|
|
Studium exprese serinracemasy v CNS pacientů postižených epilepsií
Vorlová, Barbora ; Maloy Řezáčová, Pavlína (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
Serinracemasa je enzym, který za pomoci kofaktoru pyridoxal-5'-fosfátu přeměňuje L-serin na D-serin. D-serin se podílí na aktivaci N-methyl-D-aspartátových receptorů pro glutamát - klíčových receptorů zajišťujících přenos nervového vzruchu v savčím mozku. Dysfunkce zmíněných receptorů může vést k různým neuropatologiím, jako je schizofrenie, mozková ischemie, neurodegenerativní onemocnění či epilepsie. Serinracemasa se proto stává slibným farmaceutickým cílem pro léčení těchto chorob. V této práci byly charakterizovány tři monoklonální protilátky proti lidské serinracemase a nejlepší z nich byla využita pro detekci tohoto enzymu v resekovaných vzorcích lidských epileptických tkáních metodou Western blot. Pro správnou interpretaci výsledků byla následně ověřena přesnost zpracování a analýzy jednotlivých vzorků. Nakonec byla měřena aktivita lidské serinracemasy pomocí L-serin-O-sulfátu, substrátu s doposud nejvyšší známou afinitou.
|
|
|
Příprava a charakterizace lidských buněčných kofaktorů retrovirové integrace
Čermáková, Kateřina ; Maloy Řezáčová, Pavlína (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
LEDGF/p75 je lidský buněčný vazebný partner integrasy viru HIV-1. Jak prokázaly nedávné studie, LEDGF/p75 hraje zásadní roli v replikačním cyklu tohoto viru. Jeho funkce v procesu retrovirové integrace je velice dobře prostudována. Byla identifikována doména zodpovědná za interakci s virovou integrasou (IBD) a byly provedeny strukturní studie, které poskytly detailní informace o této interakci. Ostatní jeho úlohy však zatím příliš charakterizovány nejsou. Je jisté, že jako transkripční faktor zasahuje nejen do replikace viru HIV-1, ale také do procesů spojených s buněčným stresem, autoimunity a rozvoje některých druhů rakoviny. Dodnes bylo odhaleno několik přirozených vazebných partnerů LEDGF/p75, jejichž vazba na tento protein je zprostředkovávána stejnou doménou jako vazba intergasy viru HIV- 1; jedním z nich je i protein PogZ. Bylo prokázáno, že vzájemná interakce LEDGF/p75 a PogZ je u obou těchto proteinů zajištěna jejich C-koncovými úseky. Abychom získali informace o této interakci a o topologii vazebných míst LEDGF/p75 a PogZ, rozhodli jsme se provést strukturní studii jejich vazebných domén. Tato strukturní studie je zásadní pro pochopení přirozené buněčné funkce LEDGF/p75 a může pomoci ve vývoji inhibitoru specificky blokujícího interakci LEDGF/p75 a virové integrasy, aniž by došlo k narušení...
|
|
| |
|
|
A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, M. ; Hradílek, M. ; Lepšík, M. ; Konvalinka, J.
The x-ray structure of a complex of HIV-1 protease (PR) with a phenylnorstatine inhibitor Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH2 has been determined at 1.03 A, the highest resolution so far reported for any HIV PR complex. The inhibiot shows subnanomolar Ki values for both the wild-type PR and the variant representing one of the most common mutations linked to resistance developoment. The structure displays a unique pattern of hydrogen bonding to the two catalytic aspartate residues. The high resolution permits to assess the donor/acceptor realtions of this hydrogen bonding and to indicate a proton shared by the two catalytic residues. Structural mechanism for the unimpaired ihnibition of the protease Val82Ala mutant is also suggested, based on energy calculations and analyses.
