|
|
Využití celulárních automatů pro kompresi dat
Polák, Marek ; Trunda, Otakar (vedoucí práce) ; Mráz, František (oponent)
V této práci se zabýváme možnostmi využití celulárních automatů pro bezeztrátovou kompresi dat. Popisujeme klasifikaci celulárních automatů a jejich dosavadní využití. Zkoumáme vlastnosti jednotlivých typů elementárních celulárních automatů (tzv. Wolframova pravidla), popisujeme jejich třídy ekvivalence, možnosti jak dopředné, tak i zpětné simulace, zkoumáme pravidla se zajímavým chováním. Stavy získané těmito pravidly hodnotíme z hlediska jejich uspořádanosti (např. poměr živých buněk či aproximace entropie). Implementujeme některé standardní kompresní algoritmy a porovnáváme je z hlediska využitelnosti pro nejlépe ohodnocené stavy. Aplikací získaných poznatků navrhujeme nový kompresní algoritmus, testujeme jej na textových a obrazových datech a výsledky srovnáváme s tradičními kompresními algoritmy. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vývoj MMORPG her v decentralizovaném prostředí
Polák, Marek ; Gemrot, Jakub (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Tato práce zkoumá způsoby, jakými lze vyvíjet MMORPG hry tak, aby jejich provoz nezávisel na žádném subjektu, který může libovolně manipulovat s herními mechanikami, virtuálním majetkem hráčů či jinými aspekty hry. Teoretická část systematicky rozebírá obvyklé aspekty RPG her pro velké množství hráčů, dále jsou představeny principy, na kterých stojí decentralizované kryptoměny, detailněji je pak analyzována jedna z nich, Ethereum. Na základě těchto teoretických poznatků jsou následně navrženy metody, ja- kými lze využít principy Etherea pro implementaci identifikovaných aspektů MMORPG her, a rozpoznána omezení, jaká musí být na tyto aspekty kladena. Praktická část spo- čívá v konkrétní realizaci MMORPG hry nad Ethereem, která výše uvedené metody demonstruje. Na závěr je zvolený přístup vyhodnocen oproti hrám s běžnou klient-server architekturou, a to především z hlediska komplexity mechanik a herních nákladů. 1
|
|
|
Utilization of protein radical foootprinting for stuctural biology
Polák, Marek ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Junková, Petra (oponent)
(In Czech) Mapování povrchu proteinů je jednou z metod strukturní biologie, které poskytují důležité informace o struktuře, dynamice, funkci a vazebných interakcích proteinů. V této práci jsme se k mapování povrchu proteinů rozhodli využít unikátní přístup, kterým je kombinace hmotnostní spektrometrie s rychlou fotochemickou oxidací proteinů (FPOP, z anglického Fast Photochemical Oxidation of Proteins), která k tomuto účelu využívá reaktivní radikály kyslíku. Konkrétně byla v této práci metoda FPOP využita ke studiu interakce proteinu s DNA a to přesněji komplexu DNA-vázající domény proteinu FOXO4 s oligonukleotidem DAF16. V první fázi projektu byl produkován a purifikován protein, jehož vazba na DNA byla ověřena nativní elektroforézou a nativní hmotnostní spektrometrií. Dále byly optimalizovány podmínky oxidace proteinu, a to jak v přítomnosti DNA, tak samostatně a modifikace proteinu byly analyzovány hmotnostní spektrometrií pomocí přístupů top-down a bottom-up. Přístupem bottom-up byla identifikována a kvantifikována modifikovaná residua, což odhalilo rozdíly v oxidaci jednotlivých aminokyselin v přítomnosti a nepřítomnosti DNA. Aby se předešlo možným artefaktům způsobených analýzou vícenásobně oxidovaného proteinu, byla kromě hmotnostně spektrometrické analýzy standardním přístupem bottom-up...
|
|
|
Vliv aminokyselin z C-konce řetězce B insulinu na selektivitu k jednotlivým isoformám insulinového receptoru.
