|
|
Laboratorní diagnostiky mikrometastáz u pacientek s karcinomem prsu
Mikulová, Veronika ; Zima, Tomáš (vedoucí práce) ; Svoboda, Marek (oponent) ; Průša, Richard (oponent)
Úvod: Přítomnost cirkulujících nádorových buněk (CTC) v periferní krvi je asociována s horší prognózou a časným relapsem u pacientek s karcinomem prsu. Stanovení přítomnosti CTC v periferní krvi je nyní považováno za tzv. tekutou biopsii. Cílem této práce bylo stanovení přítomnosti CTC a jejich molekulární charakterizace s potenciálním využitím nejen jako nový biomarker pro sledování účinnosti systémové terapie ale také jako vhodný nástroj pro stratifikaci pacientek a následnou individualizaci léčby karcinomu prsu. Metody: Do prospektivní studie bylo zařazeno 54 pacientek s časným karcinomem prsu. Opakovaně jsme odebírali 10ml periferní krve pro stanovení přítomnosti a charakterizaci CTC v průběhu léčby. Izolace a detekce CTC byla provedena za použití AdnaTest BreastCancer™ kitu (AdnaGen AG, Německo) využívající kombinaci imunomagnetické separace s multiplex PCR pro stanovení transkriptů epiteliálních a tumor-asociovaných genů (EpCAM, MUC1 a HER2) v lyzátu CTC. Následně byla cDNA z izolovaných CTC použita pro analýzu genových expresí TOP1, TOP2A, CSTD, ST6GAL, KRT19 a aktin pomocí nově navržených a optimalizovaných esejí pomocí kvantitativní PCR (qPCR). Výsledky qPCR byly analyzovány pomocí softwaru Genex (MultiD Analysis). Výsledky: Celkem jsme vyšetřily 195 vzorků periferní krve. Přítomnost CTC...
|
|
|
Efekt polynenasycených mastných kyselin n-3 ve výživě potkana na expresi vybraného genu
Zamazalová, Nikola
Cílem mé diplomové práce na téma Efekt polynenasycených mastných kyselin n-3 ve výživě potkana na expresi vybraného genu bylo prozkoumat vliv kyseliny eikosapentaenové (EPA) a kyseliny dokosapentaenové (DHA) na expresi genů kódujících receptory GPR120, AdipoR1 a AdipoR2 ve vztahu k potlačení stavu mírného chronického zánětu organismu na modelu snížení rizika vzniku aterosklerózy dietární intervencí u laboratorního potkana. Potkanům bylo do krmné směsi MYPO přidáno 6 % oleje ze světlice barvířské (dieta S), 6 % rybího oleje (dieta F) či 6 % oleje z řasy Schizochytrium (dieta A). Genová exprese byla měřena metodou kvantitativní PCR v reálném čase a výsledky byly vyhodnoceny pomocí softwaru qbase+ (Biogazelle NV). Relativní exprese genu GPR120 byla u F diety 88 % (P > 0,05), u diety A 93 % (P > 0,05) oproti kontrolní skupině (100 %). Relativní exprese genu ADIPOR1 byla u F diety i A diety 82 % (P < 0,05) oproti kontrolní skupině. U genu ADIPOR2 to bylo 71 % (P < 0,05) u diety F a 68 % (P < 0,05) u diety A. Výsledky byly v rozporu s hypotézou, nicméně přesně se shodují s výsledky jiných studií v dostupné literatuře. Bylo by vhodné provést další studie zabývající se touto problematikou.
|
|
|
Analýza variability intronů
Kukačková, Hana ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Bakalářská práce se v teoretické části zabývá genovou expresí, významem a charakteristikou intronů a metodami jejich rozpoznávání. V praktické části se zaměřuje na analýzu intronů zvolených genů a vyhledávání konzervativních sekvencí . Nejprve je rozebrána struktura nukleových kyselin a popis jejich chemických a fyzikálních vlastností a genová exprese, její jednotlivé kroky – transkripce, posttranskripční úpravy a translace. Dále se práce zaměřuje na význam intronů, teorie jejich evoluce, podobnosti mezi různými skupinami organismů a některé metody jejich vyhledávání. Praktická část se zabývá analýzou počátečních a koncových oblastí intronů a ověřování konzervativnosti hraničních dinukleotidových sekvencí, dále analýzou hraničních oblastí intron – exon a exon - intron a dále se snaží navrhnout nové potenciálně konzervativní sekvence – motivy, vyhledat je a ověřit jejich konzervativnost.
|
|
|
Analýza dat z mikročipů pro zjišťování genové exprese
Hebelka, Tomáš ; Jaša, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce se zabývá analýzou dat z DNA mikročipů pomocí shlukové analýzy. Vysvětluje biologické pojmy - genová exprese a DNA mikročip. Následně obsahuje matematický a informatický popis metod shlukování a popisuje, jak tyto metody aplikovat na data z mikročipů. Dále práce obsahuje implementační detaily shlukovacích metod k-means, DBSCAN a představuje originální shlukovací algoritmus Strom++. Poté následuje popis implementace a ovládání programu. Na konec jsou zhodnoceny dosažené výsledky.
