|
| |
|
|
Evolution and genomics of symbionts in Hippoboscidae
ŠOCHOVÁ, Eva
Krevsající parazité vytváří asociace se symbiotickými bakteriemi, které jim doplňují B vitamíny a kofaktory chybějící v jejich potravě. Pokud jede o skupinu Hippoboscoidea, Glossinidae jako medicínsky významní přenašeči jsou extensivně studovány zatímco parazité ze skupin Nycteribiidae, Streblidae a Hippoboscidae jsou opomíjeni. Tato práce se skládá ze dvou doplňujících se manuskriptů zaměřených na fylogenezi a původ symbiontů ve skupině Hippoboscidae (mynuskript 1) a evoluci jejich genomů (manuskript 2). Za prvé, fylogenetika byla použita pro určení linií obligátních a fakultativních symbiontů v této skupině. Za druhé, genomika a fylogenomika byly použity pro lepší porozumění evoluce obligátních symbiontů z rodu Arsenophonus. Výsledky obou studií naznačují, že vztahy mezi Hippoboscidae a jejich symbionty jsou velmi dynamické s častými náhradami obligátních symbiontů. Tato hypotéza je podpořena jak fylogenetickými tak genomickými důkazy, konkrétně symbiotická bakterie Arsenophonus ve skupině Hippoboscidae představuje několik různých linií se zásadními rozdíly v jejich genomech a jejich metabolickými schopnostmi. Data prezentována v této práci tedy značně rozšiřují naše znalosti o evoluci a genomice symbiotických bakterií ve skupině Hippoboscidae a všeobecně i v ostatních krevsajících parazitech.
|
|
| |
|
|
Identifikace organismů pomocí analýzy nukleotidových denzitních vektorů
Maděránková, Denisa ; Babula, Petr (oponent) ; Schwarz, Daniel (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Většina metod pro analýzu genomických dat pracuje se sekvencemi v jejich symbolickém zápisu. Genomické sekvence lze považovat za formu biologického digitálního signálu, který je možné analyzovat metodami zpracování digitálních signálů. Sekvence v symbolickém zápisu však musí být před zpracováním převedeny do vhodného numerického formátu. Tato dizertační práce představuje metodu numerické reprezentace genomických dat, nukleotidové denzitní vektory, a jejich využití k molekulární identifikaci organismů. V současnosti populární DNA barcoding je přístup molekulární identifikace organismů na základě porovnávání krátkých sekvencí určitého úseku mitochondriálního genomu. V této dizertační práci navržená metoda identifikace organismů na základě porovnávání nukleotidových denzitních vektorů byla testována na rozsáhlém souboru DNA barcodingových sekvencích. Navržený způsob identifikace do druhů byl dále rozšířen a otestován na vyšší taxonomické skupiny jako je čeleď. Dále také byly pro testovací data zkonstruovány a porovnány dendrogramy ze standardně používaných evolučních vzdáleností a vzdáleností mezi nukleotidovými denzitními vektory.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.