|
|
Validita a interinstrumentální reliabilita akcelerometru ActiGraph model GT1M
Souček, Filip ; Psotta, Rudolf (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent) ; Buzek, Mario (oponent)
Název práce: Validita a interistrumentálnf reliabilita akcelerometru Actigraph, model GT1M. Cíle práce: Ověřit validitu a interinstrumentálnf reliabilitu nového typu akcelerometru Actigraph, model GT1M v krátkodobé pohybové činnosti. Metoda: Práce se zaměřením na zkoumání : Validity Actigraphu GT1M: Pro odhad energetického výdeje - na základě analýzy vztahů sumy zrychlení (tzv. counts) na straně jedné a srdeční frekvence na straně druhé. Interinstrumentálnf spolehlivosti Actigraphu GT1M. Spolehlivost měření mezi 2 přístroji. Testovaným souborem je 12 hráčů kopané ve věku 7 a 1llet. Výsledky: Platnost odhadu energetického výdeje kritériem srdeční frekvence. Pro toto kritérium byl zjištěn korelační koeficient r = -0,751 až 0,883. Interinstrumentální spolehlivost 2 přístojů kritériem sumy zrychlení a kritériem sumy kroků. Korelační koeficient spolehlivosti sum zrychlení 2 přístrojů se pohyboval v rozmezí 0,984 až 0,997. Pro kritérium kroků byl zjištěn korelační koeficient 0,981 až 0,997. Klíčová slova: Akcelerometr - suma zrychlení - kroky - validita - reliabilita - srdeční frekvence - terénní podmínky
|
|
|
Chromosomal damage and shortening of telomeres in cancer patients and healthy subjects
Kroupa, Michal ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Kmoníčková, Eva (oponent) ; Rössner, Pavel (oponent)
Mezi základní procesy, které mohou ovlivnit míru chromozomálních aberací (CAs) v lymfocytech periferní krve (PBL), patří chybná segregace chromozomů v průběhu mitózy, nepřesná odpověď na poškození DNA a nadměrné zkracování délky telomer. Akumulaci CAs v PBL lze považovat za ukazatel zvýšeného rizika rozvoje maligního onemocnění. Tato disertační práce je zaměřena na studium vlivu jednonukleotidových polymorfismů v genech účastnících se mitotického checkpointu a odpovědi na poškození DNA na inter-individuální rozdíly ve výskytu CAs v PBL. Dále byl zjišťován možný vliv klinicko-patologických a molekulárních charakteristik pacientů s karcinomem tlustého střeva a konečníku (CRC) na délku telomer v nádorové tkáni, jelikož narušená funkce těchto protektivních struktur chromozomů hraje klíčovou úlohu v procesu maligní transformace. Bylo také studováno, zda lze délku telomer a frekvenci CAs považovat za ukazatel celkového přežití pacientů s nádorovým onemocněním. Hlavní poznatky této práce, založené na sedmi přiložených rukopisech, jsou: I) Zvýšený výskyt strukturních CAs a/nebo narušená regulace délky telomer v PBL mohou být považovány za rizikový faktor rozvoje nádorového onemocnění; II) Kratší délka telomer v PBL zdravých osob zvyšuje výskyt strukturních CAs; III) Binární interakce genových variant...
|
|
| |
|
|
The source of endogenous DNA damage in neurodegenerative disease
Havelková, Jarmila ; Hanzlíková, Hana (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Jednovláknové zlomy DNA (single-strand breaks, SSBs) patří mezi nejčastější DNA poškození vznikající v buňkách a mohou ohrozit genetickou integritu a přežití buněk, jak ukazuje zvýšená genetická delece, embryonální letalita a neurologické onemocnění vzniklé z důvodu narušení opravné dráhy těchto jednovláknových zlomů (single-strand break repair, SSBR). Jedním z proteinů důležitých pro rychlou opravu jednovláknových zlomů v DNA je XRCC1, molekulární scaffold protein, který v rámci oprav poškozené DNA interaguje s několika enzymy (např. PARP1, PNKP, POLβ, APTX, LIG3), a tak podporuje jejich stabilitu a/nebo funkci. Narušení opravných drah jednovláknových zlomů DNA bylo již v minulosti spojeno s dědičnou neurodegenerací u lidí, cerebelárními ataxiemi a záchvaty. V této práci se zaměřuji na geneticky podmíněné onemocnění autozomálně recesivní spinocerebelární ataxii (spinocerebellar ataxia autosomal recessive-26; SCAR26), u níž bylo prokázáno, že je spojena s mutacemi v. XRCC1 genu Zkoumám množství proteinu XRCC1 v XRCC1-defektivních buňkách, což odhaluje, že buňky pacientů s mutacemi v XRCC1 vykazují velmi nízké hladiny XRCC1 proteinu. Popisuji také, že snížené hladiny proteinu XRCC1 v buňkách korelují s rostoucím počtem endogenních jednovláknových zlomů DNA, měřitelným pomocí kvantifikace ADP-ribózy...
