|
| |
|
|
Reflection of Carl von Clausewitz's work in anglo-american military historiography
Cáp, Michal ; Šedivý, Ivan (vedoucí práce) ; Beneš, Zdeněk (oponent)
Táto bakalárska práca sa zaoberá reflexiou diela Carla von Clausewitza v anglo- americkej vojenskej historiografii. Dielo Carla von Clausewitza O vojne, je obecne považované za jednu z najvýznamnejších a najznámejších kníh venujúcich sa problematike ozbrojeného konfliktu. Preto bolo vybrané ako jav, prostredníctvom ktorého je sledovaný vývoj a transformácie anglo-americkej vojenskej historiografie. V prvej časti tejto práce je popísaná problematika vojenských dejín obecne a odkaz Carla von Clausewitza špecificky. V druhej časti sú získané poznatky aplikované na historiografický prehľad.
|
|
|
Charakterizace vazby transkripčních faktorů CSL na DNA v kvasince Schizosaccharomyces pombe
Jordáková, Anna ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Proteiny Cbf11 a Cbf12, patřící do rodiny transkripčních faktorů CSL, jsou u poltivé kvasinky Schizosaccharomyces pombe zapojeny v široké škále buněčných procesů - mj. regulují buněčnou adhezi a podílejí se na udržování integrity genomu. V rámci celého genomu jsme již dříve identifikovali cílové lokusy, kam se proteiny CSL váží in vivo. Mnoho z cílových míst neobsahuje konsenzuální CSL-vazebný element. Patrně existují různé režimy vazby proteinů Cbf11/12 na DNA a doposud nebylo známo, s jakou biologickou funkcí je způsob vazby na DNA spojen. Pro účely studia DNA-vazebných módů proteinů CSL jsme v rámci tohoto projektu pracovali na zavedení DNA-vazebné mutace (DBM), která způsobuje ztrátu schopnosti proteinů CSL se vázat na kanonický motiv in vitro, do chromozomálního lokusu genů cbf11 a cbf12. S použitím "ura4 selekčního systému" jsme úspěšně zkonstruovali kmeny Cbf12-TAP a Cbf12DBM-TAP, tj. kmeny bez/s DBM v otevřeném čtecím rámci Cbf12, ve kterých je navíc protein Cbf12 C-terminálně značen TAP-tagem a obsahuje intaktní oblast 3'UTR. Nově jsme v naší laboratoři zavedli CRISPR/Cas9 systém, s využitím kterého se nám podařilo připravit kmen Cbf11-TAP. S konstrukcí kmene Cbf11DBM-TAP jsme prozatím neuspěli, nicméně v rámci práce diskutujeme možné optimalizace konstrukčního postupu, které by mohly vést...
|
|
|
The Role of DNA Repair in the Onset and Therapy of Ovarian Cancer
Tomášová, Kristýna ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Detekce poškození DNA a její oprava jsou důležité biologické systémy, které chrání genetickou informaci před změnami a přispívají tak k celkové stabilitě genomu. Jelikož je mnoho látek užívaných v boji proti rakovině založených na vyvolávání DNA poškození, podílí se mechanizmus oprav DNA významnou měrou i na léčebné odezvě organizmu na chemoterapii. Cílem této práce je uceleně shrnout problematiku vzniku rakoviny vaječníků ve vztahu k opravě DNA. Zvláštní důraz je přitom kladen na poruchy jednotlivých reparačních drah, které jsou neoddělitelně spjaty se vznikem rakoviny i úspěšností její léčby. Kromě nejznámějších genových mutací souvisejích s rakovinou vaječníků, jako jsou BRCA1 a BRCA2 účastnící se homologní rekombinace, bude značný prostor věnován i méně známým mutacím. Nejčastějším důvodem vzniku rakoviny vaječníků jsou dle výzkumů poruchy funkce proteinů uplatňujících se v opravách DNA homologní rekombinací. Výzkumy rovněž ukazují, že cílená inhibice či poškození opravných drah DNA, zejména bázových excizních oprav, mohou napomáhat efektivnímu působení chemoterapie. To platí i pro nukleotidové excizní opravy, které odstraňují adukty platinových komplexů na DNA a napomáhají tak k ustanovení rezistence vůči platinovým cytostatikům. Mechanimus korekce správného párování bazí je u ovariálního...