|
|
|
Hodnocení kvality krystalových struktur makromolekul
Řezáčová, Pavlína
Rentgenová krystalografie je hlavní technikou získání detailní informace o atomové struktuře makromolekul. Typické problémy makromolekulární krystalografie: difrakční data získaná na omezeném rozlišení a nepřesná fázová informace, nevyhnutelně ovlivňují kvalitu map elektronových hustot a následně se odrazí i v kvalitě konečného modelu.Dnes existuje mnoho metod pro ověření kvality modelu, které lze rozdělit do dvou základních skupin. První skupina hodnotí kvalitu modelu podle jeho shody s experimentálními daty. Druhá skupina ověřovacích metod hodnotí geometrické parametry modelu srovnáním se standardními hodnotami odvozenými z krystalových struktur malých molekul nebo struktur makromolekul určených na vysokém rozlišení. Tato práce je věnována představení běžně používaných počítačových programů využívajících obou výše zmíněných metod hodnocení kvality a ověřování struktur makromolekul. Jsou zde shrnuty ukazatele a měřítka kvality užívaná při hodnocení krystalových struktur makromolekul.
|
|
|
Structural basis of HIV-1 and HIV-2 protease inhibition bya monoclonal antibody
Řezáčová, Pavlína ; Lescar, J. ; Brynda, Jiří ; Fábry, Milan ; Bentley, G. A. ; Sedláček, Juraj
The murine monoclonal antibody 1696, produced by immunisation with the HIV-1 protease,inhibits the catalytic activity of the enzyme of both the HIV-1 and HIV-2 isolates, with inhibitionconstants in the low nanomolar range. This antibody cross-reacts with peptides that include theN-terminus of the enzyme (residues 1-7), a region which is highly conserved in sequence amongdifferent viral strains and which, furthermore, is crucial for homodimerization to the activeenzymatic form.<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" />We report here two crystal structures of a recombinant single-chain Fv fragment of mAb 1696,expressed in E. coli, as a complex with a cross-reactive peptides from the HIV-1 PR and theHIV-2 PR at 2.7 ? resolution and 1.9 ? resolution respectively. On the basis of the interactionsseen in the complex three-dimensional structures, the cross-reactivity between mAb 1696 withthe HIV-1 and HIV-2 protease and their N-terminal peptides can be explained. In addition, acandidate mechanism of HIV PR inhibition by mAb 1696 is proposed which may help thedesign of alternative HIV protease inhibitors, aimed at dissociating the homodimeric viral enzyme.
|
|
|
Cryocrystallography of biological Macromolecules
Řezáčová, Pavlína
Crystals of biological macromolecules at near to room temperature are sensitive to X-rays and frequently suffer from radiation damage, especially when X-ray experiments are carried out on highly intense synchrotron beamlines. Performing such experiments at cryogenic temperatures greatly reduce, or eliminate radiation damage and thus produce higher quality diffraction data.
|
|
|
Preliminary Crystallographic Study of ç-D-Crystalline Obtained from Patient`s Eye
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Štouračová, Renata ; Ondráček, Jan ; Kmoch, B. ; Asfaw, B. ; Elleder, M. ; Bezouška, K. ; Filipec, M. ; Sedláček, Juraj
|
|
|
Anti-HIV Proteinase Monoclonal Antibody F11.2.32 That Inhibits Enzyme Activity
Štouračová, Renata ; Lescar, J. ; Brynda, Jiří ; RIottot, M. ; Chitarra, V. ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Řezáčová, Pavlína ; Bentley, G. ; Sedláček, Juraj
|
|
|
Vazba fenylnorstatinového inhibitoru na proteázu HIV-1: geometrie, protonace a interakce kapes podřadných míst analyzované při atomovém rozlišení
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, Milan ; Hradilek, Martin ; Lepšík, Martin ; Konvalinka, Jan
Byla určena rentgenová struktura komplexu proteázy HIV-1 (PR) s fenylnorstatinovým inhibitorem Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH(2) při rozlišení 1,03 A, nejvyšším rozlišení, které bylo doposud uvedeno pro kterýkoli komplex HIV PR. Tento inhibitor vykazuje subnanomolární hodnoty K(i) jak pro PR divokého typu, tak pro variantu představující jednu z nejběžnějších mutací spojenou s vývojem rezistence. Struktura obsahující fenylnorstatinovou část chirality (2R,3S) vykazuje jedinečný obraz vazby vodíkových můstků na dva katalytické aspartátové zbytky. Toto vysoké rozlišení umožňuje zjistit donorové a akceptorové vztahy těchto vodíkových můstků a určit proton sdílený oběma katalytickými zbytky. Je také navržen strukturální mechanismus nenarušené inhibice mutanty proteázy Val82Ala založený na energetických výpočtech a analýzách
|
host ::
RSS.