|
|
Accelerating structure search in small-molecule databases
Kratochvíl, Miroslav ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Vyhledávání podstruktur je jednou z nejcennějších schopností databází malých molekul. Dostupné databáze typicky poskytují akceptovatelně rychlé zpracování uživatelských dotazů, ale nejsou dostatečně škálovatelné s ve- likostí uložených dat. V této práci je popsána nová open-source databáze Sachem, která implementuje novoý způsob vyhledávání podstruktur využí- vající nově sestavené otisky chemických molekul uložené v invertovaných databázových indexech. Rychlost vyhledávání v této databázi byla měřena na datových sadách obsahujících desítky milionů molekul. Porovnání výkon- nosti s jinými dostupnými databázemi potvrdilo zlepšení v celkové rychlosti hledání, možností škálování výkonnosti i v efektivitě prosívání dat. Práce dále popisuje aplikaci databáze Sachem, službu založenou na dotazovacím jazyku SPARQL, která rozšiřuje existující sémantické datové služby o možnost zahrnout v dotazech i chemicky relevantní strukturní a podobnostní podmínky. Výsledek nabízí nové, jednodušší možnosti dotazování v dostupných heterogenních da- tových zdrojích. 1
|
|
|
Frege IDE with JetBrains MPS
Satmári, István ; Parízek, Pavel (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Frege je open-source projekt, ktorý prináša populárny funkcionálny programovací jazyk Haskell pre platformu Java. JetBrains MPS je zase open-source nástroj pre vytváranie nových programovacích jazykov a vývojových integrovaných prostredí na báze projekčného editoru. V tejto práci analyzujeme gramatiku pre jazyk Frege a popisujeme postup vývoja integrovaného prostredia postaveného nad nástrojom JetBrains MPS pre uľahčenie vývojárom s písaním kódu vo Frege. Naše vývojové prostredie zahŕňa intuitívny editor pre editáciu syntaxe v jazyku Frege, poskytuje jednoduchú typovú kontrolu a obsahuje generátory pre textový výstup zadaného programu. Cieľom nášho nástroju je jeho užívateľská prívetivosť. Táto práca v závere taktiež porovnáva projekčné editory oproti bežným vývojovým prostrediam založených na editácii textu, ako je napríklad Eclipse, a skúma, či projekčné editory poskytujú akúkoľvek výhodu pri písaní kódu vo funkcionálnych programovacích jazykoch.
|
|
|
Adversarial examples generation for deep neural networks
Procházka, Štěpán ; Neruda, Roman (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Modely strojového učení vykazují náchylnost k útokům za použití adversariálních vzorů, tedy uměle připravených vstupů s cílem zmást model. Předpokládaná práce si dává za cíl prozkoumat metody generování těchto vzorů v případě black-box útoku vedeného proti hlubokým neuronovým sítím určených pro klasifikaci obrazových dat. Posoudili jsme úspěšnost metod používajících zástupné (surrogate) modely a navrhli jsme vlastní řešení pro účely adversariálního útoku, založené na genetických algoritmech. Úspěšnost zkoumaných metod jsme ověřili provedením několika experimentů na datasetu Fashion MNIST. Empiricky bylo ověřeno, že námi navrhované řešení vykazuje skvělé výsledky, zejména v případě necíleného útoku na residuální konvoluční sítě.
|
|
|
Pattern recognition for in-game spell systems
Mikuš, Pavel ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Šefl, Vít (oponent)
Magie tvoří v současných hrách populární element. Nicméně většina her kazí pocit z magie jakožto něčeho jedinečného, tím, že hráči umožní kouzlit pouhým stiskem několika kláves. Jsou však i hry vyžadují složitější mechanismus kouzlení, a právě kreslení komplexních symbolů je jedním z nich. Cílem této práce je nabídnout opakovatelně použitelnou knihovnu umožňující jednoduchou implementaci strukturovaného herního systému kouzel, založeného na kreslení symbolů. Práce zkoumá několik relevantních přístupů k rozpoznávání vzorů, popisuje metodu využívající neurální sítě k rozpoznání různých tvarů a jejich kombinací, vytváří systém pro popis parametrů a výsledků použitých algoritmů v rámci předdefinovaných tvarů kouzel a jejich rozpoznaných kombinací a implementuje tento přístup do knihovny a jednoduché doprovodné demonstrační hry. Knihovna a její parametry jsou porovnávány a systematicky optimalizovány.
|
|
|
A Minimalistic Directory Service
Hrubý, Ondřej ; Mareš, Martin (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
V práci představujeme jednoduchý síťový protokol, určený pro přístup k adresářovým službám nazvaný Feather-weight Directory Access Protocol (FDAP). Práce je inspirována protokolem Lightweight Directory Access Pro- tocol (LDAP), nicméně koncept adresářových služeb je zde prezentován ve zcela novém světle. Součástí práce je analýza aktuálně používaného proto- kolu LDAP a jeho nedostatků. Dále uvádíme specifikaci adresářové služby v kontextu nově navrhovaného protokolu FDAP. Také přikládáme ukázkovou, důkladně otestovanou implementaci serveru, klientské knihovny a příklad aplikace používající klientskou knihovnu v praxi.
