|
|
Regulation of alternative splicing via chromatin modifications
Hozeifi, Samira ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Lanctôt, Christian (oponent)
Alternativní sestřih je jedním z mechanismů, který slouží k rozšiřování transkriptomu a proteomu v průběhu buněčného růstu, buněčné smrti, pluripotence, buněčné diferenciace a vývoje. Jak naznačují mnohé publikace, výběr sestřihového místa se odehrává v době, kdy je nascentní RNA v těsné blízkosti chromatinu. V této práci jsem se zaměřila na studium regulace alternativního sestřihu pomocí chromatinových modifikací, a to specificky na acetylaci histonů. V první práci popisujeme efekt inhibice histonových deacetyláz (HDACs), která ovlivňuje výběr sestřihového místa u ~700 genů. Ukázali jsme, že inhibice HDACs zvyšuje acetylaci na histonu H4 a posiluje procesivitu RNA polymerázy II (RNA pol II) v okolí alternativně sestřihovaného úseku. Dalším efektem inhibice HDACs je snížení asociace sestřihového faktoru SRp40, který reguluje sestřih fibronektinového alternativního exonu. Dále jsme ukázali, že Brd2 protein, který specificky váže acetylované histony, ovlivňuje transkripci 1450 genů. Po depleci Brd2 proteinu pozorujeme změnu v alternativním sestřihu u 290 genů. Na těchto a kontrolních genech jsme prozkoumali distribuci Brd2 proteinu a zjistili jsme, že Brd2 protein je lokalizován na promotorech ovlivněných genů. Dále jsme ukázali, že interakce Brd2 s chromatinem není závislá pouze na acetylovaných...
|
|
|
Diferenciace kvasinkových populací Saccharomyces cerevisiae: studium vlivu kultivačních podmínek
Šimek, Jan ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Dostál, Jiří (oponent)
Dlouhodobý výzkum chronologicky stárnoucích populací laboratorních kmenů kvasinky Saccharomyces cerevisiae odhalil, že kvasinky jsou schopny diferenciovat a vytvářet specializované buněčné typy. V současné době je nejpodrobněji popsána diferenciace tekutých kultur rostoucích v médiu bohatém na glukózu a kolonií rostoucích na pevném glycerolovém médiu, v nichž kvasinky vytvářejí dvě morfologicky odlišné skupiny buněk, jež přizpůsobují svůj metabolismus a fyziologii ve prospěch dlouhodobého přežití populace. V rámci diplomové práce byly z kolonií rostoucích na pevném glukózovém médiu a z tekutých kultur kultivovaných v glycerolovém médiu izolovány buněčné subpopulace lišící se v některých parametrech od subpopulací dříve popsaných. Nově izolované subpopulace byly porovnány s již známými buněčnými typy kolonií a tekutých kultur. Analyzována byla jejich stresová odolnost a vybrané metabolické procesy. Na základě předchozích výzkumů diferenciace kvasinkových populací byly vytipovány proteiny, jejichž exprese byla u jednotlivých populací buněk sledována pomocí fúze s fluorescenčním proteinem GFP. Výsledky ukázaly, že složení média a forma kultivace ovlivňují vývoj a metabolismus jednotlivých diferenciovaných buněčných subpopulací. Klíčová slova: Saccharomyces cerevisiae, BY4742, buněčná diferenciace,...
|
host ::
RSS.