|
|
|
Vliv PUFA n-3 na expresi genů kódujících proteiny řídící homeostázu cholesterolu
Hyblerová, Dagmar
Cílem této práce bylo potvrdit to, že polynenasycené mastné kyseliny n-3 (PUFA n-3) mají pozitivní vliv na hladinu plazmatických lipidů. Tyto kyseliny mohou snižovat cholesterol díky zvýšení exprese genu Insig-1 a zároveň snížení exprese genů kódujících Hmgcr a Ldlr. To jsme testovali na pokusných potkanech, kterým bylo do krmné směsi přidáno 6% oleje světlice barvířské, 6% rybího oleje či 6% oleje z řasy Schizochytrium. Relativní exprese genu Insig-1 byla u pokusné skupiny s přídavkem rybího oleje 120% kontroly (P<0,05) a u skupiny s přídavkem oleje z řasy Schizochytrium byla relativní exprese 170% kontroly (P<0,05). Tyto výsledky potvrzují pouze část naši hypotézy, neboť relativní exprese genu Hmgcr a Ldlr byla u pokusné skupiny s přídavkem rybího oleje 103% (P>0,05) a 101% kontroly (P>0,05) a u skupiny s přídavkem oleje z řasy Schizochytrium byla relativní exprese 117% (P>0,05) a 156% (P>0,05) oproti kontrole. Tedy ke snížení relativní exprese těchto genů nedošlo. Nicméně jsme prokázali, že PUFA n-3 přispívají ke snížení plazmatického cholesterolu a to v našem případě až o 20% kontroly. Koncentrace cholesterolu u skupiny s přídavkem oleje ze světlice barvířské byla 1,35 mmol.l-1, u skupiny s přídavkem rybího oleje 0,98 mmol.l-1.
|
|
|
Analýza exprese genů pro růst a vývoj svaloviny u prasat, studium variability genu IL18 a jeho asociace s užitkovými znaky
Chalupová, Pavla
Práce navazuje na výsledky microarray analýz a zabývá se analýzou diferenciální exprese ve svalové tkáni u prasat. Pomocí kvantitativní real-time RT-PCR byla validována exprese 12 genů (ANXA1, ANXA2, BTG2, CSRP2, DAB2, EMP3, HBEGF, IL18, PRKAR1A, SGCD, SORT1, TGFB2) podílejících se na vývoji a růstu svaloviny u prasat. Byly sledovány rozdíly v expresi ve dvou svalech (m. longissimus lumborum et thoracis a m. biceps femoris) mezi prasetem divokým a českým bílým ušlechtilým, formami lišícími se výrazně v růstu. Všechny studované geny vykazovaly vyšší hladinu exprese u českého bílého ušlechtilého. Za účelem resekvenování a detekce polymorfismů byl vybrán gen IL18, kódující prozánětlivý cytokin interlerukin 18. IL18 byl dříve asociován s tukovým metabolismem, inzulínovou rezistencí a funkcí svalové tkáně. V úsecích pokrývajících exon 2, 4 a 5 bylo nalezeno celkem 40 polymorfismů. Pro dva polymorfismy: ENSSSCG00000015037:g.11237G>A v exonu 2 (MspI) a g.19480G>A v intronu 5--6 (VspI) byla navržena metodika PCR-RFLP a byla zhodnocena asociace s parametry užitkovosti a kvality masa u vybraných populací prasat (n = 344 a 669). Byly nalezeny asociace genu IL18 se znaky růstu, osvalení, ukládání tuku a kvality masa. IL18 by mohl být dalším genem využívaným v MAS u prasat.
|
|
|
Reportéry genové exprese u \kur{Drosophila melanogaster}.
ŠTROS, Jiří
Drosophila melanogaster je široce používaný modelový organismus v genetice a v dalších disciplínách souvisejících s lékařsky a biotechnologicky významnými problémy. První část práce podává přehled některých základních genetických nástrojů a reportérů genové exprese používaných při práci s D.melanogaster s důrazem na reportérový gen GFP. Druhá část podává popis a výsledky experimentální práce zaměřené na reportérový konstrukt sestávající z genu adenosin deaminasy (ADGF-A) a značky GFP. Při práci s reportéry genové exprese, jako je GFP, je důležité vědět, zda přítomnost reportéru neovlivňuje studovaný proces. Experiment popsaný v této práci testoval, zda je fúzní protein sestávající z adenosin deaminasy a GFP plně funkčním enzymem, nebo zda je aktivita enzymu ovlivněna přítomností fluorescenční značky. Výsledky práce podporují vhodnost fúzního konstruktu jako reportéru genové exprese.
|
|
| |
|
| |
|
|
Patogeneze klíšťové encefalitidy a její ovlivnění genetickým pozadím hostitele
PALUS, Martin
Práce se zabývala vlivem genetického pozadí hostitele na patogenezi klíšťové encefalitidy. U rekombinantních kongenních kmenů myšířady CcS/Dem po intracerbrální a subkutánní inokululaci virem klíšťové encefalitidy byla sledována letalita, titr viru v různých orgánech a klinické projevy klíšťové encefalitidy. Důraz byl zejména kladen na produkci virus-neutralizačních protilátek a expresi imunologicky významných genů v centrální nervové soustavě.
|
host ::
RSS.