|
|
|
Molecular biomarkers related to DNA damage and repair: their role in carcinogenesis, patients' treatment and monitoring
Vodenková, Soňa ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Anděra, Ladislav (oponent) ; Černá, Marie (oponent)
Shrnutí Nestabilita genomu představuje jednu z předních sil, která řídí vznik a rozvoj nádorového onemocnění. Vzniká v důsledku kombinovaného účinku poškození DNA a chyb způsobených opravným systémem DNA. V mnoha nádorech jsou tolerance k poškození DNA a opravné dráhy DNA narušeny nebo deregulovány, což podporuje jejich progresi. Oprava DNA také hraje významnou roli v odpovědi na léčbu nádorových onemocnění. Tato disertační práce vznikla v reakci na několik nejasných a nevyřešených otázek úlohy poškození DNA a opravy DNA v patogenezi nádorových onemocnění. Cílem práce bylo hledání potenciálních nových biomarkerů a potvrzení platnosti již existujících biomarkerů souvisejících s poškozením DNA a opravou DNA, které mohou být spojeny s náchylností ke vzniku nádorových onemocnění a klinickým výsledkem pacienta. Také byl zkoumán biologický základ různých biomarkerů a jejich vzájemné vztahy. Hlavní výstupy této práce jsou: 1) Zvýšené hladiny chromozomálních aberací (CA) v lymfocytech periferní krve (PBL) mohou sloužit jako biomarker náchylnosti ke vzniku nádorových onemocnění a částečně ovlivňují klinický výsledek pacientů. Zatímco zkracování telomer přispívá k tvorbě CA v PBL pouze u zdravých jedinců, méně účinná oprava dvouřetězcových zlomů DNA v PBL je spojena se zkrácením telomer pouze u pacientů s nádorovým...
|
|
|
Genetic variability in sporadic colorectal cancer: Searching for novel risk, prognostic and predictive biomarkers.
Jirásková, Kateřina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Machoň, Ondřej (oponent) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
SOUHRN Rakovina tlustého střeva a konečníku (kolorektální karcinom, KRK) představuje celosvětově závažný zdravotní problém. I přes pokroky v diagnostice a v léčebných metodách zůstává prognóza onemocnění špatná. Pro zlepšení celkové míry přežívání je důležité umět rozpoznat jedince s vyšším rizikem vzniku KRK a odhalit onemocnění v rané potenciálně léčitelné fázi. Současně identifikace pacientů, kteří budou reagovat negativně na konkrétní léčbu, by přispěla ke snížení nadbytečné chemoterapie a k minimalizaci toxicity související s léčbou. Cílem této práce bylo hledání nových diagnostických, prognostických a prediktivních DNA-biomarkerů pro sporadickou formu KRK. Každý člověk je geneticky jedinečný a nalezení těchto biomarkerů by lékařům usnadnilo diagnózu a výběr optimální terapie pro každého pacienta s KRK na základě jejich molekulárního profilu. Pro dosažení tohoto cíle jsme zkoumali několik kandidátních genů u zdravých jedinců i u nově diagnostikovaných pacientů se sporadickou formou KRK. Výsledky této PhD práce byly shrnuty v sedmi impaktovaných publikacích. Hlavními závěry jsou: 1) Genetické varianty v cílových oblastech pro vazbu microRNA (miRSNPs) v genech opravy dvouřetězcových zlomů, genech důležitých pro etiologii KRK a mucinových genech souvisí buď s rizikem KRK nebo s odpovědí na léčbu, 2)...
|
|
|
Otázka nástupnictví Jakuba, vévody z Yorku, za vlády Karla II. Stuarta
Chmelíková, Pavla ; Valkoun, Jaroslav (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Tato diplomová práce se bude zabývat především 70. a 80. léty 17. století v Anglii. V tomto období vlády Karla II. Stuarta se dostává do popředí otázka nástupnictví, která vyvrcholila až v tzv. Vylučovací krizi v letech 1679-1681. Diplomová práce se pokusí nastínit v sedmi kapitolách, zahrnujících úvod a závěr, vývoj nástupnické krize spojené s osobou Jakuba, vévody z Yorku. První část práce se zaměří na období před Vylučovací krizí a vyzdvihne především důležité momenty, jako bylo schválení Zákona o zkoušce či Papeženecké spiknutí. Další část diplomové práce se bude zabývat samotným obdobím krize až do rozpuštění posledního vylučovacího parlamentu v Oxfordu v roce 1681 a porážky whigovské strany. Poslední kapitola poté celou problematiku uzavře rokem 1685, tedy smrtí Karla II. Stuarta a nástupem Jakuba II. na anglický trůn.
|
|
|
Klinická klasifikace sekvenčních variant v nekódujících regulačních oblastech genů predisponujících ke vzniku karcinomu prsu.
