|
|
Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...
|
|
|
Molekulární mechanismy karcinogeneze indukované HPV z rodu Alfa a Betapapillomaviridae
Pokrývková, Barbora ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Dvořáček, Lukáš (oponent)
Lidské papilomaviry (HPV) jsou malé DNA viry ubikvitérně přítomné v populaci, které mohou vyvolávat benigní i maligní onemocnění. Infikují slizniční a kožní epitely. Výzkum těchto virů se velmi zintenzivnil po roce 1983, kdy byly tyto viry poprvé izolované ze vzorků karcinomu hrdla děložního. V současné době je známo, že vyvolávají i řadu dalších maligních onemocnění a předmětem výzkumu je i jejich možná role při vzniku karcinomu kůže. Tato bakalářská práce nastiňuje mechanismy, kterými HPV z rodu Alfa a Betapapillomaviridae vyvolávají maligní a benigní léze. Mezi hlavní onkoproteiny HPV patří protein E6, který váže a napomáhá degradaci p53, a dále protein E7, který interaguje s retinoblastomovým proteinem pRB a ovlivňuje jeho funkci v regulaci buněčného cyklu. U virů HPV z rodu Alfapapillomaviridae má onkogenní potenciál i protein E5, který se u virů z rodu Beta nevyskytuje. Již to napovídá, že mechanismus kancerogeneze vyvolaný viry z obou rodů bude odlišný. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Příprava chimerických VLP myšího polyomaviru nesoucích epitopy maligního melanomu
Kojzarová, Martina ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Hlavní kapsidový protein virů z čeledi Polyomaviridae je schopen samovolně se uspořádat do viru podobné částice (virus-like particle, VLP), a to i bez přítomnosti minoritních proteinů, nespecificky vázat cizorodou DNA a rozpoznat receptor na povrchu buňky. Tyto vlastnosti ho předurčují k použití coby vektoru v genové terapii nebo imunoterapii. Už dříve bylo zjištěno, že VLPs myšího polyomaviru výrazně stimulují imunitní systém a mají silný adjuvantní účinek. Chimerické VLPs odvozené od myšího polyomaviru nesoucí cizorodý antigen či epitop by podle našich předpokladů po imunizaci měly vyvolat přesně cílenou odpověď imunitního systému. Hlavní překážkou je volba imunogenu dostatečně silného k vyvolání adekvátní imunitní odpovědi. Cílem této práce bylo za pomoci metod genového inženýrství zkonstruovat chimerické částice nesoucí na svém povrchu epitop maligního melanomu, který je znám jako jeden z nejimunogennějších nádorů. Pro účely budoucího výzkumu imunogenních účinků těchto částic byly zkonstruovány tři typy VLPs. Jednalo se o částice nesoucí epitopy lidského melanomu, další obsahující epitop melanomu myšího a kontrolní částice s ovalbuminovým epitopem. K účelům produkce chimerických proteinů byl použit bakulovirový expresní systém. Elektronovou mikroskopií bylo ověřeno, že vnesením nádorového...
|
|
|
Problematika cytomegalovirové infekce u transplantovaných pacientů.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Harant, Karel (oponent)
Cytomegalovirus (HCMV ) je běžný lidský -herpesvirus, který vykazuje vysokou prevalenci v populaci. K přenosu dochází těsným kontaktem mezi osobami, u kterých způsobuje převážně asymptomatickou primární infekci, která poté přechází v latentní infekci. Problémy tento virus způsobuje během těhotenství, kde může způsobit potraty, defekty plodu a vrozené defekty novorozenců. Mnohem větším nebezpečím je infekce tímto virem u imunokompromitovaných pacientů převážně u pacientů s infekcí HIV a u transplantovaných pacientů. Tato práce je komplexním pojednáním o biologii HCMV se zaměřením především na rizika, která HCMV způsobuje u pacientů po orgánové transplantaci a transplantaci hematopoetických kmenových buněk, včetně přehledu metod používaných pro diagnostiku a monitorování HCMV infekce a možností prevence vzniku HCMV asociovaných onemocnění. Klíčová slova: Cytomegalovirus, transplantace hematopoetických kmenových buněk, orgánová transplantace, detekce, monitorování, polymerázová řetězová reakce, buněčná imunita, protilátková imunita
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.