|
|
Molekulárně genetická charakterizace vankomycin-rezistentních enterokoků
Bubeníček, Karel ; Rada, Vojtěch (vedoucí práce) ; Igor, Igor (oponent)
Souhrn
Cíle a hypotéza: Tato diplomová práce se zabývá studií plazmidů vankomycin-rezistentních enterokoků izolovaných z trusu amerických vran v letech 2012 až 2013.
Hypotézou je, že v různých prostředích existuje jeden či více typů epidemiologicky významných vanA gen-nesoucích plazmidů, které jsou schopné se horizontálně šířit.
Metody: Na základě metody PFGE byl detekován počet a velikost plazmidů ve vybraných izolátech vankomycin rezistentních E. faecium. Pomocí metody PCR byly izoláty podrobeny detekci genů replikáz, relaxáz a toxin antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin. Pomocí 19 primerů byly charakterizovány typy Tn1546.
Výsledky: Z celkového počtu 12 testovaných, vankomycin rezistentních izolátů E. faecium, byl pomocí metody PFGE prokázán počet a velikost plazmidů: 2 izoláty obsahovaly 2 plazmidy (17 %), 3 izoláty obsahovaly 3 plazmidy (25 %), 5 izolátů obsahovalo 4 plazmidy (42 %) a 2 izoláty obsahovalo 5 plazmidů (17 %).
Všechny izoláty (n=12) byly pak podrobenydetekci genů replikáz, relaxáz a toxin-antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin.
RepA_N rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRUM: rep17 u 11 izolátů (92%), u 5 izolátů (42%) byl detekován gen AxeTxe
geny charakterizující plazmidy příbuzné pLG1: rep20 u 7 izolátů (58%)
geny charakterizujcící plazmidy příbuzné pAD1: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen relpAD1
Inc18 rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pIL501: gen rep1 zachycen v jednom případě (8%)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRES25: Gen rep2 u dvou izolátů (17%)
geny chrarakterizující plazmidy příbuzné pEF1: relpEF1 detekován u 11 izolátů (92%)
pHTB rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pHTB: u 4 izolátů byl detekován gen Rep22 (33%) a u 2 izolátů (17 %) byl detekován gen relpHTB
RCR rodina plazmidů:
geny charakterizujcí plazmidy příbuzné pRI: u 8 izolátů (67%) byl pozitivní průkaz genu Rep14 a u 4 izolátů byl detekován gen relpRI..
Malé theta replikující se plazmidy:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pEF418: gen rep18a u dvou izolátů (17 %)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pB82: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen rep18b
geny charakterizující plazmidy příbuzné pCIZ2: u 9 testovaných izolátů (75%) byl prokázán gen relpCIZ2
Typy transpozonu Tn1546
Pomocí metody PCR byly charakterizovány typy Tn1546. U 4 izolátů (n=12; 33 %) byl chareakterizován Tn1546 jako typ F3. U jednoho izolátu (8 %) byl Tn1546 charakterizován jako typ F5, u jednoho izolátu (8 %) jako typ PP-16. 6 izolátů mělo netypovatelné Tn1546. S největší pravděpodpbností se jedná o nové, dosud nepopsané typy.
Závěr: Jedná se o první studii plazmidů z vankomycin rezistentních izolátů E. faecium izolovaných z trusu amerických vran. Tyto výsledky zdůrazňují nejen vysoké zastoupení plazmidů v jednotlivých izolátech, ale také vysoké zastoupení genů s horizontálním přenosem.
|
|
|
Vliv pesticidů na střevní mikrobiotu lidí
Kočová, Kateřina ; Rada, Vojtěch (vedoucí práce) ; Jakub, Jakub (oponent)
Pesticidy jsou látky nebo směsi látek používané v zemědělství proti škůdcům (živočichům, rostlinám a parazitickým houbám), kteří poškozují kulturní rostliny, zásoby zemědělských produktů, potraviny a snižují užitkovost hospodářských zvířat nebo ohrožují zdraví člověka.
Diplomová práce se skládá se ze dvou částí. První část je teoretická, kde je popsáno složení a funkce střevní mikrobioty; pesticidy a jejich klasifikace, environmentální transport a účinky těchto látek na lidské zdraví, dále glyfosát jako účinná složka herbicidu Roundup, jeho mechanismus působení, osud v životním prostředí a prokázané účinky glyfosátu na člověka.
Cílem praktické části této práce bylo testovat vliv pesticidu Roundup na střevní mikroorganismy lidí. Vliv Roundupu byl testován na čistých kulturách v podmínkách in vitro. Roundup byl přidán v koncentracích glyfosátu 17 g/L, 1,7 g/L a 0,17 g/L do komplexního média a po kultivaci byl vyhodnocen růst mikroorganismů. Dále byly odebrány vzorky stolice od lidských dobrovolných dárců, které byly podobně kultivovány v komplexním médiu s různými koncentracemi glyfosátu. Po kultivaci byly stanoveny celkové počty mikroorganismů, bifidobakterie, laktobacily, enterokoky a koliformní bakterie.
Při testování pesticidu na čistých kulturách koncentrace glyfosátu 17 g/L statisticky významně inhibovala celkový růst bakterií (P < 0,05), u nižších koncentrací již nebyl zaznamenán rozdíl. U kultivace mikroorganismů ze vzorků stolice byla citlivost bakterií na glyfosát prokázána jen u bifidobakterií při nejvyšší užité koncentraci tohoto pesticidu oproti kontrolnímu vzorku.
|
|
|
Clostridium butyricum jako probiotikum
Veselá, Jana ; Rada, Vojtěch (vedoucí práce) ; Pechar, Radko (oponent)
Probiotika jsou dnes definovaná jako živé mikroorganizmy, které jsou-li podávány v adekvátním množství, přispívají ke zlepšení zdravotního stavu hostitele. Důkazy pozitivních účinků probiotik se velice rychle rozšiřují v oblasti gastroenterologie. Nalézají využití při léčbě průjmů souvisejících s používáním antibiotik, gastroenteritid a intolerance laktózy.
