|
|
Detekce krevních elementů
Kadlček, Václav ; Kolář, Radim (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá detekcí a následnou klasifikací krevních elementů. Krevní elementy jsou zde popsány z hlediska vlastností, které jsou využity při digitálním zpracování obrazu. Dále jsou rozebrány dostupné teorie předzpracování, analýzy obrazu a metody klasifikace. Získané poznatky jsou aplikovány v programovém prostředí MATLAB. V rámci tohoto programového prostředí je pilířem pro uvedenou práci Image Processing Toolbox. Součástí je i uživatelské rozhraní, čímž je komunikace s programem usnadněna. Program byl otestován na snímcích krevních nátěrů a dosažené výsledky zhodnoceny.
|
|
|
Analýza simultánně měřených EEG/fMRI dat s využitím zpracování EEG signálu
Ištok, Martin ; Vítek, Martin (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Hlavním cílem této diplomové práce je popis analýzy simultánně měřených dat elektroencefalografie a funkční magnetické rezonance pomocí zpracování EEG dat. Zahrnuje základní popis měření a analýzy EEG a fMRI a jejich kombinace a zabývá se problémy při jejich zpracování. Práce obsahuje návrh experimentu, který je určen pro měření a analýzu simultánně měřených dat EEG/fMRI využívajících prostorovou rekonstrukci EEG při tvorbě regresoru. Součástí diplomové práce je také program pro extrakci užitečného signálu aktivní oblasti při prostorové rekonstrukci EEG a jeho následná úprava do podoby regresoru. Práce se také zabývá aplikací programu při lokalizaci epileptických ložisek v interiktálním simultánním měření fMRI/EEG měření fMRI/EEG, při níž využívá aktivních oblasti při průběhu epileptického hrotu a shrnuje dosažené výsledky.
|
|
|
Event Fixation Related Potential During Visual Emotion Stimulation
Mičánková, Veronika ; Lamoš, Martin (oponent) ; Potočňák, Tomáš (vedoucí práce)
This diploma thesis is a part of a ongoing research project concerning new joint technique of eye fixations and EEG. The goal of this work is to find and analyze a connection between eye fixation in a face expressing an emotion (static or dynamic). For this study certain software developments need to be done to adjust fixation data in Matlab and connect them to EEG signals with newly created markers. Based on the obtained information on fixations, EEG data are processed in BrainVision Analyzer and segmented to obtain ERPs and EfRPs for each stimuli.
|
|
|
Vliv výběru souřadnic mozkových oblastí na výsledky dynamického kauzálního modelování
Veselá, Martina ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Diplomová práce je cílena na seznámení se s principy měření a zpracování dat funkční magnetické rezonance se zaměřením na analýzu efektivní konektivity metodou dynamického kauzálního modelování (DCM). Praktická část zahrnuje tři hlavní tematické okruhy týkající se popisu zpracování a vyhodnocení naměřených či simulovaných dat. Nejdříve je zde na vzorovém datasetu ukázáno jak v neurovědním toolboxu SPM analyzovat naměřená data. Dále navazuje návrh přístupu, pomocí kterého lze vyšetřovat chování odhadu modelu DCM s ohledem na změnu vstupních parametrů. Tento jev je také simulován a na základě dosažených výsledků se doporučuje optimální postup analyzování efektivní konektivity pomocí dynamického kauzálního modelování u skupiny subjektů. Posledním okruhem v praktické části je hodnocení vlivu posunu souřadnic mozkových oblastí na výsledky dynamického kauzálního modelování u skupiny subjektů z dat získaných z reálných měření. V závěru práce jsou hodnoceny a diskutovány jak výsledky získané ze simulovaných dat, tak výsledky získané z naměřených dat.
|
|
|
Vliv výběru souřadnic regionů na výsledky dynamického kauzálního modelování
Klímová, Jana ; Mikl, Michal (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá funkční magnetickou rezonancí (fMRI), zejména dynamickým kauzálním modelováním (DCM) jako jednou z metod analýzy efektivní konektivity mozku. Zkoumán je vliv výběru souřadnic signálů, které slouží jako vstup DCM analýzy, na její výsledky na základě testování simulovaných dat. Za tímto účelem je vytvořen a popsán simulátor dat. Dále je rozebrána metodika testování vlivu výběru souřadnic na výsledky DCM. Míra posunu souřadnic je simulována přičítáním odpovídající hladiny různých typů šumových signálů k BOLD signálu. Následně jsou data analyzována metodou DCM. Program je doplněn o grafické uživatelské rozhraní. Pro zjištění chování modelu jsou použity Monte Carlo simulace. Výsledky v podobě závislosti počtu chybně odhadnutých vazeb mezi mozkovými oblastmi na zastoupení šumových signálů jsou zpracovány a diskutovány.
