|
|
Differential Gene expression using a negative binomial model
Janáková, Tereza ; Tkacz, Ewaryst (oponent) ; Abo Khayal, Layal (vedoucí práce)
The main goal of this master thesis is to carry out the analysis of differential gene expression using a negative binomial model. The first part is devoted to theoretical basis, discusses the RNA sequencing, Next-Generation Sequencing (NGS), the benefits and applications, and FASTAQ format. The second part is the practical part, there was chosen a suitable data set of genes, that will be later analyzed, and the relevant data was downloaded. This data was aligned to the human genome version 37 by Burrows-Wheeler transform and the SAM formatted files were created using the Bowtie mapper. The SAM formatted files were sorted by SAMtools. In the following part of this work was created an annotation object of target genes using Ensembl´s BioMart service and Matlab (version R2013b). Next, digital gene expression was determined and library size factor was estimated. In the end the negative binomial distribution parameters were estimated and data was tested for a differential gene expression.
|
|
|
Vývoj radioterapie karcinomu prostaty od 80. let po současnost
SUCHANOVÁ, Markéta
Karcinom prostaty (CaP) je jednou z nejběžnějších rakovin mužů. Jedná se o onemocnění s celosvětově rostoucí incidencí, v České Republice se za posledních 20 let ztrojnásobila. Nárůst mortality není zdaleka tak rychlý, ale po karcinomu plic a kolorekta je třetí nejčastější příčinou smrti na zhoubný novotvar u mužů. V léčbě CaP se jako standardní metody uplatňuje aktivní sledování, chirurgická radikální prostatektomie, brachyterapie a zevní radioterapie s případnou hormonální terapií. Radioterapie zaujímá v léčbě CaP nezastupitelné postavení. Užívá se jako kurativní léčba u lokalizovaného CaP nízkého a středního rizika. V případě vysokého rizika a lokálně pokročilých nádorů převažuje její kombinace s hormonální terapií, která zlepšuje kontrolu nádoru a celkové přežití pacientů. Zevní radioterapie se používá také v některých případech adjuvantně po radikální prostatektomii, dále jako záchranná léčba při biochemickém relapsu po operaci či jako paliativní léčba u generalizovaného onemocnění. Cílem této práce je poskytnout přehled o vývoji radioterapie CaP od 80. let. Dále zhodnotit výskyt postradiačních komplikací u pacientů s CaP po ozáření technikou IMRT a při použití protonové terapie. Byla použita metodika sekundární analýzy dat na základě studia dostupných informací z odborné literatury a internetových pramenů. Praktické informace byly získány při návštěvách Radioterapeutického úseku Onkologického oddělení Nemocnice České Budějovice a.s. (NČB) a Proton Therapy Center Czech s.r.o. (PTC). Průběh radioterapeutické léčby pacientů s CaP byl zjištěn metodou pozorování, cenné informace pak byly získány rozhovory s MUDr. Vančurovou a MUDr. Vítkem Ph.D., MBA. Dále byla provedena analýza výskytu akutních a pozdních postradiačních komplikací u pacientů s CaP léčených v těchto zařízeních. Akutní i pozdní toxicita byla hodnocena u GU a GI obtíží dle RTOG/EORTC stupnice, konkrétní potíže pak podle škály CTCAE v. 4.0. Jejich celkový výskyt byl podroben testové statistice formou nepárového t testu. Zkoumaným souborem bylo 30 pacientů s CaP ozařovaných v NČB a 30 pacientů z PTC s CaP nízkého, středního i vysokého rizika. Bylo zjištěno, že u pacientů v NČB byla průměrná dávka na rektum 40,7 Gy a na močový měchýř 