|
|
Rod Neotinea Rchb.f. v Evropě
Vavřina, Štěpán ; Chumová, Zuzana (vedoucí práce) ; Vosolsobě, Stanislav (oponent)
Práce se zabývá rodem Neotinea z fylogenetického, molekulárního a ekologického pohledu. Většina jeho zástupců byla dlouhodobě řazena do rodu Orchis a k vyčlenění došlo až s využitím molekulárních metod. V rámci Orchidinae je Neotinea sesterská ke skupině rodů Anacamptis, Serapias, Ophrys a Himantoglossum. Platně popsáno je 6 druhů. Současná situace pod vlivem nových poznatků vyžaduje revizi zejména u N. tridentata, která obsahuje několik dobře odlišených linií a stála u zrodu tetraploidní N. commutata. Není též dořešený vztah mezi N. lactea a N. conica. Velikost genomu v rámci rodu se pohybuje v rozmezí 6,48 pg u N. maculata do 31,14 pg u N. lactea. Všechny taxony kromě N. commutata, jejíž tetraploidní původ je diskutován, jsou diploidní (2n = 42). V rodě se uplatňuje parciální endoreplikace. Rozsah endoreplikované DNA je úzký nehledě na rozdíly ve velikosti genomu. Druhy preferují otevřená mírně bazická stanoviště. V mykorhizních interakcích se jeví generalistické s preferencí pro Ceratobasidiaceae. Na úrovni reprodukčních strategií rod Neotinea upřednostňuje generativní množení. N. maculata je autogamická, ostatní druhy jsou cizosprašné, potravně šálivé, s pravděpodobným podílem sexuální decepce u N. ustulata.
|
|
|
Biologie a ekologická dynamika baltských fukusových beltů
Kivader, Martin ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; Němcová, Yvonne (oponent)
Chaluhy rodu Fucus jsou klíčovými druhy jinak druhově chudého Baltského moře, v němž vytváří porosty zvané belty. Rozšíření druhů rodu Fucus je limitováno sníženou salinitou brakické vody, na niž se baltské populace dokázaly adaptovat. Rod Fucus je znám svou vysokou fenotypovou plasticitou a absencí pevných reprodukčních bariér, což komplikuje studium jeho recentní radiace. K recentní speciaci baltského endemického F. radicans došlo z lokálně adaptovaných populací F. vesiculosus zřejmě dvakrát nezávisle na sobě před 2 500-400 lety. Baltské moře je největší brakický ekosystém. Je charakterizováno výrazným gradientem salinity v rozmezí od 1,2 do 30,2 ‰. Vlévá se do něj přes 200 řek a k výměně vody s oceánem dochází pouze přes systém mělkých Dánských úžin. Od 70. let 20. století byl pozorován ústup i lokální extinkce fukusových beltů v důsledku eutrofizace Baltského moře. Kvůli dlouhé době zdržení vody se živiny se v baltské vodě kumulují. V reakci na zhoršující se situaci byla roku 1974 spolu s ustanovením Helsinské komise podepsána mezinárodní úmluva o ochraně oblasti Baltského moře. Ústup fukusových beltů však nadále pokračuje a schopnost přirozené obnovy je limitovaná. Zvýšenou sedimentací způsobenou eutrofizací na mnoha lokalitách došlo ke ztrátě substrátu a kolonizaci oportunistickými vláknitými...
|
|
|
Streptofytní řasy se zaměřením na třídu Zygnematophyceae
Špička, Jan ; Soldán, Zdeněk (vedoucí práce) ; Ráček, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá streptofytními řasami, přičemž zvláštní pozornost je věnována třídě Zygnematophyceae. Práce je pojata jako literární rešerše, která si klade za cíl shrnout současné poznatky o streptofytních řasách a zejména pak o třídě Zygnematophyceae. Dále práce uvádí na pravou míru fylogenetické vztahy uvnitř této skupiny, které se v historii jevily jako problematické. Práce se zaměřuje zejména na popis, ekologii a taxonomii streptofytních linií, zároveň je kladen důraz na význam těchto skupin při studiu tzv. terestrizace, tedy kolonizace souše. Významnou součástí této práce je poukázání na ekologickou a evoluční roli streptofytních řas, zejména v kontextu jejich adaptace na suchozemské prostředí. Vedlejším cílem práce je poukázat na problémy spojené s celou heterogenní a nejednotně definovanou skupinou řas. Práce upozorňuje na fakt, že řasy nejsou monofyletickou skupinou, jelikož zahrnují různé fylogenetické a taxonomické linie. Tato práce může sloužit jako základ pro další výzkum v oblasti algologie, a tudíž přispívat k lepšímu pochopení a orientaci v problematice procesu terestrizace. Také naznačuje potřebu více fylogenetických studií, které povedou k lepšímu pochopení evoluce streptofytní linie. Práce může sloužit také jako podklad pro další výstupy s podobným tématem,...
