|
|
Fylogenetická analýza a molekulární detekce koronavirů
MARHOUNOVÁ, Lucie
Cílem této bakalářské práce bylo seznámení se s tvorbou fylogenetických stromů, které popisují vztahy mezi koronaviry, porovnání a posouzení vhodnosti používaných a navrhnutých primerů pro detekci nového typu koronaviru SARS-CoV-2. Dle fylogenetických stromů lze určit evoluční vztah zkoumaných organismů, které v průběhu evoluce podléhají změnám ve svých sekvencích tzv. mutacím. Tyto změny určují jejich vývoj. Teoretická část bakalářské práce byla zaměřena na obecné seznámení se s viry a následně koronaviry, kam se nově řadí SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 představoval a pořád představuje velkou hrozbu pro celý svět. Dále byla probraná problematika fylogenetiky a na závěr detekční metoda PCR. V praktické části byly vytvořeny fylogenetické stromy pomocí počítačového programu MEGA-X za využití metody Neighbor-Joining, které zkoumaly fylogenetické vztahy mezi koronaviry zaměřené hlavně na SARS-CoV-2. Nejbližší koronaviry tohoto nového typu koronaviru SARS-CoV-2 byly dále porovnávány pomocí speciálního softwaru BLAST, který uváděl procentuální shodu studovaných sekvencí. Během těchto analýz se zjistilo, že SARS-CoV-2 je nejvíce podobný netopýřímu koronaviru RaTG13. Primery, které se běžně používají při detekci SARS-CoV-2 nejsou zveřejňovány, proto byly použity primery z webové aplikace CoVrimer, kde jsou dostupné primery, které byly použity pro vědecké výzkumy. Ty byly porovnány s návrhem primerů. Návrh byl proveden v rámci řešení bakalářské práce pomocí speciální aplikace Pirmer-BLAST. Primery, které byly získány z aplikace CoVrimer, nebyly navrženy pro komplexní rozlišení všech studovaných variant SARS-CoV-2.
|
|
|
Fylogeneze a taxonomie vybraných druhů sinic čeledi Merismopediaceae s využitím metody single cell sequencing
POKORNÝ, Jan
Díky novým molekulárním metodám, které byly použity pro revizi mnohých tradičních taxonů sinic, se vyjasňují jejich skutečné systematické pozice. Merismopediaceae je poměrně málo zkoumaná skupina sinic, a proto její mnohé podskupiny nebyly dostatečně molekulárně revidovány. V této práci byly použity standardní molekulární metody polyfázického přístupu jak na environmentální izoláty taxonů náležících čeledi Merismopeidaceae, tak na kmeny v kultuře. Následná fylogenetická analýza založená na genu 16S rRNA odhaluje polyfyletismus rodů Merismopedia a Eucapsis. Tato práce rovněž obsahuje vůbec první molekulární analýzu rodu Microcrocis.
|
|
| |
|
|
World travellers: phylogeny and biogeography of the butterfly genus Leptotes (Lepidoptera: Lycaenidae)
PAPP MAREŠOVÁ, Jana
V této práci jsme se zabývali fylogenetickými a biogeografickými vztahy opomíjených motýlů subtribu Leptotina (Lepidoptera: Lycaenidae), který je široce rozšířen v tropických a subtropických oblastech celého světa. Použili jsme jak mitochondriální tak nukleární markery a různé molekulární analýzy, abychom odhalili vztahy v rámci tohoto subtribu. Také jsme se zaměřili na časy diverzifikace a biogeografické patrnosti taxonů Starého světa a zabývali jsme se detailní fylogeografií nejrozšířenějšího druhu, Leptotes pirithous.
|
|
| |
|
| |
|
|
Fylogeografie komplexu \kur{Phasianus colchicus}
KOFRÁNEK, Zdeněk
Genus Phasianus is currently divided into 2 species and 33 subspecies, which occupy a wide range from Japanese Islands to Caucasus Mts. This study deals with the phenotypic characters of Phasianus in order to reconstruct their evolution. The obtained results were compared with available molecular studies focused on the same group. In conclusion, phenotype characters of this genus serves us a sufficient number of phylogenetically informative characters, which fit well with their phylogenetic relationships.
