|
|
Kyjankovité houby: vývoj systematiky a diverzita v České republice
Matouš, Jan ; Holec, Jan (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V první části bakalářské práce je čeleď Clavariaceae charakterizována z historického, morfologického a ekologického pohledu a jsou blíže představeny tři hlavní rody Clavaria, Clavulinopsis a Ramariopsis s klavarioidní (kyjankovitou) a ramarioidní (kuřátkovitou) morfologií plodnice. Druhá část práce popisuje vývoj systematiky a nejdůležitější rody, které se v určitých fázích vývoje systému v čeledi Clavariaceae objevily. Je také kladen důraz na znaky, které vedly autory k jejich závěrům, a na vývoj rodového pojetí zmíněných tří kyjankovitých rodů. Třetí část shrnuje starší i recentní znalosti o diverzitě zmíněných tří rodů v České republice na základě údajů v literatuře. Jsou zde představeny druhy, které byly na našem území nalezeny a jsou stručně charakterizovány z ekologického hlediska. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Mykobiota šťovíku krmného
Janďourková, Hana ; Novotný, David (vedoucí práce) ; Nováková, Alena (oponent)
Šťovík krmný (Rumex patientia L. x Rumex tianschanicus A. Los.) je rostlina s velkým výnosem nadzemní biomasy. Z tohoto důvodu je pěstována pro energetické účely, ale na Ukrajině je také významnou krmnou plodinou. Přestože se šťovík krmný v České republice pokusně pěstuje už od roku 1992 (provozně od roku 2001), nebyla ještě zkoumána jeho mykobiota. Cílem této práce bylo zjistit složení mykobioty zdravých rostlin a mykobioty asociované se skvrnitostmi listů a stonků. Dále pak ověřit zda houby izolované ze skvrn tyto skvrny mohou způsobovat a jestli mohou být skvrnitosti způsobeny již dříve izolovanou houbou Phomopsis sp. Houby byly kultivovány na 2% sladinovém agaru a pak morfologicky určovány. Z reprezentativních kmenů pak byla izolována DNA a sekvence úseku ITS byla porovnána s databází GenBank, tak bylo ověřeno morfologické určení a určeny sterilní druhy. Ze zdravých rostlin bylo kultivováno celkem 24 morfotypů endofytických hub. Nejčastějšími druhy zde byly: Clonostachys rosea f. rosea, Cladosporium cladosporioides, Rhizopus arrhizus var. arrhizus, Alternaria alternata a Acremonium strictum. Ze skvrnitostí pak bylo izolováno celkem 29 morfotypů hub, dominantními druhy zde byly: A. strictum, Aureobasidium pullulans, C. cladosporioides, C. rosea f. rosea a Fusarium proliferatum. Přestože se mezi...
|
|
|
Studium environmentálních vzorků pomocí pyrosekvenování a vliv intragenomové variability ITS rDNA oblasti na odhady diverzity hub
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
ITS region jaderné ribozomální DNA je dnes jeden z nejčastějších houbových barcode markerů. Používá se v environmentálních metagenomických analýzách, při determinaci hub, ale i při studiu jejich fylogeneze. V genomu se rDNA vyskytuje ve formě multikopiových tandemových repetic. Běžným Sangerovým sekvenováním získáme vždy pouze konsenzus repetic, zakrývající většinu možných intragenomových variancí. Stále častěji používané 454 pyrosekvenování odhaluje sekvence jednotlivých kopií. Většina mutací se během jevu zvaného concerted evolution vytrácí. Částečná variabilita v kopiích však zůstává zachována, včetně možných pseudogenů. Vzhledem k častému používání 454 sekvenování u environmentálních studií nejsme schopni tuto variabilitu odlišit od reálné diverzity. Tím pravděpodobně dochází k nadhodnocování skutečné diverzity a mylnému vyhodnocování dalších studií. Práce shrnuje studie zabývající se zjišťováním diverzity hub pomocí 454 sekvenování a zároveň předkládá rešerši současných poznatků o intragenomové variabilitě rDNA coby potenciálním zdroji nepravé diverzity. Doposud chybí experimentální práce, která by se komplexním propojením těchto problematik zabývala.