39,4 Gy. U pacientů léčených v PTC byla průměrná dávka na rektum 13, 2 Gy a na močový měchýř 11,1 Gy. S tím souvisí i výskyt postradiačních komplikací. Akutní GU a GI toxicita 2. a vyššího stupně se v NČB vyskytla u 33 % a 23,3 %. Při mediánu sledování 22 měsíců byla v NČB incidence pozdní GU toxicity 2. a vyššího stupně 13,3 % a pozdní GI toxicita 2. a vyššího stupně 26,7 %, což převyšuje výskyt nežádoucích účinků popisovaný v literatuře. V NČB se navíc vyskytla ve zvýšené míře pozdní GI toxicita stupně 3 a 4 u 10 %, tj. u 3 pacientů. Kromě toho u 1 pacienta léčeného v NČB došlo 1,5 roku po ukončení radioterapie ke generalizaci onemocnění. U pacientů léčených v PTC se toxicita 3. a vyššího stupně neobjevila. Akutní GU a GI toxicita 2. stupně se zde vyskytla u 13,3 % a 6,7 %. Při mediánu sledování 21,5 měsíce byla v PTC incidence pozdní GI toxicity 2. stupně 3,3 %, pozdní GU toxicita se objevila pouze stupně 1 u 13,3 %. Byl zjištěn statisticky podložený rozdílný výskyt postradiačních komplikací u zkoumaných pacientů v NČB a PTC. Hypotéza, že PT snižuje výskyt postradiačních komplikací u pacientů s CaP ve srovnání s technikou ozařování IMRT, byla potvrzena. Bylo zjištěno, že se prostata v průběhu dne i během ozařování může značně pohybovat. Z tohoto důvodu lze doporučit využívání CBCT, které je v NČB nově součástí jejich lineárních urychlovačů, k ověření polohy prostaty před každým jednotlivým ozářením. Tato práce poskytla ucelený pohled na léčbu CaP a může posloužit k zvýšení informovanosti o postradiačních komplikacích u pacientů s CaP. Hlavní přínos této práce lze spatřit v předložení srovnání standardně používaného radioterapeutického přístupu se slibnou alternativou, které je možné využít jako podkladu pro další studie.
|
|
|
Vyhledávání nových biomarkerů vhodných pro screening a časnou diagnostiku nádorových onemocnění
KALČÍKOVÁ, Kateřina
Diplomová práce na téma "Vyhledávání nových biomarkerů vhodných pro screening a časnou diagnostiku nádorových onemocnění" je věnována problematice nádorových onemocnění, tedy karcinomu prsu, prostaty, ovarií a po nových zjištěních i melanomu, a stanovování nádorových markerů a jejich významu pro klinickou praxi. Jejím cílem je s využitím různých druhů imunoanalýzy vyhledat biomarker vhodný pro screening a časnou diagnostiku karcinomu prsu, ovarií, prostaty a maligního melanomu. Teoretická část udává stručný a ucelený přehled o epidemiologii vybraných nádorů a o používaných nádorových markerech a jejich vlastnostech. V metodické části jsou uvedeny principy použitých imunoanalytických metod, výčet použitých statistických metod a detailní popis souborů pacientů. Výsledková část obsahuje tabulky s výsledky biomarkerů rozdělené podle typu hodnocených nádorů. V diskuzi jsou pak rozebrána fakta, která z výsledků vyplývají. Je diskutován proces a současný stav hledání vhodných biomarkerů či jejich kombinací, jenž dokáží odlišit populaci s benigním nádorem od populace s maligním nádorem a markery, jenž jsou schopné odlišit zdravou populaci od populace s maligním nádorem prsu, ovarií, prostaty či melanomu. Tato práce může sloužit jako zdroj poznatků a výsledků pro pokračování ve vyhledávání takového markeru, jenž by mohl být použit pro screening a časnou diagnostiku nádorových onemocnění, a tedy pro zlepšení prevence takovýchto onemocnění v celé populaci.
|
|
|
Klinický význam stanovení prostatického specifického antigenu a jeho volné frakce pro detekci karcinomu prostaty.