|
|
|
Host Specialization and Evolution of Cuckoo Behavior in Bees
Policarová, Jana ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Orr, Michael Christopher (oponent) ; Litman, Jessica (oponent)
Kukaččí včely jsou hnízdními parazity samotářských a někdy i sociálních druhů včel. Nestaví si svá hnízda a nezásobují je potravou pro své larvy. Místo toho hledají vhodné hostitelské hnízdo, do kterého své vajíčko nakladou. Jejich larvy se pak živí na zásobách hostitele. V této disertační práci jsem zkoumala hostitelskou specializaci kukaččích druhů včel. Zaměřila jsem se na to, jak se v průběhu evoluce hostitelská specializace kukaččích druhů vyvíjela a jaké faktory mohou výběr hostitele limitovat - konkrétně pak především zda a jakým způsobem kukaččí včely ovlivňuje potravní specializace hostitele. Předpokladem pro výzkum výše zmíněných otázek bylo sestavení fylogenezí zkoumaných skupin včel. Vytvořili jsme první fylogenetickou rekonstrukci tribu Sphecodini (Halictidae). Zrevidovali jsme taxonomii linií Neolarrini, Biastini a Townsendiellini (Apidae), které jsme všechny sloučili do jediného tribu Neolarrini. Zrekonstruovali jsme fylogenezi především palearktických druhů rodu Nomada, na jejímž základě jsme druhy rozdělili do 13 podrodů. Mapování ancestrálních stavů znaků ukázalo, že u kukaččích včel rodu Sphecodes docházelo v průběhu evoluce ke změnám hostitelů poměrně často a že kukaččí včely přeskakovaly i na fylogeneticky vzdálené hostitele z různých čeledí. Také se ukázalo, že zde není...
|
|
| |
|
|
Detection of Correlated Mutations
Ižák, Tomáš ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work explores existing possibilities and methods of correlated mutations detection in proteins. At the beginning a theoretical background into explored area is provided. Exploitation of detected correlated mutations lies in a protein's tertiary structure prediction or searching functionally important sites. A state-of-the-art of existing tools and methods follows. In this work, methods based on statistics (for example Pearson correlation coefficient or Pearson's chi^2 test), Information theory (Mutual information - MI) and likelihood models (ELSC or Spidermonkey) are examined. The next part is devoted to the searching for an optimal algorithm for correlated mutations detection. To combine results from multiple different algorithms, is proposed as an optimal solution. It is also advised to exploit physico-chemical properties of amino acids during the detection. In practical part, the algorithm for detection of correlated mutations was developed. It is based on physico-chemical properties of amino acids and phylogenetic trees. Results gained using this method were compared with results gained from CAPS, CRASP and CMAT tools.
|
|
|
Rychlost speciace
Leščinskij, Artem ; Storch, David (vedoucí práce) ; Macháč, Antonín (oponent)
Rychlost speciace je frekvence, při které se původní druh rozdělí na dva druhy za jednotku času. Protože tuto míru nelze přímo určit, musí být odvozena z fosilního záznamu nebo rekonstruované fylogeneze pomocí vhodného modelu diverzifikace nebo uzlů a větví fylogenetického stromu. Homogenní birth-death model je základní metodou, na které jsou založeny další modely, jako jsou časově-závislé nebo hustotně-závislé modely. Nemodelové metody, jako je statistika DR, node density metrika nebo inverzní délka koncových větví, jsou metody závislé na rekonstruovaných fylogenetických stromech. Mezi složitější metody patří MEDUSA, BAMM, CLaDS, MTBD nebo modely závislé na funkcích. Modely protrahované speciace jsou biologicky věrohodnější a popisují speciaci jako postupný proces. Tyto metody mohou odhalit složitější režimy diverzifikace. Vrcholové rychlost určuje očekávanou druhově specifickou míru speciace a je méně závislá na míře rychlosti extinkce a diverzifikace a spíše odpovídá míře speciace. Identifikovatelnost modelu je základním problémem omezujícím odhad rychlosti speciace, ale toto omezení lze částečně překonat novými technikami, jako jsou například přitažené rychlosti. Klíčová slova: rychlost speciace, fylogeneze, diversifikace, evoluce, model
|
|
|
Genetická diverzita zástupců čeledi sezamovitých Pedaliaceae R.Br.
Šlampa, Vojtěch
Čeleď Pedaliaceae řadící se do řádu Lamiales, popsána v roce 1810 Robertem Brownem, je významnou součástí tropické flóry, které nalezneme především v Africe, jihovýchodní Asii a Austrálií. Čeleď samotná, čítá na 50 druhů a dosud není příliš blízce prozkoumaná, vyjma rod Sesamum a jeho zástupce Sesamum Indicum L., který patří mezi nejvýznamnější plodiny pro potravinové účely. V této práci bylo analyzováno pět zástupců čeledi Pedaliaceae, pomo-cí metody DNA barcoding, s využítím jaderných a chloroplastových oblastí DNA, jež sloužili jako marker pro jejich následnou fylogenetickou analýzu a taxonomické zařazení. Pro získání rostlinné DNA a potřebných výsledků byla provedena izolace DNA z rostlinných vzorků, PCR a sekvenování DNA.
|
|
|
Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Haelewaters, Danny (oponent) ; Janko, Karel (oponent)
Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...
|
|
|
Fylogenetická analýza peniální morfologie u novoguinejských hlodavců
KOVAŘÍK, Vojtěch
Tato studie se zabývá popisem peniální a bakulární morfologie novoguinejských hlodavců. Pomocí stereoskopického mikroskopu a nedestruktivního mikropočítačového tomografického přístroje (CT) jsem zdokumentoval a zaznamenal mnoho kvalitativních a kvantitativních znaků. Získaná datová matice byla fylogeneticky analyzována, což mi umožnilo rekonstruovat rodové podmínky pro Rattini a různé podskupiny hydromyinních hlodavců. Identifikoval jsem také komplexní vývoj peniálních a bakulárních rysů a také některé perspektivy pro budoucí studie.
|
host ::
RSS.