymonas. Naše fylogenetická analýza sice naznačila, že zástupci rodu Monocercomonoides tvoří jednu skupinu, avšak s nízkou bootstrapovou hodnotou. Na základě publikovaných dat o přítomnosti nekanonického genetického kódu u některých zástupců oxymonád (Keeling a Leander, 2003; de Koning a kol., 2008), jsme se rozhodli tento vzácný jev blíže prozkoumat u prvoků rodu Monocercomonoides. Pro tuto část studie jsme získali 9 částečných sekvencí genu pro α-tubulin. V těchto částečných sekvencích jsme nepozorovali projev nekanonického...
|
|
|
Evoluce genetického kódu a taxonomie oxymonád
Šrámová, Eliška ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
Oxymonády jsou skupinou heterotrofních bičíkovců žijících v prostředí s nízkou koncentrací kyslíku. Tito prvoci se vyskytují především ve střevě xylofágního hmyzu (švábi, termiti), ale výjimku tvoří rod Monocercomonoides, který byl popsán ze střevního obsahu mnoha obratlovců. Na základě molekulárních dat je řád Oxymonadida řazen do říše Excavata (Cavalier-Smith, 2002; Simpson a kol., 2006, Hampl a kol. 2009). Tato práce byla zaměřena na studium rozmanitosti rodu Monocercomonoides náležejícího do morfologicky nejjednodušší čeledi Polymastigidae. Hlavním cílem bylo získat sekvenční data z co největšího počtu kmenů tohoto rodu z širokého spektra hostitelů. Celkem se nám podařilo získat 26 sekvencí části genu pro SSU rDNA, z čehož dvě sekvence náleželi jiné oxymonádě, zřejmě rodu Oxymonas. Naše fylogenetická analýza sice naznačila, že zástupci rodu Monocercomonoides tvoří jednu skupinu, avšak s nízkou bootstrapovou hodnotou. Na základě publikovaných dat o přítomnosti nekanonického genetického kódu u některých zástupců oxymonád (Keeling a Leander, 2003; de Koning a kol., 2008), jsme se rozhodli tento vzácný jev blíže prozkoumat u prvoků rodu Monocercomonoides. Pro tuto část studie jsme získali 9 částečných sekvencí genu pro α-tubulin. V těchto částečných sekvencích jsme nepozorovali projev nekanonického...
|
host ::
RSS.