BURSÍKOVÁ, Michaela
V současné době je stanovení prostatického specifického antigenu (PSA) a volného prostatického specifického antigenu (fPSA) využíváno k cílené detekci časných stádií karcinomu prostaty, spolu s dalšími parametry slouží také ke sledování průběhu již prokázaného onemocnění a efektu léčby. Cílem bakalářské práce je vypracovat rešerši na téma karcinom prostaty a benigní hyperplazie prostaty, popsat metody stanovení PSA a fPSA. Zpracovat naměřená data a vyhodnotit, ve které věkové skupině je nejvyšší počet požadavků na vyšetření PSA a zda jsou pacienti při zvýšené hodnotě PSA (dle věkové specifikace) dále laboratorně vyšetřováni. Naměřená data jsou dále zpracována ve třech vyslovených hypotézách. Teoretická část se zabývá poznatky o anatomické stavbě prostaty a fyziologických funkcích prostatické tkáně v organizmu. V této části jsou popsána onemocnění, která mohou prostatu postihovat. Pozornost je věnována onemocněním, která mohou způsobit elevaci laboratorně stanoveného prostatického specifického antigenu a jeho volné frakce. Mezi tato onemocnění patří záněty prostaty (prostatitidy), benigní hyperplazie prostaty a karcinom prostaty. Dále je popsána etiologie onemocnění, klinické příznaky, stádia onemocnění a diagnostický postup u pacientů, kteří přicházejí s podezřením na karcinom prostaty. V teoretické části je také popsáno laboratorní stanovení prostatického specifického antigenu, volného prostatického specifického antigenu a podmínky, které mohou ovlivnit preanalytickou a analytickou fázi jejich vyšetření. Jsou uvedeny i některé nové biochemické parametry, které by mohly v budoucnu doplnit nebo nahradit stávající laboratorní markery karcinomu prostaty. Tyto nové metody je však nutné podrobit dalším studiím. Následuje popis analytických systémů, které jsou vhodné k laboratornímu měření prostatického specifického antigenu a volného prostatického specifického antigenu. Je vysvětlen jejich princip měření a postup, jak probíhá analýza samotná. V závěru teoretické části jsou zmíněny možnosti sledování trendů laboratorních hodnot PSA u pacientů, kteří mají histologicky potvrzenou diagnózu karcinomu prostaty v bioptickém vzorku. Ke sledování nárůstu hodnot PSA se používá sledování PSA velocity (PSAV) a doubling time (čas zdvojení nárůstu PSA). Tyto metody neslouží k určení diagnózy karcinomu prostaty, mají pouze prognostický význam. Praktická část byla provedena v Klinických laboratořích Tábor a.s. Měření probíhalo v průběhu tří let (2011 2013) a byl vytvořen rozsáhlý soubor dat, který zahrnuje 11 357 vyšetření PSA a 2 074 fPSA. Výsledky jsou zaznamenány v příslušných grafech a tabulkách. Všechny naměřené hodnoty byly rozděleny do šesti skupin podle věku vyšetřovaných pacientů. V první skupině pacientů do 39 let bylo změřeno 243 PSA a 13 fPSA. V dalších věkových skupinách počet vyšetření postupně vzrůstal až do 69 let, v sedmém a osmém deceniu se počet vyšetření postupně snižoval. Počet provedených vyšetření v jednotlivých skupinách byl následující: 40 až 49 let 1305 PSA a 93 fPSA, 50 až 59 let 3462 PSA a 519 fPSA, 60 až 69 let 3852 PSA a 785 fPSA, 70 až 79 let 1941 PSA a 495 fPSA, nad 80 let 554 PSA a 162 fPSA. Data PSA vyšetření byla v každé skupině rozdělena podle cut-off hodnot, na PSA pod cut-off (v normě) a nad cut-off (mimo normu). Cut-off hodnota je pro každou věkovou skupinu rozdílná a zvyšuje se se vzrůstajícím věkem.
|
|
|
Prognostický význam PCA3, fúzního genu TMPRSS2:ERG a dalších markerů u karcinomu prostaty
HOLÁ, Hana
V současnosti se pro upřesnění screeningu karcinomu prostaty (CaP) zkoumá exprese řady genů, které by měly přispět k diagnostice provedené na základě PSA nebo ji nahradit. Mezi tyto geny patří i exprese genu PCA3 a stanovení přítomnosti fúzního genu TMPRSS2:ERG a malé nekódujíci RNA (mikroRNA). Cílem práce je stanovit hladinu PCA3 a přítomnost fúzního genu TMPRSS2:ERG a miR-23b, miR-26a a miR-221 v histologických vzorcích karcinomu prostaty a zjištěné hodnoty uvést do vztahu s klinicko-patologickými údaji pacientů. To přispěje ke znalostem o patogenezi CaP a k využití těchto markerů pro časný záchyt CaP.
