|
|
Fylogeneze archaméb
Ptáčková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Vávra, Jiří (oponent)
Archaméby jsou malou skupinou anaerobních eukaryotických mikroorganismů, která patří do říše Amoebozoa. Dříve byly považovány za pozůstatky nejstarších eukaryot, která nemají mitochondrii. Později však byl u některých archaméb objeven pozůstatek mitochondrie, mitosom. Dnes je jisté, že archaméby nejsou bazální eukaryotické organismy, ale jsou blízce příbuzné aerobním mitochondriálním hlenkám (Mycetozoa). Mezi archamébami nalezneme jak améboflageláty, tak améby. Patří sem především parazitické rody Entamoeba a Endolimax a volně žijící rody Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa. Rod Mastigina má jak volně žijící, tak jednoho parazitického zástupce. Typickým znakem bičíkatých rodů Mastigina, Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa je mikrotubulární koš (konus), který vybíhá z jediného bazálního tělíska bičíku a může být asociovaný s jádrem. Přítomnost konu je charakteristická také pro hlenky. Fylogeneze archaméb není zatím zcela objasněna. Především systematika volně žijících zástupců je velmi zmatená. Příčinou je nedostatek sekvencí a velká variabilita jednotlivých zástupců volně žijících archaméb. Z tohoto důvodu bylo cílem naší práce získat, kultivovat a osekvenovat co největší počet volně žijících archaméb. Podařilo se nám získat a dlouhodobě kultivovat 42 nových izolátů volně žijících archaméb. Z 15 izolátů...
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles) v plazech a členovcích
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Jirků, Kateřina (oponent)
Rod Blastocystis si v současnosti získává pozornost mnoha vědců, zejména parazitologů. Zástupci tohoto rodu ztratili bičíky, ale, obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k snadnému přenosu se s tímto prvokem můžeme setkat i u lidí, u kterých bývá spojován se syndromem dráždivého tračníku. Předpokládá se, že tento organismus má u lidí vysoký patogenní potenciál. Ten je dnes stále předmětem diskuse. Rod Blastocystis je pozoruhodný svou extrémně bohatou genetickou diverzitou, která mnohdy komplikuje výzkum. Navíc pojetí této genetické bohatosti je dnes nejednotné a problematické. Genetická diverzita bývá studována zejména u zástupců parazitujících u homoiotermních obratlovců. Ty dnes můžeme rozdělit do celkem 17 odlišných genetických forem, tzv. subtypů. Zástupci tohoto rodu jsou schopni parazitovat i ve střevech studenokrevných obratlovců a bezobratlých živočichů. Tyto blastocysty stojí při studiu genetické diverzity rodu Blastocystis samostatně, některé z nich jako samostatné druhy. Celkově je jejich genetická diverzita velmi málo prozkoumaná. Tato práce si klade za cíl objasnit genetickou diverzitu rodu Blastocystis. Celkem bylo studováno 38 izolátů ze studenokrevných obratlovců a...
|
|
|
Diverzita a fylogeneze archaméb
Zadrobílková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent) ; Bardůnek Valigurová, Andrea (oponent)
Zástupci skupiny Archamoebae jsou volně žijící nebo endobiotičtí améboidní bičíkovci nebo měňavky. Protože se vyskytují v anoxickém nebo mikrooxickém prostředí, jejich mitochondrie jsou značně redukované. Zpočátku se dokonce předpokládalo, že mitochondrie postrádají úplně, a proto byly považovány za jedny z nejpůvodnějších eukaryotických organismů vůbec. Tato hypotéza byla později vyvrácena a dnes víme, že archaméby náleží do říše Amoebozoa a spolu s aerobními hlenkami (Macromycetozoa) a sběrným taxonem Variosea vytváří skupinu Conosa. Charakteristickým znakem bičíkatých archaméb je poměrně jednoduchý mikrotubulární cytoskelet, který se skládá z jednoho bazálního tělíska, ze kterého vychází bičík, postranního kořene a mikrotubulárního koše. U bezbičíkatých zástupců byl tento cytoskelet zcela redukován. V minulosti bylo vytvořeno asi 350 jmen archaméb na druhové úrovni. Popisy druhů jsou převážně založeny na morfologických znacích, které jsou ale často nedostačující, a proto je identita druhů nejistá a je pravděpodobné, že řada druhů bude v budoucnu synonymizována. Problémem je také nedostatek sekvenčních dat. V našem projektu se nám podařilo výrazně rozšířit dataset DNA sekvencí převážně volně žijících archaméb. Na základě kombinace molekulárních a morfologických dat jsme popsali 13 nových druhů...
|
|
|
Evoluce mastigontu ve skupině Excavata
Táborský, Petr ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Až v poslední době dochází k odhalení obrovské rozmanitosti eukaryotických organizmů. Jednou z velkých skupin jsou Excavata. Zkoumání organizmů této skupiny je velmi důležité jak z teoretického, tak z praktického hlediska. Mnoho autorů se domnívá, že v této skupině leží kořen eukaryot, a svědčí pro to mnohé studie. Náleží sem i organizmy, které mají nejméně odvozený mitochondriální genom. Několik zástupců ze skupiny Excavata jsou významní lidští patogeni. V první části se práce věnuje historickému přehledu utváření taxonomické skupiny Excavata, včetně pojednání o skupině Archezoa. V další části se soustřeďuje na obecný popis mastigontu (bazální tělíska a s nimi spojený cytoskelet z mikrotubulárních i nemikrotubulárních struktur). V poslední části se práce zabývá popisem mastigontu u různě odvozených organizmů ze skupiny Excavata, které mohou být jak volně žijící, tak endobitické.