|
|
|
Zavedení nových metod pro studium molekulárně genetické podstaty onemocnění CADASIL
Hrubá, Monika ; Vlášková, Hana (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
CADASIL je autozomálně dominantně dědičné neurodegenerativní onemocnění s pozdním nástupem charakterizované poškozením malých cév, podkorovými infarkty a poškozením bílé hmoty mozkové. Nejčastějšími příznaky jsou migrény s aurou, cévní mozkové příhody, zhoršení kognitivních funkcí a demence. Onemocnění je způsobeno mutacemi v genu NOTCH3, převážně jde o jednonukleotidové záměny měnící počet cysteinových zbytků v EGF- like repeticích proteinu Notch3. V České republice se pro analýzu molekulárně genetických příčin tohoto onemocnění užívají metody Sangerova sekvenování PCR produktů a MLPA. U některých pacientů s podezřením na CADASIL se však těmito metodami nepodařilo diagnózu potvrdit. Proto bylo cílem této práce zavést metodu analýzy transkriptu Sangerovým sekvenováním PCR produktů cDNA a metodu kvantitativní PCR v reálném čase (qPCR) pro zjištění velkých delecí/duplikací. Analýzou transkriptu byla experimentálně potvrzena existence transkripční varianty X1 u zdravých kontrol a bylo prokázáno, že varianta c.1725G>A (p.T575=) má vliv na sestřih. Chybným sestřihem dochází k deleci zahrnující cysteinové zbytky, a tak může tato varianta způsobovat onemocnění CADASIL. U dalších testovaných variant nebyly nalezeny změny na úrovni transkriptu. Metoda qPCR neprokázala při použití v této práci dostatečnou...
|
|
|
Bakteriofágy - současné poznatky a možnosti jejich terapeutického využití
Glendová, Kristýna ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Bakteriofágy, jako viry bakterií, jsou nejrozšířenější organismy, které osidlují všechny biotopy, v nichž se nachází i bakterie. Jednou z alternativ boje proti infekcím, způsobených rezistentními kmeny bakterií, se v současné době jeví bakteriofágová terapie, která spočívá v aplikaci lytických bakteriofágů, či pouze bakteriofágových enzymů k potlačení růstu bakterií. Práce zmiňuje historii fágové terapie, stěžejní část práce se zabývá shrnutím současných trendů v bakteriofágové terapii, která se začíná rozvíjet v posledních letech. Mnoho studií se věnuje možnostem léčby bakteriálních infekcí fágovými lyzáty, včetně geneticky modifikovaných bakteriofágů a dále možnosti použití samotných bakteriofágových enzymů - endolysinů, či kombinaci fágových lyzátů a endolysinů s antibiotiky. Hlavními zájmy ve studiích jsou účinnost, specifita a bezpečnost terapie. Účinnost bakteriofágové terapie byla prokázána mnoha studiemi, jak in vitro, tak i in vivo. Bezpečnost terapie pro využití v klinické praxi se ale musí potvrdit stále málo prozkoumanými in vivo experimenty. Klíčová slova: bakteriofágy, bakteriofágová terapie, endolysiny, enzybiotika, multirezistence,
|
|
|
Analýza vlivu mutací v C-terminální doméně na vnitrobuněčnou lokalizaci nukleofosminu
Kráčmarová, Markéta ; Brodská, Barbora (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Mutace v C-koncové ásti genu pro nukleofosmin (NPM) pat í mezi asté genetické aberace u nemocných s akutní myeloidní leukémií (AML). Ve své práci jsem se zam ila na charakterizaci C-terminálních mutací typu A, B a E u onemocn ní AML. Za ú elem sledování lokalizace a chování tohoto proteinu byly zkonstruovány t i vektory nesoucí gen pro NPM s jednotlivými mutacemi a jeden vektor s intaktním genem pro NPM. K produkci rekombinantních protein byly zvoleny t i sav í expresní systémy bun ných linií HEK293T, HeLa a NIH 3T3. Fluorescen ní mikroskopií a nep ímou imunodetekcí byla popsána vnitrobun ná lokalizace mutovaných forem NPM (mutNPM). MutNPM typu A a B vykazovaly tém identickou, p evá n cytoplazmatickou lokalizaci, zatímco mutNPM typu E byl p ítomný v jadérku i cytoplazm sou asn . Lokalizace jednotlivých mutovaných forem v ak byla výrazn ovlivn na pou itou bun nou linií. Bylo prokázáno, e exogenní a endogenní NPM spolu interagují a skrze oligomerizaci vzájemn ovliv ují svoji vnitrobun nou lokalizaci. Studium genetických aberací má význam nejen pro klasifikaci nemocných do jednotlivých prognostických skupin, ale také v objasn ní patogeneze nádorových onemocn ní. Analýza vztahu mezi typem mutace a lokalizací mutovaného NPM pomáhá porozum t vlivu konkrétní mutace NPM na vznik a progresi AML a specifikovat její...