|
|
|
Analýza souvislostí mezi simultánně měřenými EEG a fMRI daty
Labounek, René ; Kremláček,, Jan (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Elektroencefalografie a funkční magnetická rezonance jsou dvě rozdílné metody měření neurální aktivity mozku. EEG signály disponují výborným časovým rozlišením, fMRI snímky pořizují záznamy mozkové aktivity ve výborném prostorovém rozlišení. Předpokládá se, že společnou analýzou je možné využít výhody obou metod současně. K automatické analýze fMRI dat pomocí obecného lineárního modelu slouží volně dostupný software Statistical Parametric Mapping (SPM8), který ale neumožňuje automatizovanou EEG–fMRI analýzu. Proto byl během diplomové práce vytvořen software EEG Regressor Builder, který předzpracuje EEG signály do podoby EEG regresorů, které je možné načíst programem SPM8, kde se spolu s fMRI daty spočítá obecný lineární model. EEG regresory jsou tvořeny vektory časových změn absolutních nebo relativních hodnot výkonu EEG signálu v zadaných frekvenčních pásmech z vybraných elektrod vzhledem k dobám pořízení jednotlivých fMRI snímků. Software je testován na simultánních EEG–fMRI datech vizuálního oddball experimentu. EEG regresory se počítají pro časové změny absolutního i relativního výkonu EEG signálu ve třech frekvenčních pásem zájmu ( 8-12Hz, 12-20Hz a 20-30Hz) z okcipitálních elektrod (O1, O2 a Oz). Celkem jsou provedeny tři druhy testovacích analýz. V první se zkoumají data od tří jednotlivců. Hodnotí se přesnosti výsledků vzhledem k možnostem nastavení metody výpočtu regresoru. V druhé se provedla skupinová analýza dat od dvaceti dvou zdravých pacientů. Ve třetí se realizuje skupinová analýza EEG regresorů pomocí korelační matice vzhledem k zadanému druhu výkonu a frekvenčnímu pásmu mimo obecný lineární model.
|
|
|
Modelování potlačení strukturálního šumu při projekčním rtg zobrazení
Lamoš, Martin ; Kolář, Radim (oponent) ; Drastich, Aleš (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvoření programu, který by modeloval šumové složky a metody jejich odstranění při RTG (rentgenovém) projekčním zobrazení s největším důrazem kladeným na potlačování strukturálního šumu. Jako vhodné programové prostředí byl zvolen MATLAB. Využívá se také jeho nadstavbových toolboxů a to převážně Image Processing Toolbox. Jednotlivé metody a pomocné prvky jsou vytvořeny jako samostatné funkce, které mají dostatečné množství vstupních parametrů. Nabízí se tedy velká variabilita nastavení při modelování. Všechny funkce zastřešuje uživatelská aplikace. Tím se stává model tzv. „user friendly“ a je vhodný pro podporu výuky jako laboratorní úloha. Pro potlačování strukturálního šumu lze využít metod časové obrazové subtrakce, metod časové integrace, matched filtrace nebo rekurzivní filtrace. Pro potlačování fyzikálního šumu je možno zvolit jednu ze tří nabízených kumulačních metod. Vhodným nastavením parametrů lze dosáhnout i potlačení periodického pohybového šumu.
|
|
| |
|
|
Software pro výběr pacientů a oblastí mozku vhodných k analýze konektivity z fMRI dat
Slavíček, Tomáš ; Lamoš, Martin (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Cílem práce je vytvořit explorativní nástroj pro data funkční magnetické rezonance, jenž umožní snadno a rychle provést výběr osob a oblastí vhodných ke skupinové analýze konektivity. V prvních kapitolách práce je zmíněna historie zkoumání mozku a srovnání používaných metod funkčního zobrazování. Dále jsou rozebrány teoretické podklady metody fMRI, jako jsou vznik BOLD signálu, parametry akvizice MRI snímků a metody návrhu experimentů. Následující kapitola podrobně popisuje analýzu naměřených dat od předzpracování až po interpretaci výsledků. Poslední kapitola první části nastiňuje problematiku analýzy skupinových dat v programu SPM8. Druhá polovina práce je věnována popisu vytvořeného programu od vstupu dat až po uložení výsledků, včetně detailního popisu klíčových funkcí programu. V závěru je popis aplikace vytvořeného programu na reálných datech klinické studie včetně dosažených výsledků a zhodnocení využitelnosti programu. Program najde uplatnění zejména v oblasti neurovědního výzkumu.
|
|
|
Modelování metod číslicového zpracování obrazu u digitální radiografie
Lamoš, Martin ; Kolář, Radim (oponent) ; Drastich, Aleš (vedoucí práce)
Tato práce popisuje aplikaci vytvořenou v programovém prostředí MATLAB, která simuluje složky šumu a metody jejich potlačení u systémů digitální radiografie. Hlavními součástmi simulátoru jsou model scény, procedury pro umělé zatížení obrazových dat šumem a samotné metody zpracování obrazu. Aplikace jednotlivých metod závisí na typu šumu. Pro potlačení strukturálního šumu se využívá subtrakčních metod. Fyzikální šum lze potlačit některou ze tří obsažených kumulačních metod. Algoritmus Pixel Shiftu je možné použít pro redukování pohybových artefaktů, které jsou důsledkem existence pohybového šumu. Superpoziční techniky zvýrazňují oblasti zájmu ve scéně při intervenčních aplikacích. Dále jsou obsaženy pomocné procedury pro chod simulátoru a prezentaci obrazových výsledků. Model a uvedenou uživatelskou aplikaci lze díky její koncepci laboratorní úlohy vhodně využít pro vzdělávací účely jako velmi názornou výukovou pomůcku.
|
host ::
RSS.