|
|
Úloha tyrosinové fosforylace v sestřihu hnRNA
Koudelková, Lenka ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
Kódující sekvence eukaryotických genů jsou přerušovány dlouhými úseky nekódující intronické DNA, která musí být po přepisu do heterogenní jaderné RNA z transkriptu vystřižena. Eukaryotní organismy se vzrůstajícím tlakem na komplexitu proteomu vyvinuly systém alternativního sestřihu, jež je schopen, prostřednictvím oslabených konsensus sekvencí sestřihových míst obklopených přídatnými regulačními RNA elementy a s nimi asociujícími sestřihovými faktory, vytvořit proteinové produkty podle aktuálních potřeb daných vnějšími a vnitřními vlivy. Síť kooperativně či antagonisticky působících faktorů, jež rozhoduje o rozeznání sestřihových míst, je regulována enzymatickými modifikacemi na základě aktivit odpovídajících signálních kaskád. Vyjma mnohých jiných enzymů zajišťuje tyto modulace i rodina protein tyrosin kináz. Připojení fosfátu na tyrosiny proteinů metabolismu RNA za katalýzy kinázové domény tak ovlivňuje jejich afinitu k RNA a dalším interakčním partnerům, lokalizaci, enzymatickou aktivitu či jiné vlastnosti, což vyústí v ustanovení nové interakční sítě a využití odlišných sestřihových míst. Vzniklé produkty potom mohou rozdílnou měrou inhibovat či spouštět nejrůznější buněčné procesy nebo jinak regulovat fyziologii organismů.
|
|
|
Regulace alternativniho sestřihu
Dušková, Eva ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
Alternativní sestřih pre-mRNA je důležitým buněčným mechanismem, který umožňuje produkci velkého množství proteinových isoforem z omezeného množství genů. Na regulaci sestřihu alternativních exonů se podílí cis-elementy na pre-mRNA a trans-vazebné faktory (SR a hnRNP proteiny). Vzhledem k tomu, že sestřih probíhá během transkripce, začíná se uvažovat o možné roli struktury chromatinu v regulaci alternativního sestřihu. V této diplomové práci jsme studovali vliv histonové acetylace na alternativní sestřih. Na bázi alternativního exonu EDB, který se nachází ve fibronektinovém genu, jsme vytvořili sestřihový reportér. Ukázali jsme, že inhibice histonových deacetyláz ovlivňuje alternativní sestřih EDB exonu z reportéru stejně jako sestřih endogenního exonu. Dále jsme ukázali, že struktura promotoru má vliv na sestřih alternativního EDB exonu z sestřihového reportéru. Zároveň jsme zjistili, že struktura promotoru ovlivňuje míru acetylace histonu H4 na reportérech. Vkládání EDB exonu do mRNA bylo nepřímo úměrné histonové acetylaci reportéru. Tyto výsledky by mohly vysvětlit proč odlišné promotory mají různé sestřihové poměry alternativních exonů.
|
|
|
Studium alternativních sestřihových forem estrogenního receptoru alfa v buněčných liniích karcinomu prsu
Lhota, Filip ; Kleibl, Zdeněk (vedoucí práce) ; Souček, Pavel (oponent)
Filip Lhota: Studium alternativních sestřihových forem estrogenního receptoru alfa v buněčných liniích karcinomu prsu Abstrakt: Estrogenní receptor α (ER-α) je transkripční faktor zodpovědný za zprostředkování účinků svého přirozeného ligandu 17-β-estradiolu (E2), který je spolu s progesteronem hlavním hormonem ovlivňujícím proliferaci mamárních epiteliálních buněk a i většiny maligních buněk karcinomu prsu. Vedle hlavního genového produktu obsahujícího osm kódujících exonů je ER-α exprimován řadou kvalitativně i kvantitativně odlišných variant vznikajících alternativním sestřihem v rámci posttranskripčních úprav primárního transkriptu. Řada z těchto alternativních izoforem byla funkčně charakterizována, nicméně jejich konkrétní podíl na výsledné aktivitě ER-α v kontextu všech aktuálně přítomných variant není zcela objasněn. Funkční charakterizace konkrétních alternativních forem ER-α a stanovení jejich podílu na celkové aktivitě ER-α je spolu s pochopením mechanizmů, které regulují jejich vznik, důležitým poznatkem pro možné ovlivnění ER-α v rámci protinádorové terapie. Tato práce se zabývá studiem vlivu alternativních sestřihových variant ER-α na růstové vlastnosti klonů buněk modelových linií v závislosti na kultivačních podmínkách a stimulaci E2, respektive tamoxifenem. Pro tento účel byl vytvořen...
|
host ::
RSS.