|
|
|
Design siRNA a vliv modifikací na jejich stabilitu a účinnost
Kuldanová, Kateřina ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Návrh krátkých interferujících RNA (siRNA) je základním krokem k úspěšné RNA interferenci (RNAi). Navrhnout vhodný siRNA duplex ale není zcela triviální, neboť existuje několik problematických oblastí, jako jsou například stabilita siRNA duplexů v přítomnosti nukleáz, účinnost eliminace cílové mRNA, sekvenčně specifická eliminace necílových mRNA, cytotoxicita a imunogenicita, ovlivňujících funkčnost siRNA duplexů a tedy i jejich využitelnost v medicíně a dalších oborech. Porozumění principům fungování siRNA duplexů při RNAi je nezbytným krokem k vyřešení výše uvedených překážek na cestě k účinným léčivům. Prostředkem optimalizace popsaných vlastností je úprava návrhu siRNA duplexů pomocí různých modifikací. Modifikovat lze fosfodiesterovou kostru, báze i ribózu. V každé z těchto skupin jsou známy modifikace, které mají na siRNA duplexy a následnou RNA interferenci pozitivní vliv. Tato práce předkládá dosavadní poznatky o několika nejznámějších modifikacích, jako jsou thiofosfátová substituce, 2′-deoxy-2′-fluoronukleotidy, 2′-O-methyl ribonukleotidy a LNA nukleotidy, a o větším počtu méně známých modifikací, jako jsou boranofosfátová substituce, 4′-thioribonukleotidy, 2′-O-methyl-dithiofosfátová modifikace a mnoho dalších, které ovlivňují vlastnosti siRNA duplexu.
|
|
|
Transgenic technologies based on transposons
Dobiášovská, Ivana ; Kozmik, Zbyněk (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Genové inženýrství je jednou z vedoucích technologií biologického výzkumu. Transgeneze, jedna z nejvýznamnější technik genového inženýrství, umožňuje studium genetických aspektů organismálních systémů a napomáhá tak pochopení funkce a struktury genomů. Transposony jsou přirozeně se vyskytující mobilní genetické elementy, které mohou být uměle využity k začlenění transgenu do genomu hostitelských buněk. Katalýza tohoto zásadního kroku v průběhu transgeneze činí transposony užitečným genetickým nástrojem. Práce usiluje o prezentaci eukaryotických DNA transposonů využívajích cut-and-paste mechanismus integrace, společně s významnými mechanismy ovlivňujícími jejich funkci jako možnosti vhodných systémů pro genový přenos.
|
|
|
Studium esenciality genu glmM kodujiciho fosfoglukosaminmutasu Streptococcus pneumoniae.
Krupička, Jiří ; Branny, Pavel (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Fosfoglukozaminmutáza (GlmM) představuje enzym hrající roli v biosyntéze buněčné stěny bakterií. Hlavním záměrem této diplomové práce bylo zjistit, zda je gen glmM esenciální pro životaschopnost Streptococcus pneumoniae. Za tímto účelem jsme vytvořili merodiploidní kmen obsahující dvě kopie glmM - nativní gen a jeho ektopickou kopii pod kontrolou inducibilního zinkového promotoru. Delecí nativního genu glmM jsme vytvořili mutantní kmen, u něhož jsme analyzovali životaschopnost a fenotyp v médiu s různými koncentracemi zinečnatých iontů, induktoru exprese ektopické kopie glmM. Zjistili jsme, že životaschopnost mutantního kmene je striktně závislá na koncentraci induktoru v médiu a úbytek GlmM se u buněk projevuje výraznými morfologickými defekty a sklonem k lyzi. Prokázali jsme, že následné vyrovnání koncentrace induktoru v médiu na koncentraci odpovídající kontrolnímu vzorku komplementuje projevy úbytku GlmM. Tyto výsledky dokazují esencialitu glmM pro životaschopnost S. pneumoniae. Dále jsme analyzovali, zda je pro funkčnost GlmM esenciální fosforylace na klíčových aminokyselinových zbytcích S99 a S101. Cílenou mutagenezí jsme připravili čtyři varianty plazmidů nesoucích glmM kódující záměny serinových zbytků za alanin nebo kyselinu glutamovou a transformovali je za vzniku čtyř merodiploidních kmenů, v...
|
host ::
RSS.