|
|
The study of epigenetic regulation of HLA class II genes at the level of histone modification
Černoch, Marek ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent)
Úvod: Epigenetické modifikace mohou mít významný vliv na na aktivitu genů regulací jejich exprese, čímž mohou přímo ovlivnit mnohé procesy v lidském těle. Epigenetické procesy se také podílejí na etiopatogenezi mnoha chorob. Z tohoto úhlu pohledu se MHC geny jeví jako zvláště důležité, protože jsou spojeny s mnoha autoimunitními poruchami, například s diabetes mellitus prvního typu. Autoimunitní choroby se obecně zdají být úzce propojeny s určitými MHC geny II. třídy. Cíle: Cílem této práce je určit vztah mezi úrovní exprese a přítomností histonových modifikací v promotorovém úseku MHC genu II. třídy DQA1. Dále analyzujeme a srovnáváme exprese mRNA genu DQA1 v závislosti na přítomné QAP alele promotoru. Metody: Ze vzorků periferní krve od dobrovolných dárců jsme izolovali nukleové kyseliny (DNA i RNA) a leukocyty. DNA byla nadále využita pro genotypizaci jedinců. RNA byla podrobena reverzní transkripci a následně kvantitativní PCR za účelem vyhodnocení úrovně exprese. Leukocyty byly použity pro chromatinovou imunoprecipitaci, která byla vyhodnocena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Úroveň exprese QAP alely 3.1 byla zvýšená oproti ostatním alelám. Alela 4.1A se naopak exprimovala na významně nižší úrovni. Histonové modifikace byly zjištěny pro DQA1 alely *01, *02, *03 a *05. Mezi expresí a...
|
|
|
Forenzní analýza epigenetických faktorů a mRNA
Andreasová, Karolina ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Zachová, Markéta (oponent)
V posledních letech se pozornost forenzní genetiky soustředí na výzkum epigenetických faktorů a mRNA. Ukázalo se totiž, že jejich analýza poskytuje velmi cenné informace, které je možné získat z malého množství biologické stopy a mezi něž patří např. odhadování okolností smrti, odhadování věku jedince, rozlišení monozygotických dvojčat, identifikace tkání a tělních tekutin, autentizace vzorku, určení paternální alely, apod. V této práci se pojednává o metodách analýz jednotlivých epigenetických faktorů a mRNA a jejich potenciálním uplatněním v budoucí forenzní praxi.
|
|
|
Funkční analýza genomu pomocí mapování integračních míst podporujících expresi retrovirů v lidských buňkách
Miklík, Dalibor ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Exprese genů retrovirů je závislá na vytvoření proviru - DNA kopii retrovirového genomu integrované do genomu hostitele. Stav transkripce proviru je pak závislý na podmínkách v místě integrace proviru. Existence umlčování exprese proviru je problémem při využívání retrovirových vektorů a překážkou pro eradikaci viru lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1) u infikovaných pacientů. S využitím buněčných klonů nesoucích jediný integrovaný provirus je v této diplomové práci zkoumána distribuce (epi)genomových charakteristik v místech integrace stabilně exprimovaných provirů. Celkově bylo získáno 245 a 255 expresních profilů klonů nesoucích proviry ptačího sarkomového a leukózového viru (ASLV) a HIV-1. Na databázích založená analýza 42 integračních míst ASLV a 3 integračních míst HIV-1 ukazuje, že udržení stabilní exprese provirů je závislé na integraci proviru do blízkosti transkripčních startů (TSS). Přítomnost histonových značek charakteristických pro okolí aktivních TSS a regulačních elementů v místech integrace stabilně exprimovaných provirů toto pozorování potvrzuje. Výsledky této práce mohou soužit jako základ dalších analýz vztahu integračních míst retrovirů a jejich exprese a měly by být brány na vědomí při dalších analýzách exprese retrovirů.
|
|
|
Genome reprogramming during the first cell cycle of embryonic development
Barnetová, Irena ; Fulka, Josef (vedoucí práce) ; Pěknicová, Jana (oponent) ; Strejček, František (oponent)
Spermie obsahuje vysoce kompaktní genom. Tato kompaktnost je zprostředkována protaminy. Během oplození jsou protaminy spermie nahrazeny histony z cytoplazmy oocytu. Vedle výměny proteinů nastává i epigenetická remodelace. Mezi nejvíce studované epigenetické remodelace patří aktivní demetylace paternálního prvojádra. Tento jev byl pozorován u některých savců (myš, krysa, opice). Naopak u jiných druhů savců (ovce) aktivní demetylace prokázána nebyla. U některých druhů byly dokonce pozorovány obě varianty (prase, člověk, koza, králík). Práce se zaměřuje na modelový druh prasete a pokouší se objasnit důvody rozporuplných výsledků aktivní demetylace paternálního prvojádra pozorovaných u prasete. V této práci byly prověřeny tři možné faktory - technika produkce embryí, faktory spermie a kvalita oocytů. V první části práce byly porovnány zygoty vytvořené pomocí IVF (klasické in vitro oplození) a ICSI (intracytoplazmatická injekce spermie). Epigenetická remodelace prvojader byla analyzována pomocí nepřímé imunofluorescence. Mezi zygotami nebyl pozorován žádný signifikantní rozdíl. Paternální genom nepodléhal aktivní demetylaci ani v jednom typu embryí. Značení pomocí anti-H3/K9-me2 (dimetylace na lysinu 9 histonu 3) ukázalo pozitivní signál v obou prvojádrech přibližně v polovině případů. Druhá část práce...
|
|
|
Studium epigenetických regulací HLA genů II. třídy v rámci příbuzenských vztahů.
Chmel, Martin ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Urbanová, Jana (oponent)
Úvod: V současné postgenomické době představuje studium epigenetických regulací jeden z nástrojů pro porozumění funkci genů. Epigenetické regulace mohou přímo řídit časovou a prostorovou aktivitu genů či jejich umlčení. Molekulární podstata těchto regulací spočívá v modifikaci bází DNA, remodelaci chromatinu a RNA interferenci. Zároveň tyto mechanismy vykazují vlastní způsob přenosu dědičné informace do dalších generací nazývaný epigenetikcá dědičnost. V rámci mnoha chorob byla jako příčina prokázána deregulace epigenetické informace určitých genů. Z tohoto důvodu se jeví studium epigenomu HLA genů jako zvláště důležité, neboť tyto geny hrají zásadní roli v regulaci imunitního systému. Cíle: Cílem této práce je vytvořit popis epigenetických modifikací v rámci rodin. Jedná se o analýzu histonových modifikací a metylace DNA v promotorovém úseku genu HLA DQA1. Cílem bylo rovněž srovnat rozdíly v epigenetických modifikacích mezi alelami a také srovnání rozdílů v daných modifikacích mezi generacemi. Získané výsledky budou porovnány s analýzou míry exprese genu HLA DQA1. Metody: Z odebrané periferní krve dárců byly izolovány DNA, RNA a leukocyty. DNA byla použita ke genotypizaci. Další část vzorků DNA byla konvertována bisulfitovou metodou a posléze sekvenována. Ze získaných dat byla provedena analýza...
|
host ::
RSS.