|
|
Relaxační časy jader fluoru v chelátech s lanthanoidy
Bobrova, Yulia ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Wagnerová, Dita (oponent)
Kontrastní látky s fluorem pro zobrazování magnetickou rezonancí (MRI) mají díky nízkému přirozenému zastoupení fluoru v lidském těle a vhodným magnetickým vlastnostem jader 19 F značný potenciál. Potřebné urychlení relaxací lze provést pomoci paramagnetických sloučenin. Pulzními metodami spektroskopie jaderné magnetické rezonance byly v rámci této práce změřeny podélné a příčné relaxační časy jader 19 F v chelátu s různými paramagnetickými lanthanoidy (Ce, Yb,Tm, Dy, Ho) v magnetických polích 4,7 T a 11,7 T. Výsledky jsou porovnány s hodnotami vypočtenými užitím Bloch-Redfield-Wangsness teorie. Zatímco Ho, Tm a Dy zkracují relaxační doby na jednotky milisekund, což je pro využití v MRI příliš krátký čas, relaxační doby Ce a Yb dosahují přibližně 100 ms. To lze považovat za optimální v MRI. Výsledky práce mohou sloužit k hledání vhodných fluorových kontrastních látek a k optimalizaci měřicích sekvencí v navazujících výzkumech, potažmo v klinickém využití.
|
|
|
Charakterizace strukturních vlastností a stability DNA vlásenek pomocí NMR spektroskopie
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
CArG box je velmi konzervovaná DNA sekvence nacházející se v Serum Response Elementu (SRE) regulujícím expresi genu c-fos. V této práci byly pomocí jaderné magnetické rezonance zkoumány krátké oligodeoxynukleotidy obsahující CArG box, za účelem ověření jeho schopnosti tvořit vlásenku. Byla změřena 1H spektra v rozsahu teplot (274-360) K. Fitováním teplotních závislostí chemických posuvů byly určeny termodynamické parametry popisující tvorbu a rozpad vlásenky. Vlásenková struktura vzorků byla potvrzena na základě anomálií v NOESY spektru a nezávislosti teploty tání na koncentraci. Je tedy pravděpodobné, že CArG box skutečně tvoří neobvyklou konformaci, možná i kruciformy. To může být příčinou vysoké afinity mezi SRE a jeho transkripčním faktorem. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Studium lokálních změn ve stabilitě dvoušroubovice DNA po methylaci cytosinu pomocí jaderné magnetické rezonance
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Kouřilová, Hana (oponent)
Metylace cytosinu v CpG dinukleotidech hraje významnou roli při regulaci genové exprese a diferenciaci buněk. Oligonukleotidy s CpG motivem po metylaci příliš nemění svoji prostorovou strukturu, je však značně ovlivněna stabilita dvoušroubovice. V této práci je pomocí jaderné magnetické rezonance studováno tání duplexu DNA dvou selfkomplementárních oligonukleotidů o složení CAAC GTTG a CAAm5C GTTG liších se pouze metylací centrálního cytosinu. Za tímto účelem byla změřena NMR spektra 1H v rozsahu teplot (276-350)K. Fitováním spektrálních čar bázových vodíků s ohledem na probíhající chemickou výměnu mezi duplexy a samostatnými vlákny byly získány rovnovážné i kinetické parametry tání duplexu nezávisle pro jednotlivé rezonance. Metylace cytosinu v centrálním CpG motivu zvyšuje teplou tání, a to pro každý bázový pár. To poukazuje na vysokou míru kooperativity při tvorbě a rozpadu duplexu v celé molekule měřeného osmimeru. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.