Bubáková, Eliška ; Ševčík, Jan (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Inaktivace tumor supresorového genu BRCA1 příčinou vysokého celoživotního rizika vzniku karcinomu prsu a dalších malignit. Plošný genetický skríning indikovaných jedinců z vysoce rizikových rodin dovoluje identifikovat množství sekvenčních variant v dosud známých predispozičních genech. Většina nově nalezených variant dosud nemá jasný klinický význam a představuje tak z hlediska diagnostiky závažný problém. Část těchto variant se nachází i v nekódujících regulačních oblastech genů. Součástí procesu klinické klasifikace variant je jejich funkční charakterizace. Cílem této práce bylo vytvořit modelový systém pro funkční charakterizaci variant v nekódujících oblastech a následně ověřit jeho funkčnost. Modelový systém byl založen na cílené genové manipulaci pomocí ko-transfekce CRISPR- Cas9 a donorového konstruktu s částí sekvence genu BRCA1, ve které byly zavedeny analyzované modifikace, do U2 OS buněk. Tyto buňky v sobě mají stabilně vložený DR-GFP systém dovolující stanovit aktivitu homologní rekombinace (HR). Do U2 OS buněk se nakonec podařilo zavést monoalelické modifikace. Tyto modifikace se nacházely v oblasti sekvence Kozakové genu BRCA1. Nejdříve byla pomocí qRT-PCR stanovena exprese na úrovni mRNA BRCA1, která byla u všech buněk s analyzovanými alteracemi stejná. Dále byla stanovena exprese...
|
|
|
Chromosomal damage and shortening of telomeres in cancer patients and healthy subjects
Kroupa, Michal ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Kmoníčková, Eva (oponent) ; Rössner, Pavel (oponent)
Mezi základní procesy, které mohou ovlivnit míru chromozomálních aberací (CAs) v lymfocytech periferní krve (PBL), patří chybná segregace chromozomů v průběhu mitózy, nepřesná odpověď na poškození DNA a nadměrné zkracování délky telomer. Akumulaci CAs v PBL lze považovat za ukazatel zvýšeného rizika rozvoje maligního onemocnění. Tato disertační práce je zaměřena na studium vlivu jednonukleotidových polymorfismů v genech účastnících se mitotického checkpointu a odpovědi na poškození DNA na inter-individuální rozdíly ve výskytu CAs v PBL. Dále byl zjišťován možný vliv klinicko-patologických a molekulárních charakteristik pacientů s karcinomem tlustého střeva a konečníku (CRC) na délku telomer v nádorové tkáni, jelikož narušená funkce těchto protektivních struktur chromozomů hraje klíčovou úlohu v procesu maligní transformace. Bylo také studováno, zda lze délku telomer a frekvenci CAs považovat za ukazatel celkového přežití pacientů s nádorovým onemocněním. Hlavní poznatky této práce, založené na sedmi přiložených rukopisech, jsou: I) Zvýšený výskyt strukturních CAs a/nebo narušená regulace délky telomer v PBL mohou být považovány za rizikový faktor rozvoje nádorového onemocnění; II) Kratší délka telomer v PBL zdravých osob zvyšuje výskyt strukturních CAs; III) Binární interakce genových variant...
|
|
|
Molecular mechanisms involved in genotoxicity of industrially important monomers (styrene, 1,3-butadiene)
Kuricová, Miroslava ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Machala, Miroslav (oponent)
2 Contents ABSTRACT........................................................................................................... 2 1. INTRODUCTION............................................................................................. 4 2. AIMS OF THE PROJECT:.............................................................................. 8 2. MATERIAL AND METHODS:....................................................................... 9 3. RESULTS: ....................................................................................................... 10 4. CONCLUSIONS.............................................................................................. 16 5. REFERENCES................................................................................................ 18 INDEX OF PUBLICATIONS:........................................................................... 21 Publications in extenso, which are the base of PhD. thesis .............................. 21 Publications in extenso, without relationship to the PhD thesis...................... 22 ABSTRACT The evaluation of individual health risk in workers occupationally exposed to industrial xenobiotics requires the use of a large number of parameters reflecting external exposure, internal exposure, biological effects and individual susceptibility....
|
host ::
RSS.