|
|
Optimalizace postupů pro kvantifikaci miRNA z tenkojehlových bioptických vzorků karcinomu pankreatu.
Čuperková, Romana ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Karcinom pankreatu (KP) je velmi závažné onemocnění s pětiletým přežitím menším než 5 %. V současné době neexistuje žádný spolehlivý nástroj pro diagnózu KP v jeho časných stádiích. Pacienti v době diagnózy tak bývají často v pokročilém stádiu onemocnění a léčba nemívá výrazný účinek. Z těchto důvodů se klade stále větší důraz na nalezení vhodných molekulárních znaků, a to zejména pro zlepšení diagnózy a odhad prognózy. Jedním z takových nadějných znaků jsou miRNA. Jejich analýza v tkáni pankreatu je ale složitý proces. Hlavním důvodem je velmi malé množství vzorku získaného tenkojehlovou biopsií a dále pak samotný charakter pankreatické tkáně, ze které bývá úspěšnost molekulárně-genetických vyšetření výrazně nižší v porovnání s ostatními tkáněmi. Dalším negativním faktorem je značná heterogenita tkáně, díky které se zastoupení nádorových buněk v různých částech vzorku často liší. A tak vhodná volba postupu izolace nukleových kyselin (NK) a následných analýz včetně kvantifikace nádorových buněk ve vzorku je pro správné stanovení hladin miRNA zcela klíčová. Tato práce je zaměřená na optimalizaci celého postupu stanovení hladin miRNA z bioptických vzorků pankreatické tkáně zahrnující izolaci NK, kvantifikaci nádorových buněk pomocí stanovení mutací v genu KRAS, syntézu cDNA a analýzu hladin...
|
|
|
Analýza genové exprese během vývoje plodů planého a kulturního hrachu
Hamplová, Denisa
Studim domestikačních znaků hospodářsky důležitých plodin je hlavní náplní této diplomové práce. Identifikace genů domestikačních znaků má velký potenciál pro šlechtění rosltin. Experimentální část byla věnována studiu znaku pukavosti lusku, domestikačnímu znaku hrachu (Pisum sativum L.). Cílem práce bylo vyhodnotit expresi kandidátních genů pukavosti lusků u hrachu (Pisum sativum L.). Pro tento experiment byly použity linie hrachu JI64 (Pisum sativum ssp. elatius L.) a JI92 (afghánský typ kulturního hrachu Pisum sativum ssp. sativum L.) a jejich rekombinantní inbrední linie (RILs), vzniklých recipročním křížením. Pomocí metody qRT-PCR (Quantitative reverse transcription PCR) byly analyzovány kandidátní geny IDEH, SHAT, bZIP, SPT, NAC a porovnány s expresí referenčního genu tubulin.
|
|
|
Molecular and biochemical characterization of serine protease SmSP1 in \kur{Schistosoma mansoni}
OPAVSKÝ, David
SmSP1 is a chimerical serine protease consisted of three domains (cub, LDLa and trypsin-like) and found in Schistosoma mansoni. Its characterization was performed by molecular techniques such as PCR screen, qRT-PCR and RNA interference (RNAi) to gain information about expression profile, level expression and susceptibility to RNAi. Further, protein expression was carried out to gain an antigen for immunization and recombinant for biochemical studies. Results of PCR screen and qRT-PCR suggested possible function of SmSP1 in egg and adult stages but SmSP1 gene was not found susceptible to RNAi in NTS. Recombinant from E. coli was successfully used for immunization. Active recombinant was likely expressed in Pichia pastoris but expression conditions are unstable and expression optimization is necessary.
|
host ::
RSS.