|
|
Segmentace v mikroskopických obrazech z rostlinných preparátů
T.Kovács, Matúš ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Diplomová práca sa zaoberá segmentáciou v mikroskopických obrazoch z rastlinných preparátov. Popisuje význam histogramu pre získavanie informácií o obrázku, využitie vlnkovej transformácie na predspracovanie obrazu. Rozdeľuje segmentačné metódy a charakterizuje ich. Využíva programové prostredie MATLAB na praktické overenie teoretických predpokladov a na navrhovanie softwareovej aplikácie. Realizuje program, ktorý plne automaticky analyzuje a vyhodnocuje mikroskopické obrazy.
|
|
|
Pokročilé metody perfuzní analýzy v MRI
Macíček, Ondřej ; Frollo, Ivan (oponent) ; Mikl, Michal (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato doktorská práce se zabývá problematikou kvantitativní analýzy pomocí MRI a použití exogenní kontrastní látky. Jedná se o dvě metody, Dynamic contrast-enhanced MRI (DCE-MRI) a Dynamic susceptibility contrast MRI (DSC-MRI), které jsou většinou zpracovávány samostatně. Jedná se o unikátní metody, které poskytují cenné informace, avšak nejsou odbornou veřejností dostatečně přijímány kvůli nespolehlivosti odhadů parametrů a nejsou tak běžně používány ve vyšetřovacích protokolech. Tato dizertační práce si klade za cíl zlepšit spolehlivost metody DCE a odhady parametrů DSC. Práce se zejména zaměřuje na řešení problému kvantifikace při extravazaci kontrastní látky v DSC analýze a dále na nestabilitu DCE odhadů v případě použití pokročilých DCE farmakokinetických modelů s větším počtem parametrů. S použitím nových přístupů zpracování z literatury pro zpracování simultánně měřených DCE a DSC dat je možno odhadnout nové parametry vyšetřované tkáně - relaxivitu vaskulárního a intersticiálního prostoru. Pro tuto metodiku byl původně použit 2CXM model. V této práci je tato metodika testována s dalšími typy modelů, přičemž je kladen důraz na jejich spolehlivost v rámci spojení DCE a DSC. Bylo zjištěno, že model ATH je pro tento účel vhodnější než 2CXM. Metoda byla rozšířena o alternující dekonvoluci a dále na plně simultánní DCE-DSC odhad. Algoritmus byl testován na umělých a reálných datech. Výsledky analýz ukazují, že navržený dekonvoluční postup zlepšuje přesnost odhadu jak DCE, tak i DSC parametrů v porovnání se sekvenčním odhadem a zvyšuje tak významně potenciál a spolehlivost DCE a DSC metod.
|
|
|
Měření difúsního koeficientu membrán dialyzačních filtrů
Kašák, Pavel ; Bartoš, Michal (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá měřením difusního koeficientu dialyzační membrány. V první části se zabývá možnostmi modelování membrán. Jsou zde popsány základní modely, jež nám umožňují za pomoci matematického aparátu stanovit základní vlastnosti dialyzačních membrán, jako jsou permeabilita, koeficient propustnosti a další. V další části jsou popsány základní typy membrán a jejich vlastnosti. Hlavní část je zaměřena na vytvoření experimentální aparatury, jejíž pomocí budeme simulovat prostup kontrastní látky, používané při DCE-MRI, přes dialyzační membránu. Poslední kapitola teoretické části práce se zabývá odvozením výpočetních vztahů pro určení difusního koeficientu dialyzační membrány. Následuje praktická část, v níž je za pomoci navržené aparatury stanovena hodnota difusního koeficientu u dvou kontrastních látek Gadovist® a Multihance®.
|
|
|
Automatic detection of neural fibers losses
Václavek, Martin ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
This work is focused on detection of loss in nerve fibre layer on colour pictures of retina, witch are makes by fundus camera. It describe every simple objects of retina, optic nerve head, macula lutea and vascular bed. It detect optic nerve head and his near area, witch is general for detection of breakdownds. It use several metodes of picture adjusting for picture elaboration and objects detection (segmentation, thresholding, enhancement, hough transformation ). The detection of loss in nerve fibre layer is based on comparing of statistic parameters ( average, standart deviation, skewness coefficient and kurtosis coefficient histogram, entropy ) in choosed areas with and withou destruction of nerve layers. Vascular bed have badwatsh on results, cause of this we using hand choosing of essay.
|
|
|
Registrace obrazu
Jindra, Jakub ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Krátká, Lucie (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem různých způsobů registrace obrazů v oblasti medicínského zpracování. Jsou zde zpracována kritéria pro správnou volbu metody registrace, dále parametry pro vhodnou transformaci, identifikaci a registrační postup a také parametry pro závěrečné posouzení registrace, pro její schválení a odpovídající vyhodnocení. V práci jsou dále vypsány některé programy, které se již registrací obrazu zabývají, doplněné základními informacemi. Tato bakalářská práce také popisuje základy pro práci s magnetickou rezonancí a s tím související vytvoření anatomického atlasu mozku potkana. V další části je popsána tvorba jednoduchého grafického prostředí pro prohlížení obrazů mozku získaných z magnetické rezonance. Dále se práce zabývá registrací obrazů dle volně dostupných programů a na to navazující systém vyhodnocení těchto výsledků. Systém vyhodnocování je zpracován v grafickém prostředí Matlab, kde je použito histogramů, mozaiky a pomocného posuzovacího kříže.