Polák, Marek ; Žáková, Lenka (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent)
Hlavní funkce insulinu jako hormonu je regulace hladiny glukosy v krvi. Tato regulace se děje v různých buňkách těla různým způsobem a na různé úrovni. Složitost regulace je navíc znásobená tkáňovou distribucí dvou isoforem insulinového receptoru (IR), a to IR-A a IR-B. IR-B je zodpovědný převážně za metabolické efekty a distribuci v tukové tkáni, svalové tkáni a hepatocytech, zatím co IR-A se převážně nachází v lymfocytech, slezině, mozku, rakovinných buňkách a má zejména mitogenní účinek. Dnes je léčba diabetiků zaměřená na terapii insulinovými analogy, tedy látkami odvozenými od insulinu, které mají k IR-A, nebo IR-B různou vazebnou afinitu. Na trhu je dnes šest druhů těchto analogů a dělí se dvou skupin - na analogy s rychlým nástupem účinku (fast-acting), a na analogy s dlouhodobým nástupem účinku (basal). Léčba je nejčastěji zaměřená na kombinaci těchto dvou typů analogů. V roce 2011 Prof. Belfiore z univerzity v Catanzzaru publikoval článek o přímé souvislosti mezi diabetem mellitem a vznikem některých druhů rakoviny. Tím se začalo veřejně diskutovat o vazbě insulinu/insulinových analogů na mitogenní receptor IR-A nebo IGF-1R. V tom samém roce dvě vědecké skupiny dánské firmy Novo Nordisk publikovaly první zmínky o receptorově selektivních IR-A/IR-B analozích. Tato bakalářská práce je...
|
|
|
Evolution and Adaptability of Complex Applications
Polák, Marek ; Holubová, Irena (vedoucí práce) ; Rahayu, Wenny (oponent) ; Krátký, Michal (oponent)
Evoluce a adaptabilita komplexních ap- likací Abstrakt V současné době se aplikace stávají stále složitějšími, což přináší problémy během jejich vývoje. Změna v jedné části aplikace může netriviálně ovlivnit jiné části aplikace. Dalším aspektem mohou být systémy, které s aplikací komunikují. Ty musí být upraveny, aby se zajistila správná funkcionalita. Tyto problémy se mohou týkat různých domém - UML diagramů, XML schémat, relačních schémat, API, atd. V této práci jsme se na zmíněný problém zaměřili z perspektivy MDA, která pro obecný náhled na problém využívá platformově nezávislého modelu (PIM) a pro konkrétní domény využívá platformově specifické modely (PSM). Tyto mod- ely mohou být navíc propojeny a vzájemně závislé. Náš návrh obsahuje nové definice modelů z různých, široce využívaných domén, operace nad těmito modely a algoritmy pro transformace modelů. Díky prin- cipu MDA je možné představené modely kombinovat a modelovat tak komplexní aplikace. Veškeré prezentované modely a algoritmy byly experimentálně imple- mentovány ve frameworku DaemonX a testovány na reálných datech, aby byla ověřena jejich správnost. 1
|
|
|
Využití celulárních automatů pro kompresi dat
Polák, Marek ; Trunda, Otakar (vedoucí práce) ; Mráz, František (oponent)
V této práci se zabýváme možnostmi využití celulárních automatů pro bezeztrátovou kompresi dat. Popisujeme klasifikaci celulárních automatů a jejich dosavadní využití. Zkoumáme vlastnosti jednotlivých typů elementárních celulárních automatů (tzv. Wolframova pravidla), popisujeme jejich třídy ekvivalence, možnosti jak dopředné, tak i zpětné simulace, zkoumáme pravidla se zajímavým chováním. Stavy získané těmito pravidly hodnotíme z hlediska jejich uspořádanosti (např. poměr živých buněk či aproximace entropie). Implementujeme některé standardní kompresní algoritmy a porovnáváme je z hlediska využitelnosti pro nejlépe ohodnocené stavy. Aplikací získaných poznatků navrhujeme nový kompresní algoritmus, testujeme jej na textových a obrazových datech a výsledky srovnáváme s tradičními kompresními algoritmy. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Evolution and Adaptability of Complex Applications
