|
|
Software pro výběr pacientů a oblastí mozku vhodných k analýze konektivity z fMRI dat
Slavíček, Tomáš ; Lamoš, Martin (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Cílem práce je vytvořit explorativní nástroj pro data funkční magnetické rezonance, jenž umožní snadno a rychle provést výběr osob a oblastí vhodných ke skupinové analýze konektivity. V prvních kapitolách práce je zmíněna historie zkoumání mozku a srovnání používaných metod funkčního zobrazování. Dále jsou rozebrány teoretické podklady metody fMRI, jako jsou vznik BOLD signálu, parametry akvizice MRI snímků a metody návrhu experimentů. Následující kapitola podrobně popisuje analýzu naměřených dat od předzpracování až po interpretaci výsledků. Poslední kapitola první části nastiňuje problematiku analýzy skupinových dat v programu SPM8. Druhá polovina práce je věnována popisu vytvořeného programu od vstupu dat až po uložení výsledků, včetně detailního popisu klíčových funkcí programu. V závěru je popis aplikace vytvořeného programu na reálných datech klinické studie včetně dosažených výsledků a zhodnocení využitelnosti programu. Program najde uplatnění zejména v oblasti neurovědního výzkumu.
|
|
|
Modelování metod číslicového zpracování obrazu u digitální radiografie
Lamoš, Martin ; Kolář, Radim (oponent) ; Drastich, Aleš (vedoucí práce)
Tato práce popisuje aplikaci vytvořenou v programovém prostředí MATLAB, která simuluje složky šumu a metody jejich potlačení u systémů digitální radiografie. Hlavními součástmi simulátoru jsou model scény, procedury pro umělé zatížení obrazových dat šumem a samotné metody zpracování obrazu. Aplikace jednotlivých metod závisí na typu šumu. Pro potlačení strukturálního šumu se využívá subtrakčních metod. Fyzikální šum lze potlačit některou ze tří obsažených kumulačních metod. Algoritmus Pixel Shiftu je možné použít pro redukování pohybových artefaktů, které jsou důsledkem existence pohybového šumu. Superpoziční techniky zvýrazňují oblasti zájmu ve scéně při intervenčních aplikacích. Dále jsou obsaženy pomocné procedury pro chod simulátoru a prezentaci obrazových výsledků. Model a uvedenou uživatelskou aplikaci lze díky její koncepci laboratorní úlohy vhodně využít pro vzdělávací účely jako velmi názornou výukovou pomůcku.
|
|
|
Zasílání servisních zpráv v prostředí Windows
Popelka, Petr ; Lamoš, Martin (oponent) ; Sekora, Jiří (vedoucí práce)
V této práci je popsán proces komunikace v síti Ethernet založený na modelu TCP/IP. Na základě tohoto modelu byla navržena a realizována aplikace klient – server, která by mohla být využita pro zasílání servisních zpráv mezi skupinami lékařů a pracovištěm OKB ve FN Brno. Práce zmiňuje současné vybavení laboratoře a způsob komunikace jednotlivých zařízení s laboratorním informačním systémem pomocí protokolu ASTM. Tato komunikace pak může být využita k rozvoji dalších funkcí navržené aplikace.
|
|
|
Vliv parcelačního atlasu na kvalitu klasifikace pacientů s neurodegenerativním onemocněním
Montilla, Michaela ; Lamoš, Martin (oponent) ; Gajdoš, Martin (vedoucí práce)
Cílem práce je definice vztahu závislosti klasifikace pacientů postižených neurodegenerativním onemocněním na volbě parcelačního atlasu. Součástí práce je aplikace analýzy funkční konektivity a výpočtu grafových metrik dle metody publikované Olafem Spornsem a Mikailem Rubinovem [1] na fMRI datech naměřených na CEITEC MU. Aplikaci předchází teoretická rešerše parcelačních atlasů pro segmentování mozku ze snímků fMRI a rešerše matematických metod klasifikace, jako i klasifikátorů neurodegenerativních onemocnění. První kapitoly práce přináší teoretický základ poznatkůl z oblasti magnetické a funkční magnetické rezonance. Definovány jsou fyzikální principy metody, podmínky a průběh akvizice obrazových dat. Třetí kapitola shrnuje grafové metriky použité dále v diplomové práci pro analýzu a klasifikování grafů. Práce přináší stručný přehled parcelačních metod, se zaměřením na parcelaci pomoci atlasů. Po teoretické rešerši metod zkoumání funkční konektivity a matematických metod klasifikací, byly poznatky použity pro realizaci parcelací, výpočet grafových metrik a následnou klasifikaci fMRI snímků 96 subjektů vždy do jedné ze dvou tříd s využitím binárních klasifikátocí metodou podpůrných vektorů a lineární diskriminační analýzy. Data klasifikována v této práci byla naměřena na pacientech s Parkinsonovou chorobou (PD), s Alzheimerovou chorobou (AD), s Mírní kognitivní poruchou (MCI), s kombinací nemocí PD a MCI a na subjektech patřících do kontrolní skupiny zdravých jedinců. Pro předzpracování a pro analýzu je v práci využito prostředí MATLAB a toolboxy SPM12 a Brain Connectivity Toolbox.
