|
|
Taxonomy, phylogeny and phylogeografy of selected groups of aquatic beetles (Coleoptera: Hydrophilidae, Hydraenidae) of the Caribbean region
Deler-Hernández, Albert ; Fikáček, Martin (vedoucí práce) ; Ribera, Ignacio (oponent) ; Archangelsky, Miguel (oponent)
Tato doktorská práce je zaměřena na zástupce broučích čeledí vodomilovitých (Hydrophilidae) a vodanovitých (Hydraenidae) karibské oblasti a přilehlých oblastí. Je rozdělena do dvou částí: fylogenetické a systematické. Fylogenetická část se zaměřuje na vodomilí rody Phaenonotum a Crenitulus Velkých Antil: materiál byl nasbírán na všech čtyřech hlavních ostrovech (Kuba, Hispaniola, Jamajka, Portoriko) a analyzován na základě morfologických a molekulárních dat. Rod Phaenonotum obsahuje čtyři endemické druhy vyskytující se každý na jednom z ostrovů, z nichž ty z Kuby, Jamajky a Hispanioly jsou bezkřídlé a tvoří fylogenetickou větev, která se oddělila před ca. 46 milióny let a pravděpodobně kolonizovala karibskou oblast přes pevninský most GAARlandia. Druh endemický pro Portoriko a další dva neendemické druhy kolonizovaly karibské ostrovy přes moře během oligocénu a miocénu. Analýza rodu Crenitulus ukázala, že karibské druhy patří do dvou kládů: skupina druhů kolem C. yunque tvoří klád endemický pro Kubu a Hispaniolu, kdežto skupina druhů kolem C. suturalis je rozšířena na Velkých Antilách a v severní Americe. Podrobná revize druhové skupiny kolem C. yunque za pomocí morfologie a metod pro rozlišení druhů na základě molekulárních dat ukázala, že tato skupina obsahuje 11 druhů endemických pro jednotlivá...
|
|
|
Evoluční mechanismy středoevropských zástupců rodu Dactylorhiza
Bílá, Klára ; Urfus, Tomáš (vedoucí práce) ; Figura, Tomáš (oponent)
Rod Dactylorhiza (prstnatec), který zahrnuje zelené terestrické orchideje, patří mezi taxonomicky nejkomplikovanější skupiny evropské flóry. Základní druhy mezi sebou často hybridizují a existuje celá řada obtížně identifikovatelných kříženců a hybridogenních linií. Zásadními rodičovskými druhy většiny hybridů a hybridogenních taxonů jsou D. incarnata, D. maculata a D. fuchsii, které současně reprezentují odvozenější linie rodu. Sesterským rodem prstnatců je rod Gymnadenia, který sdílí s prstnatci některé společné znaky. Dactylorhiza viridis, dříve řazená do rodu Coeloglossum, představuje první oddělující se druh. Centrum diverzity se pravděpodobně nachází ve Středomoří, odkud se prstnatce po skončení doby ledové rozšířily zpět do střední Evropy. Hlavním evolučním mechanismem je polyploidizace, která spolu s hybridizací vede ke vzniku alopolyploidních linií. Unikátní znak orchidejí (včetně rodu Dactylorhiza) představuje částečná endoreduplikace, při níž dochází k somatické endopolyploidizaci pouze určité části genomu. Pro mikroevoluci prstnatců má také značný význam způsob opylování. Šálivé květy rodu Dactylorhiza opylují hlavně nezkušení čmeláci, ale lze se u nich setkat také s opylováním brouky nebo mravenci. V posledních dekádách jsou zástupci tohoto rodu ohroženi zejména úbytkem lokalit. Avšak dosud...