Polák, Marek ; Holubová, Irena (vedoucí práce) ; Rahayu, Wenny (oponent) ; Krátký, Michal (oponent)
Evoluce a adaptabilita komplexních ap- likací Abstrakt V současné době se aplikace stávají stále složitějšími, což přináší problémy během jejich vývoje. Změna v jedné části aplikace může netriviálně ovlivnit jiné části ap- likace. Dalším aspektem mohou být systémy, které s aplikací komunikují. Ty musí být upraveny, aby se zajistila správná funkcionalita. Tyto problémy se mohou týkat různých domém - UML diagramů, XML schémat, relačních schémat, atd. V této práci jsme se na zmíněný problém zaměřili z perspektivy MDA, která pro obecný náhled na problém využívá platformově nezávislého modelu (PIM) a pro konkrétní domény využívá platformově specifické modely (PSM). Tyto modely mohou být navíc propojeny. Náš návrh obsahuje nové definice modelů z různých, široce využívaných domén, operace nad těmito modely a algoritmy pro trans- formace modelů. Díky principu MDA je možné představené modely kombinovat a modelovat tak komplexní aplikace. Veškeré prezentované modely a algoritmy byly experimentálně implementovány ve frameworku DaemonX a testovány na reálných datech, aby byla ověřena jejich správnost. 1
|
|
|
Web Data Extraction
Novella, Tomáš ; Holubová, Irena (vedoucí práce) ; Polák, Marek (oponent)
Vytváranie webových wrapperov (programov na extrahovanie dát z webu) je predmetom štúdia oboru web data extraction. Navrhnúť špeciálny jazyk na vytváranie wrapperov je náročná úloha, pretože nás núti vytvárať kompromisy medzi expresivitou jazyka a jeho bezpečnostným aspektom. Navyše, málo wrapperov sa zameriava na spúštanie v obmedzenom prostredí. V tejto diplomovej práci predstavujeme nový jazyk na vytváranie wrapperov - Serrano - u ktorého sme sa sústredili na tri veci. (1) Schopnosť spúštania v obmedzenom prostredí, ako je napríklad doplnok do webového prehliadača (2) rozšíriteľnosť, aby sme si mohli prispôsobiť silu jazyka potrebám jeho aplikácie a (3) schopnosti post-processingu extrahovaných dát, aby sme odstránili nutnosť použitia ďalších programov na následné prečistenie a úpravu dát . Serrano bolo úspešne použité v celej rade projektov a dosiahlo sľubné výsledky. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Rozšíření systému XML Check
Hudeček, Petr ; Holubová, Irena (vedoucí práce) ; Polák, Marek (oponent)
V této práci rozšiřujeme systém pro správu domácích úkolů z roku 2011 nazvaný XML Check. Jedná se o webovou aplikaci, která se používá v předmětu Technologie XML na MFF UK a FEL ČVUT. Studenti a pedagogové od doby zavedení v systému identifikovali množství chyb, které opravujeme, a navrhli také nové funkce, které do systému přidáváme. Nejdůležitější novou funkcí je kontrola plagiátorství, která se nyní spouští na každém odevzdaném úkolu. Pro kontrolu plagiátorství jsme vyzkoušeli několik různých algoritmů (Levenshteinovu vzdálenost, algoritmus Greedy-String-Tiling a editační vzdálenost Zhang-Shasha), které v práci srovnáváme. Jejich účinnost určujeme na základě pokusů na úkolech odevzdaných za poslední čtyři roky. Rozšířený systém se nyní aktivně používá.
|
|
|
Generating of Synthetic XML Data
Rychnovský, Dušan ; Holubová, Irena (vedoucí práce) ; Polák, Marek (oponent)
V této diplomové práci jsme se zaměřili na vývoj algoritmu pro generování syntetických XML dokumentů vhodných k použití jako testovací případy pokrývající daný XPath dotaz. Značný důraz byl kladen na jednoduchost konfigurace. Součástí byla také implementace prototypu, optimalizace jeho výkonu a demonstrace jeho chování nad ukázkovými daty. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.