|
|
Sestavování fragmentů DNA
Paulenda, Ján ; Jaša, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zaobírá problematikou sestavování fragmentů DNA. Problém je převeden na problém sestrojení nejkratšího superřetězce. V rámci teoretického řešení jsou popsány různé sestavovací techniky a metody porovnávání textových řeťezců. Práce se dál v širším kontextu zaobírá jazykem Perl, který byl použit při implementaci daného problému. Závěr práce obsahuje statistiky testů implementovaného řešení.
|
|
|
Analýza dat z mikročipů pro zjišťování genové exprese
Hebelka, Tomáš ; Jaša, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce se zabývá analýzou dat z DNA mikročipů pomocí shlukové analýzy. Vysvětluje biologické pojmy - genová exprese a DNA mikročip. Následně obsahuje matematický a informatický popis metod shlukování a popisuje, jak tyto metody aplikovat na data z mikročipů. Dále práce obsahuje implementační detaily shlukovacích metod k-means, DBSCAN a představuje originální shlukovací algoritmus Strom++. Poté následuje popis implementace a ovládání programu. Na konec jsou zhodnoceny dosažené výsledky.
|
|
|
Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie
Vogel, Ivan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Tvorba fylogenetických stromů je v současnosti běžnou vizualizační metodou na vyjádření evolučních vztahů druhů. Tato práce se soustředí na vysvětlení matematické teorie popisující molekulární fylogenetiku a na návrh modifikovaného algoritmu na odvozování evolučního stromu založeného na vnitroskupinové analýze nukleotidových a aminokyselinových sekvencí. Dále popisuje objektový návrh a implementaci těchto metod v jazyce Python a integraci nástroje do velkého bioinformatického portálu. Navžená řešení dávají lepší výsledky oproti konvenčním metodám při zhlukování předdefinovaných shluků a jsou co do vstupních dat široce použitelné. Práce také závěrem diskutuje možné jiné aplikace navrhnutých metod a ich rozšíření na iné obory informačních technologií.
|
|
|
Paralelní multigenerativní syntaktická analýza založená na Cocke-Younger-Kasamiho metodě
Sopuch, Zbyněk ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Meduna, Alexandr (vedoucí práce)
S analýzou řetězců, hledáním vzorů a kontrolou syntaktické správnosti se setkáváme každý den, ať jde o programovací jazyky, komunikační protokoly či psaný text. Oblastí, kterých se tento problém dotýká, neustále přibývá, proto je třeba hledat i nové postupy, které by byly vhodné, a jejich aplikace dostatečně efektivní. V této diplomové práci se zabýváme tématem paralelních E0L-systémů a multigenerativních gramatických systémů, a to především v oblasti jejich spojení pro analýzu či generování jazyka. Aplikujeme tyto postupy na CYK metodu a ukážeme si, jaké vlastnosti vyplývají z tohoto spojení a jak by se daly využít v praxi.
|
|
|
Analýza strukturních elementů DNA
Knytl, Marek ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce je návrh a implementace nástroje trackAnalysis pro statistickou analýzu strukturních elementů na DNA. Pozice jednotlivých elementů v rámci genomu jsou získány v podobě stopy a nad těmito pozicemi poté nástroj provádí sadu analýz, mezi které patří test náhodnosti stopy, test vzdáleností stop od genů, klasifikace, detekce shluků a překryvů. Výsledky jednotlivých testů je možné navzájem propojit. Výsledek bude poté zobrazen ve formě výpisu, grafu, případně nové anotační stopy. Důležitou částí této práce je rovněž otestování výsledného nástroje na sadě reálných dat.
|
|
|
Informační systém pro evidenci a tisk zásilek
Petřík, Radek ; Stryka, Lukáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem práce bylo vytvoření webové aplikace usnadňující dopravcům a přepravcům práci se zásilkami. Účelem aplikace je evidence zásilek a tisk etiket. Nejprve je poskytnut přehled technik používaných při vývoji webových aplikací. Dále je popsáno, jak funguje moderní zásilková přeprava. Pak je specifikována připravovaná webová aplikace. Na závěr je analyzován průběh implementace v C# ASP .NET a výsledky práce.