|
|
|
Úloha sestry při transrektální biopsii prostaty
HESOUNOVÁ, Dominika
Předkládaná bakalářská práce nese název: Úloha sestry při transrektální biopsii prostaty. Práce je rozdělena na část teoretickou a část praktickou. Na začátku první části se zabývám samotným onemocněním-karcinomem prostaty, což je v dnešní době druhá nejčastější malignita u mužů. U tohoto onemocnění popisuji jednak rizikové faktory, jež mohou mít vliv na vznik karcinomu prostaty, ale také příznaky, kterými se onemocnění projevuje. Dále popisuji základní diagnostické metody, které se využívají při pátrání po přítomnosti karcinomu prostaty a prevenci, která je nedílnou součástí. V další části popisuji transrektální ultrasonografii spojenou s biopsií prostaty. Nejdůležitější úsek je ošetřovatelská část, ve které bych ráda poukázala na to, jak je důležitá přítomnost sestry nejen před výkonem, během výkonu, ale i po něm.
|
|
|
Radioterapie nádorů prostaty technikou IMRT a její toxicita
VRÁNOVÁ, Jana
Abstrakt Radioterapie nádorů prostaty technikou IMRT a její toxicita Karcinom prostaty je v současné moderní době jedním z nejčastějších maligních onemocnění u mužů. Nejvíce nemocných touto chorobou jsou muži věku mezi 50 až 70 lety a jejich počet stále roste. Má práce se zabývá vznikem pozdních komplikací po ozařování pacientů s karcinomem prostaty technikou IMRT v Nemocnici České Budějovice, a.s.. Hodnotila jsem počet pozdních komplikací v oblasti gastrointestinálního a genitourinárního traktu, stupeň poškození a dobu latence v závislosti na technice a dávce ozáření. Sledovala jsem, zda je počet pozdních komplikací srovnatelný s údaji v odborné literatuře, nebo se od těchto výsledků výrazně liší. Metodou pro zpracování odborné studie je kvantitativní výzkum. Data jsem získávala z kartotéky onkologického oddělení Nemocnice České Budějovice, a.s. Ze skupiny 243 pacientů bylo ke statistickému zpracování mého výzkumu vhodných 211 pacientů, kteří byli ozářeni technikou IMRT pro diagnostikovaný karcinom prostaty v letech 2007 ? 2010. Celkem u 114 z nich (54,03%) se objevily komplikace. V oblasti gastrointestinálního traktu se 1. stupeň pozdní toxicity objevil u 47 pacientů (88,68%), 2. stupeň u 4 pacientů (7,56%) a 3. stupeň u 2 pacientů (3,77%). Medián doby latence je 13,86 měsíců. V oblasti genitourinárního traktu se 1. stupeň toxicity objevil u 39 pacientů (82,98%), 2. stupeň u 8 pacientů (17,02%) a 3. stupeň se nevyskytoval vůbec. Medián doby latence je 10,3 měsíců. Po srovnání všech výsledků, které jsem svým absolvovaným výzkumem zjistila, jsem došla k závěru, že v Nemocnici České Budějovice, a.s. je výskyt pozdní toxicity druhého a třetího stupně k mírně nižší v oblasti gastrointestinálního traktu, ale v oblasti traktu genitourinárního dochází k pozdním komplikacím druhého a třetího stupně častěji.
|
|
|
Problematika sekundárních nádorů po ozáření prostaty
ŽÍŽALOVÁ, Hana
Radioterapie je jedním z oborů komplexní onkologické péče. Radioterapie využívá k ničení nádorových buněk interakci ionizujícího záření s tkání. Využívá účinků deterministických, které nastanou po určité prahové dávce.Naproti deterministickým účinkům stojí účinky stochastické. Stochastické účinky jsou bezprahové a mají dlouhou dobu latence. Mezi projevy stochastických účinků patří i indukce zhoubného bujení. Při radioterapii karcinomů prostaty je ozařována oblast malé pánve. Kritickými orgány, které jsou nejvíce zatíženy expozicí ionizujícího záření, je rektum a močový měchýř.
|
|
|
Postavení radioterapie u karcinomu prostaty
JANDOVÁ, Anna
Karcinom prostaty je nejčastějším zhoubným nádorem a druhou nejčastější příčinou úmrtí na maligní onemocnění u mužů v řadě vyspělých zemích světa. Zvyšující se výskyt karcinomu prostaty v České republice v posledních letech kopíruje nepříznivý vývoj ve světě. cílem práce je porovnat jednotlivé léčebné protokoly na jednotlivyých radioterapeutických pracovištích v České Rapublice.
|
|
| |
host ::
RSS.