|
|
Určení pohlaví ptáků analýzou DNA
Rádsetoulalová, Iva
Ve své bakalářské práci -- Určení pohlaví ptáků analýzou DNA, jsem se zabývala zpracováním informací o způsobech určování pohlaví u ptáků. Zaměřila jsem se na molekulární metody, zvláště na určování pohlaví analýzou DNA metodou PCR, která je založena na amplifikaci CHD1 genu. CHD1 gen se nachází na obou pohlavních chromozomech téměř u všech ptačích druhů. DNA se získává ze vzorků krve, pírek nebo podskořápečných membrán. Popsala jsem ptačí pohlavní soustavu, pohlavní chromozomy, nejčastější metody určování jejich pohlaví, metodu PCR a geny determinující pohlaví a geny využitelné pro určování pohlaví u ptáků.
|
|
|
Srovnání metod RFLP, RAPD, SSR a AFLP používaných při studiu genomu Prunus persica (L.)
Vlašínová, Martina
Broskvoň (Prunus persica (L.), která je pěstována více než 4000 let, je významným hospodářským druhem. Je využívána jak pro výživu, tak pro okrasné účely. Molekulární metody stále rychleji rozvíjejí a rozšiřují poznatky v oblasti výzkumu rodu Prunus. Jsou tedy v dnešní době nezbytnou součástí molekulární genetiky, šlechtění, fingerprintingu a mapování rostlinného genomu. V rámci šlechtění nových odrůd se zlepšuje kvalita broskvoní a zvyšuje se odolnost vůči chorobám a patogenům, čemuž napomáhají metoda RFLP a molekulární markery RAPD, SSR, AFLP, které zkoumají genetickou variabilitu a strukturu u druhu Prunus.
|
|
|
Mikrobiální profil modelových sýrů vybraného typu
Lavičková, Ivana ; Veselá, Mária (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací mikroorganismů ve vzorcích experimentálně vyrobených sýrů. Modelové vzorky sýrů byly vyrobeny ve spolupráci se soukromým výrobcem. Jako surovina bylo použito nepasterované mléko v „bio“ kvalitě. V teoretické části je uveden přehled dané problematiky obsahující charakteristiku sýrů, jejich vlastností a složek. Zvláštní kapitola je věnována molekulárně diagnostickým metodám sloužícím k identifikaci mikroorganismů. V experimentální části této práce byly ve vzorcích sýra pomocí polymerázové řetězové reakce identifikovány vybrané mikroorganismy. DNA byla izolována z připravených hrubých lyzátů buněk metodou fenolové extrakce, amplifikována pomocí specifických primerů a prokazována gelovou elektroforézou. V sýrech byla prokázána DNA bakterií mléčného kvašení (Lactobacillus spp., Lactococcus spp.) a kvasinek. Vzorky neobsahují DNA patogenních rodů Bacillus a Salmonella.
|
|
|
Izolace, identifikace a charakterizace mikroflóry vína a vybraných potravin
Šuranská, Hana ; Španová, Alena (oponent) ; Jarošová, Alžběta (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Předložená disertační práce se zabývá mikrobiologií vína a ručně vyráběných sýrů. První část práce je zaměřena na identifikaci kvasinkové mikroflóry izolované z bobulí a moštů během kvasného procesu výroby moravských vín. Jako matrice byly voleny odrůdy bílého (Sauvignon) a červeného (Rulandské modré) vína pocházející z integrované a ekologicky ošetřené vinice. Čisté kultury byly identifikovány molekulární metodou ITS-PCR-RFLP (amplifikující oblast vnitřního přepisovaného mezerníku ITS: ITS1, ITS2 a 5,8S rDNA) za použití tří až sedmi restrikčních endonukleáz a následně sekvenací ITS oblasti u vybraných izolátů. Z celkového počtu 524 izolátů bylo identifikováno 14 druhů řadící se do šesti rodů. Na začátku se fermentačního procesu účastnily nesaccharomycetní druhy s převahou druhu Hanseniaspora uvarum, v pozdějších fázích, díky rostoucí koncentraci alkoholu, byl predominantní druh Saccharomyces cerevisiae. Cílem práce bylo dále zavést postup aplikace selektovaných kmenů S. cerevisiae při řízené velkoobjemové výrobě vína. Předpokladem selekce byla v