|
|
|
Houby asociované s kořeny dřevin
Charvátová, Markéta ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Gryndler, Milan (oponent)
Oproti půdnímu prostřední představují kořeny rostlin místo s podstatně vyšší dostupností živin, zejména díky přísunu uhlíkatých produktů fotosyntézy. Kořeny proto umožňují život řadě mikroorganismů, které tyto látky využívají. Mikroorganismy v kořenech, ale na druhou stranu mohou čelit nedostatku dalších živin, například dusíku a fosforu. Na rozdíl od bakterií dovede řada vláknitých hub transportovat tyto látky z půdy a jejich mycelia se tak vyskytují i v tomto prostředí - typickým příkladem jsou ektomykorrhizní houby, asociované s kořeny stromů. Kořeny stromů produkují exudáty, které se liší svým složením u každého druhu a dokonce se mohou lišit i u každého jedince. To způsobuje vysokou diverzitu hub, asociovaných s kořeny. V půdě jsou také přítomny parazitické a saprotrofní houby. Složení a aktivita mikroorganismů je rozdílná v rhizosféře a ve "volné" půdě, která není přítomností kořene ovlivněna. Práce poukazuje na odlišnost rhizosféry a "volné" půdy, význam mykorrhizních hub na fyziologii rostlin a shrnuje druhy hub nalezené na kořenech smrku ztepilého - Picea abies. Klíčová slova: houby, mykorrhiza, půda, rhizosféra, smrk ztepilý (Picea abies)
|
|
|
Mikrobiální společenstva v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy
Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce se zabývá mikrobiálními společenstvy, žijícími v půdě dlouhodobě vystavené působení těžkých kovů. Ve dvou lokalitách na Příbramsku s odlišným stupněm kontaminace byly provedeny odběry půdy. U vzorků byla změřena respirace in vitro po přídavku zdrojů uhlíku a za různé míry zátěže kadmiem, jedním z kovů, jimiž je lokalita kontaminována. Z půdy po inkubaci se zdroji uhlíku a z kontroly bez přídavku byly odebrány vzorky a z nich izolována enviromentální DNA. Ze vzorků enviromentální DNA byl amplifikován gen kódující 16S rRNA u aktinobakterií, získaný směsný amplikon byl analyzován stanovením polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu. Získané profily byly použity ke srovnání aktinobakteriálních společenstev v obou skupinách vzorků půd a v jednotlivých ošetřeních. Analýza ukázala jasné odlišení dvou různě kontaminovaných lokalit a různě výrazné posuny ve složení společenstev po přidání substrátu.
|
|
|
Navození sporulace a tvorby pohlavního stádia u Ascomycota (Fungi)
Dudová, Zuzana ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Novotný, David (oponent)
V této práci jsem se zabývala faktory indukujícími sporulaci nepohlavního stádia a tvorbu pohlavního stádia u ascomycet, mezi které v závislosti na druhu patří světlo, dostupnost vody, vzduchu a esenciálních látek, přítomnost různých chemických látek a osmolarita. Některé druhy vyžadují pro sporulaci a tvorbu pohlavního stádia velmi specifické podmínky a stejně tak i složení médií, kterým je též věnována část mé práce. V kapitole o genetickém pozadí fruktifikace a sporulace jsem svoji pozornost zaměřila především na párovací (MAT) geny a geny hrající roli v procesu sporulace. Klíčová slova: sporulace, tvorba pohlavního stádia, MAT geny, párovací faktory, anamofa, teleomorfa, Ascomycota, homothalismus, heterothalismus.