|
|
|
Plánovač síťového provozu pro diferencované služby
Bali, Michal ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Matěna, Vladimír (oponent)
Diferenciácia služieb, teda schopnosť mechanizmov zabezpečovania kva- lity služby (QoS) spĺňať rôzne požiadavky rôznych typov prenosu po sieti, je dôležitou súčasťou poskytovania internetových služieb. Bežné metódy zle- pšovania kvality diferencovaných služieb vyžadujú centralizované plánovače sieťovej prevádzky, ktoré v sieťach typických ISP nemôžu reagovať na poru- chy. V tejto práci opisujeme, implementujeme a meriame výkon plánovača sieťovej prevádzky, ktorý je dostatočne jednoduchý na to, aby bol umiest- nený v kritických miestach siete, kde môže presne reagovať na vzniknuté problémy v sieti; súčasne podporuje viacúrovňové stochastické plánovanie sieťovej prevádzky, ktoré zaručuje istú úroveň spravodlivosti v sieti a diferen- ciácie služieb. Návrh je inšpirovaný predchádzajúcim výskumom v oblasti - kombinuje idey CoDelu a SFQ. Výsledný návrh plánovača sieťovej prevádzky, nazvaný Multilevel Sto- chastically Fair CoDel (MSFC), implementujeme v sieťovom simulátore ns-3. Simulácie na sieti podobnej infraštruktúre ISP vykazujú v porovnaní s inými necentralizovanými plánovačmi zlepšenie kvality diferencovaných služieb.
|
|
|
Modern approach to user interfaces for e-mail
Hruška, Marcel ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Škoda, Dominik (oponent)
Webové e-mailové rozhrania sú v dnešnej dobe nenahraditeľnou súča- sťou Internetu hlavne vďaka ich jednoduchému používaniu pomocou webo- vých prehliadačov a ľahkej integrácii veľkého množstva funkcií poskytnutých dodávateľom. Medzi najdôležitejšie funkcie, ktoré z časti alebo úplne chý- bajú v open-source webových implementáciách, patrí napríklad bezpriečin- ková organizácia pomocou tagov, navigácia poháňaná výkonným fulltexto- vým prehľadávaním a integrácia možností na spravovanie času. Táto práca popisuje novú, open-source alternatívu ku pokrokovým komerčným webovým e-mailovým rozhraniam obsahujúcu vyššie spomenuté funkcie. Softvér integ- ruje fulltextové vyhľadávanie poskytnuté ElasticSearch-ovou databázou do aktuálnej infraštruktúry na spracovanie e-mailov na UNIX-ových systémoch, na vytvorenie serverovej aplikácie, ktorá je používaná webovým užívateľským rozhraním, založeným na JavaScripte. Výkon výslednej aplikácie je testovaný na veľkom množstve e-mailov.
|
|
|
Využití simulovaného žíhání pro optimalizaci molekulárních otisků ve virtuálním screeningu
Filandr, Adam ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Ligand based virtual screening může být realizován pomocí různých molekulárních reprezentací. Fragment-feature molekulární reprezentace reprezentuje molekulu jako množinu fragmentů, kde každému fragmentu přiřadíme vektor deskrip- torů. První cíl práce je najít vhodnou podobnostní funkci pro takovou reprezentaci. Tato reprezentace může být také vylepšena přiřazením vah jednotlivým deskriptorům, které jim udávají prioritu v dané podobnostní funkci. Druhým cílem práce je prozkoumat možnosti simulovaného žíhání jako algoritmu použitého k nalezení vah. Experimentálně analyzujeme vliv použití různých typů fragmentů, typů deskriptorů, podobnostních funkcí, korelovaných deskriptorů, fragmentového šumu a parametrů simulovaného žíhání. Jelikož jsou experimenty výpočetně náročné, vyrobíme také nástroj vhodný pro rozsáhlé výpočty. 1
|
|
|
Výkonná simulace destrukce prostředí ve hrách
Dobranský, Marek ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Vinárek, Jiří (oponent)
Deštrukcia v hernom prostredí sa stala populárnou súčasťou počítačových hier. Aktuálne používané herné enginy využívajú rôzne prístupy k deštrukcii. Táto práca študuje niekoľko takýchto prístupov a implementuje vybrané kľúčové myšlienky z dostupných štúdií, v novom kombinovanom prístupe. Používame delenie objektov a boolovské operácie na trojuholníkových sieťach k modifikácii pevných objektov, ktoré reprezentujú herné prostredie a tiež tvoríme jednoduchú aplikáciu k demonštrácii vybraného prístupu v reálnom čase. Dospeli sme k názoru, že navrhnutá metóda je použiteľná najmä v počítačových hrách so sieťami s malým počtom mnohouholníkov. 1
|
|
|
λ-calculus as a Tool for Metaprogramming in C++
Šefl, Vít ; Hric, Jan (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Miroslav (oponent)
Šablonový systém jazyka C++ je natolik expresivní, že umožňuje napsat programy, které se vyhodnocují již během kompilace. Toho se dá využít například v generickém programování. Tyto programy jsou ale často náročné na psaní, čtení i údržbu. Navrhneme proto jednoduchý překlad z lambda kalkulu právě do C++ šablon a ukážeme, jak jej lze využít pro zjednodušení takovýchto metaprogramů. K této variantě lambda kalkulu dále přidáme Hindley-Milnerovo typový systém, Haskell syntaxi, uživatelsky definované datové typy, nástroje pro interakci se stávajícími šablonovými programy atp. Nakonec vytvoříme kompilátor, který je schopen transformovat programy psané v tomto jazyce do šablonových metaprogramů v C++. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.