|
|
|
Sejdeme se v litorálu: Diverzita symbiontů lišejníků čeledi Verrucariaceae
Schmidtová, Jana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Lišejníky jsou organismy tvořené několika symbiotickými partnery, z nichž nejdůležitější je houba (mykobiont) a řasa či sinice (fotobiont). Přestože většina lišejníků je terestrická, některé lze nalézt i ve vodním prostředí. Černé korovité lišejníky z čeledi Verrucariaceae (Verrucariales, Eurotiomycetes, Ascomycota) se dokázaly tomuto prostředí velmi dobře přizpůsobit a tvoří často dominantu mořského pobřeží v těsné blízkosti kolísající vodní hladiny. Schopnost těchto lišejníků obývat nejrůznější prostředí je spojována s jejich neobvykle širokou škálou fotobiontů. Přesto však u většiny z nich není tento symbiont známý. Tato práce zkoumá diverzitu lišejníků čeledi Verrucariaceae v litorální zóně pobřeží Baltského a Severního moře, vztahy mezi symbionty a spojitost mezi diverzitou lišejníků a gradientem salinity. Pomocí metabarcodingu zjišťuje diverzitu volně žijících řas v okolí studovaných lišejníků a symbiotické řasy porovnává s fotobionty, nalezenými v lišejnících. Mykobionti a fotobionti byli identifikováni pomocí ITS a 18S rDNA. Nalezeno bylo celkem devět linií mykobiontů i fotobiontů. Nejčastějším lišejníkem se ukázal být druh Hydropunctaria maura se svým fotobiontem Pseudendoclonium submarinum. Pro řadu lišejníků je zde jejich fotobiont popsán molekulárně poprvé. Objevení mnoha molekulárně...
|
|
|
Fylogeneze rodu Protaetia Burmeister, 1842 v západním palearktu
Žďárská, Kateřina ; Šípek, Petr (vedoucí práce) ; Bezděk, Aleš (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá fylogenezí a fylogeografií zlatohlávků rodu Protaetia, zejména pak komplikovaným taxonomickým komplexem okolo druhů Protaetia (Potosia) cuprea, P. cuprina a P. caucasica v oblasti západního palearktu. Ve světle výsledků studie Vondráček et al. (2018) se zdá, že klasický taxonomický přístup, založený pouze na zbarvení, geografickém rozšíření či nepříliš dobře analyzovaných morfologických znacích, není schopen adekvátně vysvětlit evoluci taxonu, natož správně identifikovat jednotlivé taxony na druhové úrovni (tj. druhy a poddruhy). Pro pochopení evoluce skupiny a struktury populací je proto nezbytné využít také dnes již standartní molekulárně-fylogenetické přístupy. Na základě analýz jednoho jaderného (internal transcribed spacer 1) a dvou mitochondriálních genů (cytochromoxidáza I a cytochom b) od 231 jedinců byla sestavena fylogenetická hypotéza západopalearktických zástupců rodu Protaetia. Bylo zjištěno, že v současnosti uznávané podrody výše zmíněného rodu neodpovídají výsledkům analýz. Jako nemonofyletické se ukázaly podrody Eupotosia, Netocia a Potosia. V rámci druhového komplexu P. cuprea byly kromě evropského kládu P. cuprea (sensu stricto) identifikovány čtyři linie ve východní Evropě, Malé Asii a Kavkazu, které neodpovídají stávajícímu taxonomickému členění a...
|
|
|
Diverzita chrobáků rodu Jekelius (Coleoptera: Geotrupidae)
Sommer, David ; Král, David (vedoucí práce) ; Bezděk, Aleš (oponent)
Úvodní část práce je literární rešerší o čeledi Geotrupidae se zvláštním zaměřením na zástupce rodu Jekelius. Pojednává především o dnešním i historickém taxonomickém pojetí a fylogenetických vztazích této čeledi. Je zde shrnuta morfologie dospělců i larev a geografické rozšíření jednotlivých taxonů. V části o biologii a ekologii čeledi je kladen důraz na potravní strategie, hnízdní chování a parentální péči. Vlastní výsledky sestávají ze tří částí, 1) taxonomie, 2) molekulárních analýz a 3) průtokové cytometrie. První část představuje taxonomickou revizi zde definovaného druhového komplexu Jekelius brullei, redeskripcí jednotlivých známých druhů a popisy dalších dosud formálně nepopsaných druhů. Práce definuje areály rozšíření jednotlivých druhů na základě literárních i vlastních dat. Výsledkem molekulárních analýz je fylogenetický strom zahrnující značnou část druhů druhového komplexu Jekelius brullei. V poslední části jsou prezentovány výsledky získané metodou průtokové cytometrie pro zástupce druhového komplexu Jekelius brullei a řadu dalších taxonů z čeledi Geotrupidae. V diskusi jsou poté zhodnoceny a porovnány morfologická, molekulární i cytometrická data v kontextu evoluční historie skupiny a možné delimitace jednotlivých druhů. Klíčová slova: taxonomie, fylogeneze, brouci, Geotrupidae,...
|
host ::
RSS.