|
| |
|
| |
|
|
A new method for the solution of the Schrödinger equation
Kocák, Jakub ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Demel, Ondřej (oponent)
Název práce: Nová metoda řešení Schrödingerovy rovnice Autor: Jakub Kocák Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Vedoucí bakalářské práce: doc. RNDr. Filip Uhlík, Ph.D. Abstrakt: Tato práce se věnuje metodě řešení časově nezávislé Schrödingerovy rov- nice pro základní stav. Vlnová funkce interpretována jako hustota pravděpodobnosti je reprezentovaná vzorky. V každé iteraci je aplikován aproximant propagátoru podél ima- ginárního času. Působení operátora je implementováno Monte Carlo simulací. Nemalá část práce se věnuje metodám výpočtu energie vlnové funkce reprezentované vzorky. Je rozebrána metoda na základě odhadu hodnoty vlnové funkce, metoda konvoluce s tepelným jádrem, metoda průměrné energie vážené vlnovou funkcí a metoda exponen- ciálního poklesu. Metoda řešení byla použita k nalezení základního stavu a enegie 6- dimenzionálního harmonického oscilátoru, anharmonického 3-dimenzionální oktického oscilátoru a atomu vodíku. Klíčová slova: propagace v imaginárním čase, Monte Carlo metoda, variační princip, základní stav 1
|
|
|
Teoretické studium katalyzátorů pro Suzukiho-Miyaurovu reakci
Měrka, Pavel ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Srnec, Martin (oponent)
Tato práce je zaměřena na teoretické studium mechanismu Suzukiho-Miyaurovy reakce katalyzované komplexem palladia s fosfino- ferrocenovým ligandem. Práce si klade za cíl poskytnout základní představu o průběhu katalytického cyklu s nově připravenými koordinačními sloučeninami palladia. Jako modelový reaktant byl zvolen brombenzen a fenyltriolborát. S použitím DFT metody M06-2X byly charakterizovány geometrie meziproduktů a nejdůležitější tranzitních stavů v jednotlivých částech katalytického cyklu.
|
|
|
Simulace polymerů pomocí brownovské dynamiky
Hájková, Alexandra ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Posel, Zbyšek (oponent)
Název práce: Simulace polymerů pomocí brownovské dynamiky Autor: Alexandra Hájková Vedoucí diplomové práce: RNDr. Filip Uhlík, Ph.D. Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Abstrakt: Tato práce se zabývá simulacemi makromolekul pomocí brownovské dynamiky se zahrnutím hydrodynamických interakcí. Pro aproximaci hydrodynamických interakci v ta- kovýchto simulacích se obvykle používá Rotne-Prager-Yamakavowa (RPY) tenzoru. Při po- užití Choleského rozkladu RPY tenzoru je časová náročnost jednoho kroku simulace úměrná O(N3), což činí takové simulace velice výpočetně náročnými. Tato práce nabízí nový způsob aproximace hydrodynamických interakcí pomocí toeplitzovské matice jíž lze rozložit v čase úměrném O(N2) a tím značně urychlit simulaci. V této práci je nová metoda implementová- na, důsledně otestována oproti referenční RPY aproximaci a aplikována na lineární, cyklické a hvězdicové makromolekuly. Klíčová slova: brownovská dynamika, makromolekuly, hydrodynamické interakce, Rotne- Prager-Yamakavův tenzor, toeplitzovská matice, Choleského rozklad 1
|
|
|
Quantum variational Monte Carlo method
Kocák, Jakub ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Srnec, Martin (oponent)
Název práce: Kvantová variační Monte Carlo metoda Autor: Jakub Kocák Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Filip Uhlík, Ph.D. Abstrakt: Práce se zabývá studiem variační Monte Carlo metody ve kvantově- mechanických systémech. Udělali jsme rozbor volby tvaru zkusmé vlnové funkce a následně jsme zvolený tvar optimalizovali pro atom helia v singletovém a trip- letovém stavu. V první kapitole jsou diskutovány základní pojmy kvantové me- chaniky a obecné vlastnosti vlnové funkce i vlastnosti základního stavu systému. V druhé kapitole rozebíráme výpočetní algoritmy použité k vyčíslení integrálů, odhadu chyb a optimalizaci. V třetí kapitole prezentujeme výsledky optimalizace a vlastnosti zkusmé vlnové funkce s optimalizovanými parametry. Klíčová slova: variační princip, Monte Carlo metóda, základní stav, helium 1
|
|
|
Počítačové modelování makromolekul
Khirnova, Oleksandra ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Jirsák, Jan (oponent)
V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamick- ých modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika exis- tujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simu- lace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynam- ických modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika exis- tujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi.
|
|
|
Multireference CC calculations using optimized virtual orbitals
Lang, Jakub ; Pittner, Jiří (vedoucí práce) ; Uhlík, Filip (oponent)
Metóda viazaných klastrov(z ang. Coupled Cluster CC) bola pôvodne vyvinutá Hermannom Kümmlom pre potreby jadrovej fyziky. Následne po Čížkovej a Paldusového úprave sa stala použiteľnou i pre oblasť teoretickej chémie. V priebehu doby sa osvedčila ako jedna z najlepších kvantovo-chemických metód. Úlohou tejto práce je otestovať výsledky multireferenčných CC metód pri použití optimalizovaných orbitálov(OVOS), získaných z jedno-determinatných singletných stavov kvázi-degenerovaných systémov a použitých na dvoj-determinatný tripletový stav.
|
|
|
Počítačové modelování větvených polymerů
Preisler, Zdeněk ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Netopilík, Miloš (oponent)
V této práci studujeme vlastnosti větvených polymerů v dobrém rozpouštědle. Zaměřili jsme se na problematiku související s gelovou permeační chromatografií (SEC) a predikci elučního chování náhodně větvených polymerů. Vyvinuli jsme software pro generování sobě se vyhýbajících procházek (SAW) pro libovolně větvenou architektoru bez cyklů na kubické mřížce pomocí metody Monte Carlo (MC) ověřený pomocí škálování různých architektur: lineární, 3-ramenná hvězdice, 6-ti ramenná hvězdice a asymetrická hvězdice. Vypočítali jsme distribuční koeficienty a kalibrační křivky SEC pro různé architektury a ověřili, že hydrodynamický poloměr je vhodnější pro predikci elučního objemu než gyrační poloměr. Dále jsme navrhli velice rychlou (i když přibližnou) metodu pro odhad středních hodnot gyračního a hydrodynamického poloměru založenou na výsledcích z teorie grafů korigovaných na lepší shodu s MC. Závěrem ukazujeme výpočet ochuzené vrstvky metodou MC a self-consistent field (SCF) pro polymery a jejich srovnání. Ukazujeme také jak lze zlepšit SCF výpočty pro lepší shodu s MC výsledky.
|
|
| |
host ::
RSS.