|
|
|
Projevy fyziologického šumu ve fMRI datech
Skoupý, Radim ; Mareček, Radek (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
V této bakalářské práci se zabývám projevy fyziologického šumu ve fMRI datech. Práce zahrnuje základní teorii v oblasti BOLD signálu -- jeho charakteru, zabývá se zpracováním naměřených dat, možnostmi jejich úpravy, filtracemi i tvorbě výsledných statistických parametrických map. Stěžejní částí je studium možností filtrace fyziologického šumu metodou Retroicor, která modeluje fyziologický šum na základě báze sinových a kosinových bázových funkcí.
|
|
|
Analýza simultánně měřených EEG/fMRI dat s využitím zpracování EEG signálu
Ištok, Martin ; Vítek, Martin (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Hlavním cílem této diplomové práce je popis analýzy simultánně měřených dat elektroencefalografie a funkční magnetické rezonance pomocí zpracování EEG dat. Zahrnuje základní popis měření a analýzy EEG a fMRI a jejich kombinace a zabývá se problémy při jejich zpracování. Práce obsahuje návrh experimentu, který je určen pro měření a analýzu simultánně měřených dat EEG/fMRI využívajících prostorovou rekonstrukci EEG při tvorbě regresoru. Součástí diplomové práce je také program pro extrakci užitečného signálu aktivní oblasti při prostorové rekonstrukci EEG a jeho následná úprava do podoby regresoru. Práce se také zabývá aplikací programu při lokalizaci epileptických ložisek v interiktálním simultánním měření fMRI/EEG měření fMRI/EEG, při níž využívá aktivních oblasti při průběhu epileptického hrotu a shrnuje dosažené výsledky.
|
|
|
Modelování potlačení strukturálního šumu při projekčním rtg zobrazení
Lamoš, Martin ; Kolář, Radim (oponent) ; Drastich, Aleš (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvoření programu, který by modeloval šumové složky a metody jejich odstranění při RTG (rentgenovém) projekčním zobrazení s největším důrazem kladeným na potlačování strukturálního šumu. Jako vhodné programové prostředí byl zvolen MATLAB. Využívá se také jeho nadstavbových toolboxů a to převážně Image Processing Toolbox. Jednotlivé metody a pomocné prvky jsou vytvořeny jako samostatné funkce, které mají dostatečné množství vstupních parametrů. Nabízí se tedy velká variabilita nastavení při modelování. Všechny funkce zastřešuje uživatelská aplikace. Tím se stává model tzv. „user friendly“ a je vhodný pro podporu výuky jako laboratorní úloha. Pro potlačování strukturálního šumu lze využít metod časové obrazové subtrakce, metod časové integrace, matched filtrace nebo rekurzivní filtrace. Pro potlačování fyzikálního šumu je možno zvolit jednu ze tří nabízených kumulačních metod. Vhodným nastavením parametrů lze dosáhnout i potlačení periodického pohybového šumu.
|
|
|
Segmentation of blood-vessel tree in whole-body MRI data
Guricová, Karolína ; Lamoš, Martin (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
The text brie y describes the anatomy and properties of the blood-vessel system to introduce the characteristics that enable segmentation. Firstly, some of the methods for segmentation of tubular structures from 3D CT or MRI scan are described. Moreover, the approaches using the second derivatives and Hessian matrix are elaborated. To determine the 'vesselness' in the original image, the eigenvalues of Hessian matrix of each voxel of the MRI data volume are computed. Several methods to produce the segmented output image based on these eigenvalues are suggested. The segmentation is implemented in MATLAB. The segmented arterial system is visualized with VTK encoded in Python. Additionally, a GUI is designed to allow measurements within the segmented volume. The lengths of the arteries are measured as a linear approximation of their paths and the results are presented in this work. The limitations of this method
|
|
|
Detekce krevních elementů
Kadlček, Václav ; Kolář, Radim (oponent) ; Lamoš, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá detekcí a následnou klasifikací krevních elementů. Krevní elementy jsou zde popsány z hlediska vlastností, které jsou využity při digitálním zpracování obrazu. Dále jsou rozebrány dostupné teorie předzpracování, analýzy obrazu a metody klasifikace. Získané poznatky jsou aplikovány v programovém prostředí MATLAB. V rámci tohoto programového prostředí je pilířem pro uvedenou práci Image Processing Toolbox. Součástí je i uživatelské rozhraní, čímž je komunikace s programem usnadněna. Program byl otestován na snímcích krevních nátěrů a dosažené výsledky zhodnoceny.
|
|
|
MRI image segmantation based on edge detection
Simichanidis, Michail ; Lamoš, Martin (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
The aim of this thesis is to present the basic segmentation techniques uses in the field of medical image processing and by using a 3D viewer able to visualize 3D images, implement a segmentation module based on edges detection and evaluate the results. The proposed viewer is a 3D viewer build using matlab GUI and is able to load a volume of images representing the human head. The proposed segmentation module is based on the use of edge detectors particularly the Canny algorithm.
|
host ::
RSS.