|
|
|
Molecular biology and ecology of microbial decomposition of plant-derived biopolymers in forest ecosystems
Žifčáková, Lucia ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Uhlík, Ondřej (oponent) ; Bárta, Jiří (oponent)
V této dizertační práci byly studovány schopnosti hub a bakterií degradovat jednoduché i složité uhlíkaté sloučeniny získané z různých zdrojů, jako jsou kořenové exsudáty, opad, půdní organická hmota nebo houbové mycelium. Znalost funkčních vlastností, zejména degradačních schopností hub a bakterií, je důležitá pro dešifrování černé skříňky fungování mikrobů v půdě, a tím pomáhá při modelování a předpovídání budoucích směrů vývoje mikrobiálních společenstev tváří v tvář globálním změnám. U sbírkových kmenů hub s různou taxonomií a ekofyziologií byla ekofyziologie důležitější při projevu funkčních vlastností než taxonomie. U bakteriálních izolátů z opadu a půdy smrkového lesa, bylo potvrzeno, že Acidobakterie produkují širokou škálu enzymů ve velkém množství in vitro, byly také hojně zastoupeny a také aktivní v procesech rozkladu v kyselé smrkové půdě. Exprese degradačních enzymů u bakterií i hub byly dále studovány in situ v půdě smrkového lesa, která představuje důležité životní prostředí vzhledem k širokému rozšíření jehličnatých lesů na severní polokouli. Naše znalosti, pokud jde o pochopení sezónního vlivu na mikrobiální činnost, jsou nedostatečné. To je důvod, proč byl studovaný vliv sezónnosti na transkripci všech funkčních genů u hub a bakterií. Stejné experimentální uspořádání bylo použito...
|
|
|
Genetika hub, evoluce genomu a vyuziti prutokoveho cytometru pri studiu DNA
Würtherlová, Tereza ; Kostovčík, Martin (oponent) ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce)
Genom hub je dynamicky se měnící struktura. Jeho přestavbou může organismus reagovat na změny v prostředí a neustále se vyvíjet. Zajímavý jev je časté zvětšení genomu doprovázející přechod houby k parazitickému nebo mutualistickému způsobu života. Může se jednat o zmnožení některých chromosomů (aneuploidizace), duplikaci celého genomu (polyploidizace) nebo o šíření repetitivních sekvencí. Vliv velikosti genomu na ekologii a životní strategii organismu je v posledních letech stále více studován. V mykologii však prozatím uniká větší pozornosti. Průtokový cytometr (FCM) je moderní a progresivně se vyvíjející metoda umožňující zjistit velikost genomu, případně i odhadnout procentuální zastoupení GC/AT bází. Kombinace FCM se znalostmi ekologie hub a mechanismů utvářejících genom umožňuje odhalit obecné tendence evolučních procesů. Má práce shrnuje poznatky o mechanismech vedoucích ke změně velikosti/struktury houbového genomu, o korelacích s velikostí genomu a představuje princip průtokového cytometru a jeho uplatnění v mykologii.
|
|
|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
|
|
Mikroorganizmy s lipolytickou aktivitou a jejich využití
Pavlačková, Jana ; Omelka, Ladislav (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Lipasy jsou hydrolytické enzymy produkované řadou mikroorganismů. Tato práce popisuje nejen samotné mikroorganismy, které lipasy produkují, ale také různé možnosti průmyslového využití lipas. Lipasy nacházejí široké uplatnění v reakcích, ve kterých je nutná kombinace lipofilního substrátu s hydrofilním – při syntézách mastných esterů kyseliny askorbové nebo esterů cukru, při syntézách lipoaminokyselin nebo při lypolýze derivátů fenolu. Význam mají také vzhledem k ochraně životního prostředí, např. při čištění odpadních vod. V této práci byla lipolytická aktivita testována na pěti různých komerčních preparátech obsahujících mikroorganismy s lipolytickou aktivitou. Na stanovení lipolitické aktivity existuje řada různých metod. Příkladem může být spektrofotometrické stanovení lipolytické aktivity, při kterém se využívá schopnosti lipas štěpit p-nitrofenyllaurát na barevný produkt p-nitrofenol. Přičemž p-nitrofenol je detekován spektrofotometricky.
|
host ::
RSS.