první řadě kmenová identifikace druhu S. cerevisiae. Rod Saccharomyces byl od ostatních nesaccharomycetních druhů odlišen metodou ITS-PCR-RFLP. Za účelem druhového a následně i kmenového odlišení byla aplikována řada dalších molekulárních metod zahrnujících PCR-fingerprinting (rep- a RAPD-PCR), druhově-specifické primery (multiplexní a touchdownovou PCR), LSU-DGGE a amplifikaci delta oblastí rDNA druhu S. cerevisiae. Druhově specifické primery odlišily některé druhy komplexu Saccharomyces sensu stricto, amplifikace delta sekvencí za použití primerů 1-2 se ukázala být vhodným nástrojem k odlišení kmenů druhu S. cerevisiae. Celkově bylo izolováno 120 kmenů rodu Saccharomyces, z toho bylo identifikováno 45 kmenů odlišných. Na základě dobrých technologických vlastností (osmotolerance, alkoholová tolerance, nízká produkce H2S aj.) byl vybrán autochtonní kmen S. cerevisiae 1-09 izolovaný z bobulí. Tento kmen byl testován při velkoobjemové fermentaci. Na základě chemické a senzorické analýzy vín byla na závěr posouzena vhodnost kmene pro výrobu vína. Vína připravená inokulací moštu autochtonním kmenem S. cerevisiae 1-09 se výrazně nelišila od vín, která byla připravena inokulací moštu komerčně dostupným kmenem. Další část práce je zaměřena na izolaci, kvantifikaci a identifikaci kvasinek z ručně vyráběných sýrů a jejich meziproduktů pocházejících ze zemí západního Balkánu. Izolované druhy byly identifikovány metodou ITS-PCR-RFLP, sekvenací, fyziologickými testy. Mezi dvaceti identifikovanými druhy byly D. hansenii, C. zeylanoides a Y. lipolytica druhy dominantními. Za účelem přímé detekce komplexního mikrobiálního systému zahrnujícího kvasinky a plísně byly aplikovány metody přímé analýzy DNA. Nově zavedená kultivačně nezávislá metoda založená na konstrukci knihovny z metagenomové DNA (ITS genomová knihovna spojená s restrikční analýzou) byla srovnána s kultivačně nezávislou LSU-DGGE a taktéž s kultivačně závislou ITS-PCR-RFLP. Odlišnosti mezi metodami byly potvrzeny korelační analýzou a stanovenými indexy biodiverzity a dominance jednotlivých druhů. Tato studie, založená na analýze sekvencí DNA obdržené přímo ze vzorků, vrhá nový pohled na mikrobiální diverzitu a může tak otevírat nové perspektivy přímé komplexní analýzy kvasinek a plísní nejen z potravinových matric, ale i jiných přirozených prostředí.
|
|
|
Podtypy Blastocystis u prasat
LAKATOSOVÁ, Lucie
Blastocystis je jednobuněčný anaerobní prvok, který se běžně vyskytuje ve střevním traktu zvířat i lidí. Jedná se o geneticky velmi variabilní organismus. Blastocystis lze nalézt jak u zdravých jedinců, tak u pacientů s gastrointestinálními poruchami. V roce 2011/2012 jsem v laboratoři parazitologického ústavu AV ČR prováděla vyšetřování již vyizolovaných vzorků DNA od prasat domácích a divokých molekulárními metodami. Celkem bylo vyšetřeno 110 vzorků. U domácích prasat byl pozitivní výsledek v 91 % (51/56) a u divokých prasat v 67 % (36/54). Celková prevalence byla u domácích prasat vyšší o 24 %. Několik získaných sekvencí genu pro SSU rRNA naznačuje, že u prasat se mohou vyskytovat i netypické podtypy Blastocystis.
|
|
| |
|
|
Rešerše ke studiu populační biologie rodu \kur{Rhytidoponera} (Hymenoptera: Formicidae)
BIZOS, Jiří
Mravenci z rodu Rhytidoponera jsou známi specifickou sociální organizací, která se vyznačuje schopností dělnic rozmnožovat se. Druhy tohoto mravence se běžně vyskytují v nížinném deštném pralese Nové Guineje, ale jejich biologie není téměř prozkoumána. Tato rešeršní práce shrnuje molekulární metody vhodné pro studium populační struktury a fylogeografie rodu Rhytidoponera v prostředí deštného pralesa.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.