|
|
| |
|
| |
|
|
Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
Anoxické sedimenty slouží jako životní prostředí mnohým nálevníkům. Přestože je známo, že anaerobióza vznikla nezávisle v několika liniích z 11 hlavních linií Ciliophora, a anaerobové byli nalezeni v nejméně osmi liniích nálevníků, diverzita anaerobních nálevníků třídy Armophorea je podstatně přehlížena. Podobně, jen velmi málo je známo o jejich hydrogenosomech. Abychom prohloubili vědomosti o diverzitě volně žijících zástupců třídy Armophorea, kultivovali jsme více než 100 armophoridních kmenů ze sladkovodních, brakických, i mořských anoxických sedimentů z celého světa. Stanovili jsme jejich SSU rDNA sekvence, provedli barvení protargolovou technikou, a studovali jejich morfologii ve světelné mikroskopii. Kromě toho jsme použili transmisní elektronovou mikroskopii pro posouzení ultrastruktury některých kmenů. Identifikovali jsme několik nových linií, které pravděpodobně představují nové druhy. Významnou součástí práce je objevení nové hluboké linie mořských anaerobních nálevníků - Muránů. Podle analýzy SSU rDNA se větví mezi třídami skupiny SAL (Spirotrichea, Armophorea a Litostomatea), ale tvoří samostatnou hlubokou linii, případně novou třídu. Došli jsme k závěru, že anoxické sedimenty ukrývají velkou diverzitu dosud nepopsaných anaerobních nálevníků. Klíčová slova: Anerobióza, Armophorea,...
|
|
|
Ekologie mikrobiálních společenstev v prostředí sulfidických rud
Falteisek, Lukáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Šabacká, Marie (oponent) ; Mandl, Martin (oponent)
1 Abstrakt Tato práce se zaměřuje na diverzitu mikroorganismů prokaryotického typu žijících v prostředí mikrobiální dekompozice i tvorby sulfidických minerálů a zkoumá zde vztah mezi složením mikrobiálních komunit a geochemickými procesy. V prostředí rozsáhlého a částečně vytěženého ložiska sulfidických rud byly poprvé charakterizovány mikrobiální komunity v gossanu a jejich role v rámci ekosystému. Kromě toho byla srovnána mikrobiální společenstva ze stanovišť typických pro tvorbu a přeměny kyselých důlních vod (AMD) a byla nalezena diferenciace nik mezi příbuznými mikroorganismy. Nález neobvykle variabilních mikrobiálních komunit v biostalaktitech rostoucích na vývěrech AMD byl využit pro detekci neutrální variability mikrobiálních společenstev. Bylo zjištěno, že jednoduché mikrobiální komunity nevykazují podobnost podle lokality, ačkoliv podobnost prostředí lokalitám odpovídala, ale převážně náhodně. Tím se jednoduché komunity liší od vysoce diverzifikovaných společenstev z půdy, sedimentů a dalších komplexních substrátů, které vykazují vysokou korelaci bioty s faktory prostředí. Předpokládaná příčina tohoto rozdílu je kompozitní charakter bohatých komunit a potlačení náhodných fluktuací průměrováním velkého počtu fyzicky oddělených mikrokomunit. Tomu nasvědčuje i fakt, že podobnost jednoduchých komunit...
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Prokaryotičtí symbionti volně žijících anaerobních protist
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Anaerobní prvoci jsou organismy obývající ředí bez přítomnosti kyslíku. Najdeme je anoxických habitatech jako jsou mořské a sladkovodní sedimenty, komunální skládky, nesmíme opomenout zástupce žijící v bachoru přežvýkavců, trávicím traktu švábů a dalších živočichů. Většinou mají anaerobní deriváty mitochondrií, často hydrogenosomy, organely produkující vodík. Metabolismus anaerobních prvoků je ve srovnání s aerobními organismy méně efektivní Časté interakce anaerobních ický my však mohou Symbiózy mezi anaerobními běžné a vznikly u zástupců mnoha anaerobních linií. žít buď endosymbioticky, uvnitř buňky hostitele, nebo ektosymbioticky, na povrchu hostitelské buňky. Dvě ekologicky významné skupiny prokaryot si dokázaly osvojit život symbiotickém vztahu volně žijícími anaerobními prvoky anogenní archebakterie, osídlující hlavně , využívají vodík nické sloučeniny k anu a síran redukující bakterie, žijící hlavně na povrchu buněk, využívají vodík a různé organické sloučeniny k redukci síranu na sulfan. Velmi málo se ví o bližším charakteru těchto vztahů druhové identitě a hostitelské specifitě prokaryotických symbiontů. Další výzkum je nutný pro pochopení fenoménu symbióz v anoxickém světě. Klíčová slova: anaerobní prvoci symbióza anogenní archebakterie síran redukující bakterie
|
host ::
RSS.