|
|
Sémantická anotace dat z webovských zdrojů
Dědek, Jan ; Pokorný, Jaroslav (oponent) ; Vojtáš, Peter (vedoucí práce)
Tato práce se odráží od myšlenky sémantického webu. Stručně rozebírá možnosti formální reprezentace znalostí v deskripční logice a její paralelu v několika formalismech pro tvorbu ontologií. Ukazuje, jak lze využít ontologií při sémantické anotaci webovských zdrojů. Představuje sémantickou anotaci v praxi, v kontextu nkolika projektů z různých oblastí. V práci jsou rozebrány rzné metody extrakce informací, které pomáhají sémantickou anotaci zautomatizovat. Podrobněji jsou v tomto ohledu popsány nástroje, které poskytuje současná česká počítačová lingvistika. Na teoretické úrovni se tato práce dotýká vztahu mezi lingvistickou anotací přirozeného jazyka a formální reprezentací znalostí v deskripční logice. V rámci této práce byl proveden experiment - zpracování českého přirozeného textu několika lingvistickými nástroji za účelem jeho sémantické anotace.
|
|
|
Relační modelování biologických dat
Krejčík, Roman ; Toman, Kamil (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce)
Některé aplikace zpracování dat v databázových systémech vyžadují práci s hierarchicky uspořádanými daty. Informace takového charakteru se často vyskytují v biologických databázích, ale lze se s nimi setkat i v jiných oblastech. Efektivní dotazování specifické pro hierarchie vyžadují vhodnou reprezentaci grafových struktur v relační databázi. Tato práce se zabývá popisem známých metod pro ukládání hierarchických dat do relační databáze. Zaměřuje se zejména na vzájemné odlišnosti jednotlivých metod a zkoumá vhodnost jejich použití pro různé typy hierarchií. Součástí práce jsou také experimenty nad reálnými kolekcemi biologických dat, které porovnávají efektivitu jednotlivých způsobů uložení prakticky.
|
|
|
Querying Data Streams
Roštár, Matúš ; Ulrych, Jan (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce)
V poslednom období vznikajú nové aplikácie, ktoré využívajú dáta nie ako perzistentnú vrstvu, ale ako dočasný prúd dát. Táto práca sa zaoberá problematikou spracovania prúdu dát, vytvárania systému SŘPD a hlavne porovnáva prístupy pri dotazovaní nad prúdmi dát. Cieľom práce je predstaviť nový, zatiaľ nevyskúšaný, prístup spracovávania dát a otestovať presnosť odpovedí pri dlhodobom dotazovaní. Súčasťou práce sú experimenty nad reálnymi dátami, ktoré porovnávajú nový algoritmus s už vyskúšanými algoritmami v minulosti.
|
|
|
Analytické zpracování XML dokumentů
Melichárek, Petr ; Toman, Kamil (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce)
V této práci se zabýváme rozšířením jazyka XQuery o analytické konstrukce známé z jazyka SQL - group by, roll up a cube. Navíc zavádíme novou konstrukci topologický roll up. Implementaním prostředím je nativní XML databáze eXist, kterou jsme rozšřili o modul obsahující zmíněné konstrukce. Při dotazování nad dokumenty databáze v jazyce XQuery tak můžeme použt implementované konstrukce jako uživatelské funkce. Testování ukázalo, že funkce jsou využitelné v praxi, a to i na velkých XML dokumentech a pro složité dotazy.
|
|
|
Prolaktin a systémový lupus erythematodes
Moszkorzová, Ludmila ; Dostál, Ctibor (vedoucí práce) ; Pokorný, Jaroslav (oponent) ; Hrnčíř, Zbyněk (oponent)
Prolactin (PRL) is a polypeptide hormone of 23 kDa molecular weight made up of 199 amino acids, and produced by lactotropes, acidophilic cells of the anterior lobe of the pituitary. PRL is also synthetized in some other parts of the brain and in certain peripheral blood elements. Whether this extra-pituitary PRL, also known as PRL-like hormone, interferes with serum PRL radioimmunoassay (RIA) and whether it also has a feedback effect on PRL secretion in the pituitary, has yet to be elucidated. There is, however, proof of its apocrine and paracrine function of cellular growth factor, a function enhancing mitogenesis and lymphocyte differentiation at the site of inflammation and thereby their own production of yet other mediators and immunomodulators - including interleukines (IL) and growth factors. PRL also directly interferes with the synthesis of some acute-phase proteins in the liver (stimulating, e.g., alpha-2-macroglobulin synthesis). As a result of these discoveries, PRL was classed among immunomodulators, and the hypothesis was advanced of its part in the pathogenesis of autoimmune diseases. The aim of the thesis was to verify the presence of hyperprolactinemia (hyper- PRL) in SLE patients compare to patients with other auto-immune diseases and to healthy controls and to find its association...
|
|
|
Nativní indexování rozsáhlých XML databází
Bartoš, Tomáš ; Pokorný, Jaroslav (oponent) ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce)
V predloženej práci študujeme metódy indexovania pre rozsiahle XML databázy a ich časovú zložitosť pri vyhodnocovaní dotazov na vyhladávanie ciest. Existuje množstvo sposobov, ako indexovať XML dáta, ale my sa zameriame na indexovanie ciest od koreňa k listom a ich zhlukovanie na základe podobných kritérii. Štúdium a správna kombinácia existujúcich metód nám slúži ako základ pre vytvorenie nového natívneho indexu iXUPT, ktorý používa značkovanie ciest. Predstavujeme dve variácie indexovania v závislosti od sposobu zisťovania vzťahu predok-potomok. Prvá možnosť používa číselnú schému, druhá využíva Rho-Index. Sprvnosž nášho riešenia dokážeme implementáciou prototypu a vyhodnotením niekolkých XPath dotazov predstavujúcich cesty v grafe. Nakoniec porovnáme jednotlivé varianty a dosiahnuté výsledky s existujúcimi riešeniami.