|
|
|
Využití multi-echo sekvencí pro DSC-MRI
Černý, Štěpán ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Macíček, Ondřej (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce bylo prostudovat tématiku v oblasti perfúzního zobrazování založené na dynamickém zobrazování s T2/T2* kontrastem. Zaměření bylo na akvizice běžně používané pro DSC-MRI a především na akviziční pulzní sekvence, které zaznamenávají obrazy s různým echo časem, tzv. multi-echo sekvence. Jsou popsány principy jevu dynamického měření magnetickou rezonancí, úloha kontrastních látek a jejich vliv na relaxační časy. Dále je popsána problematika perfusní analýzy, měření a matematické modelování parametrů vstupujících do konvoluční závislosti pro zisk perfúzních parametrů. V experimentální části je provedeno naprogramování algoritmu pro zisk relaxační křivky času T2*. Dále jsou vytvořeny umělá data a je na nich testována robustnost odhadu perfuzních parametrů vůči šumu. V další fázi práce jsou porovnávány reálné nasnímáné živé a neživé objekty za použití konverze s T2* a bez. V poslední fázi práce je porovnáván vliv echo délky použitých echo časů na výsledné koncentrační křivky a po provedení perfuzní analýzy vliv na výsledné perfuzní parametry
|
|
|
Segmentace základních částí lidského mozku v MR datech
Klásek, Pavel ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Malínský, Miloš (vedoucí práce)
Práce popisuje segmentační metody používané v souvislosti se zpracováním obrazových dat, z nichž vybírá a uskutečňuje metody vhodné k požadované aplikaci segmentace částí mozkové tkáně – regionově orientovanou metodu narůstání oblastí a hybridní algoritmus rozvodí. Zvolené techniky aplikuje na reálných souborech dat. Výsledky realizací předkládá a hodnotí ve srovnání s referenčními výsledky pokročilého softwarového nástroje FreeSurfer. Text uvádí také výčet softwaru, který se pro účel segmentace v neurologii uplatňuje.
|
|
|
Modelování a analýza signálů v zobrazování perfúze magnetickou rezonancí
Kratochvíla, Jiří ; Šroubek,, Filip (oponent) ; Tintěra,, Jaroslav (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Práce ve své teoretické části popisuje perfúzní analýzu pomocí dynamického zobrazování s kontrastní látkou magnetickou rezonancí od akvizice dat až po stanovení odhadů perfúzních parametrů. Metoda je používána převážně v onkologii, kardiologii a neurologii. Práce se zaměřuje na kvantitativní stanovení odhadů perfúzních parametrů, konkrétně přispívá k řešení základního nedostatku této metody – korektnímu odhadu průběhu koncentrace kontrastní látky arteriálního vstupu analyzované oblasti (arteriální vstupní funkce). Z rešerše publikovaných prací a zaměření naší skupiny pak vychází formulace cílů dizertační práce. Zvoleným řešením je metoda slepé dekonvoluce. V praktické části je navržena nová metoda odhadu arteriální vstupní funkce slepou dekonvolucí. Metoda je navržena pro preklinické a klinické aplikace. Validace byla provedena na syntetických, preklinických a klinických datech. Dále byly analyzovány možnosti zvýšení časového intervalu vzorkování dat, které užití slepé dekonvoluce pro odhad AIF poskytuje. To může být využito pro zlepšení prostorového rozlišení, případně SNR. Pro snadnější rozšíření navržených metod do klinické a preklinické praxe byl vytvořen software na zpracování perfúzních dat
|
|
|
Měření a zpracování difuzních dat pomocí magnetické rezonance
Vankó, Bence ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Kolářová, Jana (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá DTI vyšetrením. Difúzny tenzorový model zobrazovania pomocou magnetickej rezonancie je moderná diagnostická metóda využívaná hlavne pre zobrazenie priestorového vzťahu určitej neurónovej dráhy mozgu. Práca je rozdelená na tri hlavné časti. Prvá časť obsahuje teoretický úvod MRI, DTI a literárne rešerše z jednotlivých vedeckých článkov, ktoré sa zaoberajú DTI experimentami. Druhá časť práce sa zaoberá rešeršom elektronických článkov pre výber vhodnej akvizície. Na základe preštudovaných článkov boli vybrané parametre, ktoré sa vylepšia počas meraní na fantóme. V treťej časti sa na základe výsledného akvizičného protokolu vykonávajú merania a dáta sa spracujú v rôznych softvéroch.
|
|
|
Biometrie otisku prstu
Kubica, Roman ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Fedra, Petr (vedoucí práce)
Úvodní část práce je zaměřena na seznámení s principy biometrických metod zpracování otisku prstu. Obsahuje klasifikaci a popis jednotlivých typů analýz otisku prstu rozdělených dle algoritmu porovnávání identifikovaného vzoru s obrazy z databáze. V navazující části se práce věnuje jejich zhodnocení na základě úspěšnosti experimentálních výsledků a popisu dostupných databází. Hlavním cílem této práce je vytvoření programu porovnávajícího snímaný otisk prstu s odpovídajícím vzorem získaným z databáze v programovacím rozhraní MATLAB® . Realizovaný algoritmus identifikace je zaloţen na výpočtu Poincarého indexu, stanovení singulárních bodů a markantů - význačných prvků obrazu otisku. Výkonnost programu je testována na generované databázi a zhodnocena dle indexů výkonnosti FAR a FRR.
|
host ::
RSS.