|
|
| |
|
|
Fylogenetická analýza a molekulární detekce koronavirů
MARHOUNOVÁ, Lucie
Cílem této bakalářské práce bylo seznámení se s tvorbou fylogenetických stromů, které popisují vztahy mezi koronaviry, porovnání a posouzení vhodnosti používaných a navrhnutých primerů pro detekci nového typu koronaviru SARS-CoV-2. Dle fylogenetických stromů lze určit evoluční vztah zkoumaných organismů, které v průběhu evoluce podléhají změnám ve svých sekvencích tzv. mutacím. Tyto změny určují jejich vývoj. Teoretická část bakalářské práce byla zaměřena na obecné seznámení se s viry a následně koronaviry, kam se nově řadí SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 představoval a pořád představuje velkou hrozbu pro celý svět. Dále byla probraná problematika fylogenetiky a na závěr detekční metoda PCR. V praktické části byly vytvořeny fylogenetické stromy pomocí počítačového programu MEGA-X za využití metody Neighbor-Joining, které zkoumaly fylogenetické vztahy mezi koronaviry zaměřené hlavně na SARS-CoV-2. Nejbližší koronaviry tohoto nového typu koronaviru SARS-CoV-2 byly dále porovnávány pomocí speciálního softwaru BLAST, který uváděl procentuální shodu studovaných sekvencí. Během těchto analýz se zjistilo, že SARS-CoV-2 je nejvíce podobný netopýřímu koronaviru RaTG13. Primery, které se běžně používají při detekci SARS-CoV-2 nejsou zveřejňovány, proto byly použity primery z webové aplikace CoVrimer, kde jsou dostupné primery, které byly použity pro vědecké výzkumy. Ty byly porovnány s návrhem primerů. Návrh byl proveden v rámci řešení bakalářské práce pomocí speciální aplikace Pirmer-BLAST. Primery, které byly získány z aplikace CoVrimer, nebyly navrženy pro komplexní rozlišení všech studovaných variant SARS-CoV-2.
|
|
|
Fylogeneze a taxonomie vybraných druhů sinic čeledi Merismopediaceae s využitím metody single cell sequencing
POKORNÝ, Jan
Díky novým molekulárním metodám, které byly použity pro revizi mnohých tradičních taxonů sinic, se vyjasňují jejich skutečné systematické pozice. Merismopediaceae je poměrně málo zkoumaná skupina sinic, a proto její mnohé podskupiny nebyly dostatečně molekulárně revidovány. V této práci byly použity standardní molekulární metody polyfázického přístupu jak na environmentální izoláty taxonů náležících čeledi Merismopeidaceae, tak na kmeny v kultuře. Následná fylogenetická analýza založená na genu 16S rRNA odhaluje polyfyletismus rodů Merismopedia a Eucapsis. Tato práce rovněž obsahuje vůbec první molekulární analýzu rodu Microcrocis.
|
|
| |
|
|
World travellers: phylogeny and biogeography of the butterfly genus Leptotes (Lepidoptera: Lycaenidae)
PAPP MAREŠOVÁ, Jana
V této práci jsme se zabývali fylogenetickými a biogeografickými vztahy opomíjených motýlů subtribu Leptotina (Lepidoptera: Lycaenidae), který je široce rozšířen v tropických a subtropických oblastech celého světa. Použili jsme jak mitochondriální tak nukleární markery a různé molekulární analýzy, abychom odhalili vztahy v rámci tohoto subtribu. Také jsme se zaměřili na časy diverzifikace a biogeografické patrnosti taxonů Starého světa a zabývali jsme se detailní fylogeografií nejrozšířenějšího druhu, Leptotes pirithous.
|
|
| |
|
| |
|
|
Fylogeografie komplexu \kur{Phasianus colchicus}
KOFRÁNEK, Zdeněk
Genus Phasianus is currently divided into 2 species and 33 subspecies, which occupy a wide range from Japanese Islands to Caucasus Mts. This study deals with the phenotypic characters of Phasianus in order to reconstruct their evolution. The obtained results were compared with available molecular studies focused on the same group. In conclusion, phenotype characters of this genus serves us a sufficient number of phylogenetically informative characters, which fit well with their phylogenetic relationships.
|
host ::
RSS.