|
|
|
Syllable-Based Compression
Lánský, Jan ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce)
Classic textual compression methods work over the alphabet of characters or alphabet of words. For languages with rich morphology as well as for compression of smaller files it can be advantageous to use an alphabet of syllables. For some compression methods like the ones based on Burrows-Wheeler transformation the syllable is a reasonable solution also for large files - even for languages having quite simple morphology. Although the main goal of our research is the compression over the alphabet of syllables, all implemented methods can compress also over the alphabet of words. For small files we use the LZW method and Huffman coding. These methods were improved by the use of initialized dictionary containing characteristic syllables specific for given language. For the compression of very large files we implemented the project XBW allowing combination of compression methods BWT, MTF, RLE, PPM, LZC, and LZSS. We have also tried to compress XML files that are not well-formed. When compressing over a large alphabet, it is necessary to compress also the used alphabet. We have proposed two solutions. The first one works well especially for small documents. We initialize the compression method with a set of characteristic syllables whereas other syllables are coded when necessary character by character. The...
|
|
|
C-store: úložiště relačních dat po sloupcích
Částek, Petr ; Žemlička, Michal (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce)
Nestandardní přístup k implementaci relačních databázi - práce implementuje databázový systém ukládající data po sloupcích místo po řádcích. Vychází z návrhu systému C Store. Omezuje se však pouze na základní řešení problematiky. Řešeny jsou dvě oblasti: počáteční vytvoření včetně naplnění statické databáze převodem dat z jiného zdroje a dotazování. Databáze neukládá data do tabulek, ale tzv. projekcí - skupin několika stejně dlouhých sloupců. Nad takovou databází je následně možné vyhodnocovat dotazy rychleji, než u databází ukládajících data po řádcích, protože databázový stroj nemusí číst nerelevantní sloupce. Dotazování je umožněno předložením exekučního plánu sestávajícího z operátorů systému C Store. Operátory pracují se sloupci nebo celými projekcemi. Skládání těchto operátorů nahradí formulaci dotazů v notaci SQL - teď pro jednoduchost, do budoucna jako plánovač vyhodnocování dotazů. Práce formuluje pravidla chování různých operátorů. Tyto operátory také implementuje. Okrajově se mluví o optimalizaci exekučního plánu. K optimalizaci patří i rozšíření systému C Store o přímý přístup k položkám. Praktickým výstupem je knihovna poskytující programátorovi rozhraní pro práci s databází.
|
|
|
Reprezentace XML dat pomocí C-store
Částková, Zuzana ; Holubová, Irena (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce)
Prostředí C-store - tedy relační databáze ukládající záznamy na disku po sloupcích. Vhodná pro agregace, optimalizovaná pro čtení. Lze ji efektivně použít coby XML databázi? Práce zvažuje XML data se schématem i bez něj. Pro oba případy je definovaný databázový model vzniklý z XML souboru. Měřítkem vhodnosti modelu je možnost rychlého vyhledávání cest v XPath. Předek, potomek, mladší sourozenec - to jsou pouze některé z diskutovaných os XPath. Nízká systémová úroveň, umožňující odhadnout počet nutných skoků na disku, je pro algoritmy na jednotlivých cestách charakteristická. Výsledek? Schéma XML dat se neukazuje jako přínosné. Co se týká dat bez schématu, použití C-store se jeví jako optimální. Ale... Doplnění určitých funkčností systému by bylo i tady záhodno - přímý přístup k položkám, nečtení nutně celého sloupce. Práce rozšiřuje definici C-store o tyto principy a doplňuje to experimenty na reálných datech. V závěru je uvedena ukázka implementace vybraných algoritmů sloužící jako návod na další implementaci.
|
|
|
Difúzní parametry CNS u vybraných patologických stavů a buněčná terapie míšního poranění
Homola, Aleš ; Syková, Eva (vedoucí práce) ; Zvěřina, Eduard (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (oponent) ; Dubový, Petr (oponent)
Akutní hypoxie nebo ischémie patří v neurologii k etiologicky nejvýznamnějším jednotkám vedoucím k náhlé mozkové dysfunkci. V časné fázi je jejím podkladem membránová depolarizace vedoucí k nadměrnému přesunu iontů a vody. Buněčný edém vede ke změnše n í velikosti ECP a tedy i zvýšení koncetrace látek v něm obsažených, včetně toxických metabolitů. Délka trvání patologického podnětu je určuj ícím faktorem pro vznik nevratného buněčné poškození formou apopotózy nebo nekrózy. Změny difúzních parametrů způsobené hypoxickým podnětem byly e x p e rim entálně studovány dosud pouze na modelu globální anoxie navozené srdeční zástavou. Na tomto modelu byly zjištěny dramatické změny ve velikosti a tortuozitě ECP mozkové k ůry , které se rozvinuly během několika minut po zástavě mozkové perfúze. Rozhodli jsme se proto zkoumat změny difúzních parametrů ECP mozkové kůry i na modelech, kde délka trvání patologického podnětu byla časově omezená. Jednalo se o model tranzientní hypoxie a tranzientní hypoxie/ischemie. Získaná data jsme korelovali se změnam i v extracelulární koncetraci laktátu, glukózy a glutamátu. Během tranzientní hypoxie/ischémie jsme zaznamenali postupný rozvoj změn difúzních parametrů ECP po celou dobu trvání podnětu. Konečné hodnoty byly obdobné těm, které byly zjištěny při terminální anoxii. Naproti...
|
host ::
RSS.