Existuje celá řada různých organismů, které mohou být klasifikovány jako probiotické. Mezi nejčastěji používané patří rody Lactobacillus a Bifidobacterium. Probiotické vlastnosti však vykazují i klostridie. Stále četnější jsou zprávy o probiotickém potenciálu Clostridium butyricum.
Cílem této studie bylo tedy zhodnotit účinnost Miya-Gold (doplňkové krmivo, které obsahuje životaschopné spory probiotického kmene Clostridium butyricum MIYAIRI 588 jako účinnou látku) v oblastech zlepšení konverze krmiva, zvýšení průměrného denního přírůstku a finální tělesné hmotnosti u kuřat na výkrm. Dále se také sledovalo zlepšení stability střevní mikrobioty a mikrobioty volete.
Zjistili jsme, že průměrná hmotnost jedinců ve skupině s přídavkem Miya- Gold, byla statisticky významně vyšší (P <0,05), než v kontrolní skupině ve dnech 7, 10, 20 a 49. Podle analýzy mikrobioty ve 42. dnu byla zjištěna statisticky významně nižší (P >0,05) množství Escherichia coli ve slepém střevě a rovněž nižší množství Escherichia coli a koliformních bakterií ve voleti. Analýza také prokázala nižší hodnotu pH ve voleti v Miya-Gold skupině.
Dále byla provedena analýza mastných kyselin s krátkým řetězcem a bylo zjištěno statisticky významně vyšší (P <0,05) množství kyseliny máselné ve slepém střevě u Miya-Gold skupiny.
Výsledky naznačují schopnost Miya-Gold pozitivně ovlivnit výkonnost i střevní mikrobiotu brojlerových kuřat.
|
|
|
Výroba energie z obnovitelných zdrojů jako forma diverzifikace činnosti zemědělského podniku
Rada, Vojtěch
Tato diplomová práce se zabývá obnovitelnými zdroji energie se zaměřením na bioplynové stanice jako novou formu diverzifikace činnosti zemědělských podniků. Charakterizuje obnovitelné zdroje energie, vývoj a nástroje jejich podpory v rámci Evropské Unie a České republiky. Současně uvádí legislativní rámec podpory obnovitelných zdrojů energie. Popisuje rozvoj bioplynových stanic v rámci ČR, uvádí jednotlivé typy bioplynových stanic, principy jejich fungování a druhy výkupu elektrické energie. Práce se zaměřuje na charakteristiku a porovnání dvou technologicky odlišných bioplynových stanic za dva roky, které jsou v provozu zemědělských podniků. Tyto stanice porovnává mezi sebou analýzou nákladů a tržeb souvisejících z produkcí elektrické energie. Současně je v práci provedena analýza vnějšího a vnitřního prostředí těchto bioplynových stanic.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
CHARAKTERIZACE NOVÝCH DRUHŮ LAKTOBACILŮ A JINÝCH BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ Z TRÁVICÍHO TRAKTU SAVCŮ A HMYZU
Killer, Jiří ; Kopečný, Jan ; Mrázek, Jakub ; Koppová, Ingrid ; Rada, V. ; Kott, T.
Do skupiny probiotik, která jsou zjednodušeně definována jako „potravní doplňky obsahující přesně definované ţivé mikroorganismy mající prokazatelně pozitivní vliv na zdraví hostitele a zlepšující navíc vyuţívání ţivin“, náleţí především kmeny bifidobakterií, laktobacilů a jiných bakterií mléčného kvašení (druhy r. Lactococcus, Enterococcus, Streptococcus), ale také nepatogenní druhy bacilů (např. Bacillus coagulans), dále nepatogenní Escherichia coli, Propionibacterium freudenreichii a eukaryota v podobě některých druhů kvasinek (Saccharomyces boulardi). Zdá se, ţe výzkum probiotik je v současné době zaměřen na jiţ známé druhy především laktobacilů a bifidobakterií. Vzrůstá tedy význam testování probiotických vlastností jiných druhů bifidobakterií a bakterií mléčného kvašení (dále BMK), stejně tak izolace dosud nepopsaných druhů potenciálně vyuţitelných nejen v humánní medicíně, ale také v chovech hospodářských zvířat a v chovech hospodářsky významného hmyzu (včel a čmeláků).
|
|
|
Řešení protierozní ochrany na modelovém povodí - Malče Budský potok.
RADA, Václav
Cílem této diplomové práci je posoudit a vyhodnotit erozní jevy na modelovém povodí Malče Budského potoka. Lokalita se nachází na katastrálních územích Besednice, Soběnov a Malče. Zde byl proveden průzkum z hlediska pedologického, hydrogeologického a klimatického. Dále byly vyhodnoceny srážkové úhrny pro nejbližší meteorologickou stanici, která se nachází v Soběnově. Pro vyhodnocení a propočítání erozních parametrů na dané lokalitě byly využity metody ztráty půdy vodní erozí dle Wishmeiera a Smithe a stanovení transportu splavenin dle Williamse a Berndta. Výsledky a následné vyhodnocení odnosu půdy bylo provedeno na základě relativně přesné metody CN - křivek. Výsledkem této diplomové práce je navržení, zobecnění a upřesnění jednotlivých faktorů pro řešenou oblast.
|
host ::
RSS.