|
| |
|
|
Eliminace artefaktů v obrazech z optické koherentní tomografie
Handová, Denisa ; Kolář, Radim (oponent) ; Štohanzlová, Petra (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá seznámením s optickou koherentní tomografií. Je rozdělena do několika částí, kde se v úvodní části práce popisuje princip této metody, její matematické vysvětlení a charakteristika dvou možností akvizice dat – Time-domain OCT a Fourier-domain OCT. Dále jsou uvedeny možnosti využití této techniky v lékařství, a to v oftalmologii, kardiologii a neurologii. Třetí část se zabývá popisem artefaktů a způsoby jejich odstranění. Součástí práce je také řešení pro redukci těchto artefaktů v prostředí MATLAB a toto řešení je využito v uživatelské aplikaci pro odstranění pruhového artefaktu v obrazech z optické koherentní tomografie. V závěru jsou uvedeny příklady použití na naměřených datech.
|
|
|
Vizualizace 3D dat v biomedicínských aplikacích
Karzel, Michal ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Štohanzlová, Petra (vedoucí práce)
Tato práce popisuje základní princip optické koherentní tomografie a předzpracování na- měřených surových dat. Předzpracování je zaměřeno zejména na filtraci šumu, odstranění artefaktů, normalizaci, konverzi a kompresi surových dat. Takto předzpracovaná data jsou uložena do souboru *.PFRG jako ”preprocessed fringe data”. Tato předzpracovaná data je možno vizualizovat pomocí jednoduchého programu, který umožňuje zobrazení dat třemi způsoby. Objemová data reprezentována voxely. Rekonstrukce objemu algoritmem pochodující kostky. Řezy objektem podél os X, Y, a Z.
|
|
|
Statistická analýza snímků z optického koherentního tomografu a její aplikace v oftalmologii
Kelča, Jan ; Slávik, Vladimír (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
V této práci je stručně popsána anatomie oka a struktura sítnice včetně jejích patologických změn. Práce se dále zabývá vlastnostmi a principem optické koherentní tomografie a její aplikací v oftalmologii ve spojení se statistickou analýzou snímků sítnice. Praktická část objasňuje vlastní problematiku statistické analýzy snímků sítnice s využitím histogramů představujících rozložení odstínů šedi a aproximačních funkcí, kterými jsou roztažná exponenciální funkce a Nakagamiho funkce. Vhodnou optimalizací jsou získány parametry, ze kterých jsou vytvořeny parametrické mapy, ilustrující distribuci odstínů šedi v různých oblastech zájmu.
|
|
|
Extrakce texturních příznaků pro účely detekce glaukomového poškození
Daněk, Daniel ; Kolář, Radim (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá automatickou analýzou fundus snímků sítnice pomocí texturní analýzy využívající Markovská náhodná pole. Cílem práce je nalézt vhodné texturní parametry, které by bylo možné využít pro klasifikaci stupně poškození vrstvy nervových vláken. Uvažovaný model Markovských náhodných polí využívá cirkulárně symetrické okolí pro popis analyzované textury a odhad parametrů modelu pomocí metody nejmenších čtverců. Získané texturní příznaky byly kvantitativně vyhodnoceny pomocí základní korelační analýzy s využitím dat z optické koherentní tomografie (OCT). Výsledky ukazují, že existuje korelace mezi navrženými příznaky a tloušťkou vrstvy nervových vláken, měřenou pomocí OCT. Příznaky lze tedy v budoucnu potencionálně využít pro diagnostiku glaukomu.
