|
|
Studium interakcí komplexů přechodných kovů s biomolekulami metodami kvantové chemie.
Šebesta, Filip ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
U platinových komplexů byly stejně jako u mnoha sloučenin dalších tranzitních kovů prokázány protirakovinné účinky. Cílem dnešní medicíny je nahradit používané cisplatinové komplexy látkami, které vykazují méně vedlejších účinků. Tato práce se zabývá reakcí 5'-dGMP (2'˗deoxyguanosid˗5'˗monofosfát) s platičitým komplexem PtIV (dach)Cl4 (dach=diaminocyklohexan) za vzniku komplexu PtIV (dach)Cl3(N7-cGMP). Vprůběhu reakce dochází k cyklizaci fosfátu a vytvoření koordinačně-kovalentní vazby mezi platinou a dusíkem N7 guaninu. Zde studujeme geometrie molekul účastnících se jednotlivých fází reakce a sledujeme její průběh z termodynamického hlediska. Optimalizace struktur jsou provedeny na úrovni DFT s funkcionálem B3LYP v bázi 6-31G* v solvatačníim modelu PCM/UA0. Na úrovni B3LYP/6˗311++G(2df,2pd) v solvatačním modelu D˗PCM/sUAKS byly stanoveny energetické parametry reakce a rozložení nábojové hustoty.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Kombinovaný QM/MM popis interakcí organokovových léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) komplexů s oligomerními modely DNK
Zábojníková, Tereza ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sychrovský, Vladimír (oponent)
Tato práce se zabývá hydratací čtyř organokovvých léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) struktury. Jedná se o nalidixovou kyselinu, thio-nalidixovou kyselinu, ofloxacin a cinoxacin. U všech čtyř komplexů byly spočteny termodynamické parametry 3 možných reakcí s vodou. Jelikož se jedná o kyseliny, byly reakce zkoumány pro protonované i deprotonované struktry, aby byla získána představa o chování v kyselém i neutrálním prostředí. Optimalizace byla provedena metodou hustotního funkcionálu B3PW91 v bázi 6-31+G*. Následně byla spočtena energie zoptimalizovaných struktur v bázi 6-311++G(2df,2pd)metodou B3LYP a byla provedena NPA analýza za účelem zjištění parciálních nábojů.
|
|
| |
|
|
Noncovalent Interactions in the Gas Phase and Aqueous Solution: Theoretical Study
Zendlová, Lucie ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Burda, Jaroslav (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent) ; Jurečka, Petr (oponent)
5 Zál,ěr \/ části ia) prezentované práce jsme porovnali stabilitu a molekulovou interakci mezi adeninem...tyminem, guaninem...cýosinem a jejímimetylovanými 11alogy s malým počtem molekul vody a organických rožpouŠtědel.(CH3óH, DMSO a CHCI3). Pozorovali jsme odlišnéinterakce mezibázemi a studovanými solventy. Zatimco voda a CH3OH stabilizují S struktury párit bazi vetšímpočtem vodíkových vazeb než je moŽno v HB strukturacň, čHct:molekula nemá tuto v|astnost a jsou preferovány HB struktury s molekulami rozpouštědla nad a pod rovinou bází. DMSo molekula je jedinečná svou velikostí ve srovnání s ostatními rozpouštědly a mezi páry bazí s DMSo rozpouštědlem jsou nejvíce zastoupené jsou T struktury. . V části ib) prezentované práce jsme dospěli k několika závěrum za|oženýmna MD, SCC-DFTB-D a CoSMo výpočtech: i) nahrazení nukleové báze modifikovanou nukleobází X vede převážně ke strukturálním změnám centrálního páru (patrové uspořádání centrálního modifikovaného páru). Pouze s nejmenšími modifikovanými nukleobázemi P' centrá,lni pár bazí (A-P' P-T a P-P) zustane planární. V případě B-T' A-B nebo D- D ve specifické orientaci je jedna z modifikovaných bazi X výIačenaven z DNA duplexu. ii) Se stoupajícíaromaticitou modifikovaných nukleobazí X roste stabilita patrového uspořádání iii) Nejvyššíselektivita mezi všemi...
|
host ::
RSS.