|
|
|
A New Approach to LL and LR Parsing
Martiček, Štefan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Meduna, Alexandr (vedoucí práce)
The aim of this thesis is to create a new effective parsing method via connection of LL and LR approaches. For demonstration purpose is made a new programming language according to the pattern of PHP. The language is separated into the sections and for constituent sections is chosen the most appropriate from the mentioned methods. For every section is created its own syntax analyser. The thesis provides a complete theoretical basis to construct every syntax analyser that has been used here. Finally, the syntax analysers are connected together and new method is practically presented. In conclusion, contributions of this work are discussed, such as the faster parser or the improved development. It also discusses usability of the designed method and suggestions for the next possible research in this area.
|
|
|
Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie
Radakovič, Lukáš ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem a implementací aplikace, která má za úkol ověřit správnost algoritmu sloužícího na analýzu použitých mechanismů při tvorbě fylogenetického stromu. Aplikace umožňuje uživatelům zadat různé parametry fylogenetického stromu, jeho následné vytvoření a analýzu pomocí algoritmu. Výsledky analýzy se uloží do výstupního souboru, přičemž uživatel má možnost nastavit cestu. Zkoumaný algoritmus správně odhaduje podíl mechanismů na tvorbě stromu. Při odhadu relativního a absolutního podílu na změně počtu chromozomů a velikosti genomu nedosahuje přesné výsledky.
|
|
|
Shlukování biologických sekvencí
Kubiš, Radim ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Jedním z hlavních důvodů, proč se proteinové sekvence shlukují, je predikce jejich struktury, funkce a evoluce. Mnoho současných nástrojů má nevýhodu ve velké výpočetní náročnosti, protože zarovnává každou sekvenci s každou. Pokud některý nástroj pracuje výrazně rychleji, nedosahuje oproti ostatním takové přesnosti. Další z nevýhod je zpracování na vyšších mírách podobnosti, ale homologní proteiny si mohou být podobné i méně. Proces shlukování také bývá ukončen při dosažení určité podmínky, která však nezohledňuje dostatečnou kvalitu shluků. Diplomová práce se zabývá návrhem a implementací nového nástroje pro shlukování proteinových sekvencí. Nový nástroj by měl být výpočetně nenáročný, se zachováním požadované přesnosti, a produkovat kvalitnější shluky. Práce dále popisuje testování navrženého nástroje, zhodnocení dosažených výsledků a možnosti dalšího rozvoje.
|
|
|
Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinů
Kadlec, Miroslav ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá predikcí vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu. Cílem je vytvořit konsenzuální prediktor využívající výstupy vybraných existujících nástrojů za účelem zvýšení úspěšnosti predikce. Optimální konsenzus mezi těmito nástroji byl hledán s pomocí evolučních strategií (ES) ve třech variantách: evoluční strategie s pravidlem 1/5, varianta s autoevolucí typu 2 a metoda CMA-ES. Kvalita nalezených řešení byla následně testována na nezávislé datové sadě. Výsledky všech tří variant dosahovaly podobných přesností predikce, jako nejlepší byl vyhodnocen vektor vah nalezený ES s autoevolucí typu 2. Oproti samostatným prediktorům vykazovala konsenzuální metoda na trénovacích datech zlepšení Pearsonova korelačního koeficientu o 0,057. Na testovací sadě byl její přínos nižší (zlepšení o 0,040). Poměrně malý přínos k přesnosti predikcí na trénovací i testovací datové sadě byl způsoben tím, že pro některé záznamy se nepodařilo získat výsledky všech dílčích nástrojů. V případě vypuštění těchto záznamů přinesla konsenzuální metoda zlepšení Pearsonova korelačního koeficientu o 0,118.
|
host ::
RSS.