|
|
|
Analýza oftalmologických dat z pohledu diagnostiky glaukomu
Vodáková, Martina ; Kolář, Radim (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Bakalářská práce je zaměřena na texturní analýzu snímků sítnice s vysokým rozlišením s cílem subjektivně a kvantitativně popsat vlastnosti textury tvořené vrstvou nervových vláken. Na každém snímku byla předdefinována oblast zájmu v podobě deseti sektorů. V každém sektoru byla sledována korelace mezi subjektivním a kvantitatvním hodnocením textury. Výsledky ukazují, že navrhované základní příznaky jsou úzce spojeny s texturními vlastnostmi získanými z vizuálního vzhledu vrstvy nervových vláken. Poslední krok popisuje porovnání výsledků hodnocení textury vrstvy nervových vláken s kvantitativně změřenou tloušťkou vrstvy nervových vláken z dat optické koherentní tomografie.
|
|
|
Detekce optického disku ve snímcích optické koherentní tomografie
Šeda, Jan ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Hlavním úkolem této práce je návrh programu pro lokalizaci hranic optického disku v datech OCT. Součástí programu je také lokalizace „optic cup“ a výpočet několika hodnot charakterizující optický disk. Práce se dále zabývá popisem principu optické koherentní tomografie používané v oftalmologii. V jedné kapitole jsou popsány vybrané publikované metody lokalizace optického disku. V závěru práce je vyhodnocena úspěšnost navrhovaného programu a porovnání s OCT Zeiss Stratus 3000.
|
|
|
Analýza vrstvy nervových vláken pro účely diagnostiky glaukomu
Vodáková, Martina ; Malínský, Miloš (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na vytvoření metodiky kvantifikace vrstvy nervových vláken na fotografiích sítnice. V úvodní části textu je stručně nastíněna medicínská motivace práce včetně zmínky o některých studiích věnujících se dané problematice. Dále text popisuje uvažované texturní příznaky včetně jejich porovnání dle schopnosti kvantifikovat tloušťku vrstvy nervových vláken. Na základě popsaných poznatků byla navržena metodika využití regresních modelů za účelem predikce tloušťky nervových vláken, která byla dále testována na dostupných obrazových datech. Výsledky ukazují, že výstupy regresních modelů dosahují vysoké korelace mezi výstupem predikce a tloušťkou vrstvy nervových vláken měřenou optickou koherentní tomografií. Závěr práce diskutuje využitelnost aplikovaného řešení.
|
|
|
Segmentace vrstev sítnice ve snímcích optické koherentní tomografie
Zlotý, Petr ; Kolář, Radim (oponent) ; Gazárek, Jiří (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na seznámení s diagnostickou modalitou OCT a detekci vnitřních vrstev sítnice. V první kapitole je úvod do problematiky této modality a dále jsou uvedeny a rozebrány různé přístupy k segmentaci vnitřních vrstev. Dále je v práci na základě těchto metod navržen algoritmus pro detekci 4 rozhraní metodou prahování a algoritmus pro rozpoznání 7 vrstev metodou prohledávání grafu. V závěru je shrnuta přesnost oproti ručně segmentovaným rozhraním vrstev sítnice a návrhy na možná řešení problematických oblastí.
|
|
|
Multimodální registrace obrazů sítnice
Štohanzlová, Petra ; CSc, Tomáš Suk, (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá možnostmi registrace retinálních snímků z různých modalit, konkrétně optické koherentní tomografie (OCT), skenovací laserové oftalmoskopie (SLO) a fundus kamery. V první fázi práce je zájem soustředěn na registraci obrazu SLO na fundus snímek, což slouží k vymezení oblasti zájmu pro následnou registraci dat z OCT. Závěrečná fáze slouží k nalezení správné pozice B-skenů ve fundus snímku. Na základě prostudování různých registračních metod byl pro registraci v obou případech použit postup využívající výpočet korelačního koeficientu. Pro nalezení optimálních parametrů registrace je použito prohledávání celého prostoru parametrů. V dílčích částech práce pak je vytvořen algoritmus pro vyrovnání OCT B-skenů s následnou detekcí cév a také jednoduchý algoritmus pro detekci cév z fundus snímku. Pro zpřehlednění registrace bylo vytvořeno grafické uživatelské rozhraní, které umožňuje načtení vstupních obrazů a přehledné zobrazení výsledku v několika možných formách.
|
host ::
RSS.