|
|
Studium interakcí komplexů přechodných kovů s biomolekulami metodami kvantové chemie.
Šebesta, Filip ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
U platinových komplexů byly stejně jako u mnoha sloučenin dalších tranzitních kovů prokázány protirakovinné účinky. Cílem dnešní medicíny je nahradit používané cisplatinové komplexy látkami, které vykazují méně vedlejších účinků. Tato práce se zabývá reakcí 5'-dGMP (2'˗deoxyguanosid˗5'˗monofosfát) s platičitým komplexem PtIV (dach)Cl4 (dach=diaminocyklohexan) za vzniku komplexu PtIV (dach)Cl3(N7-cGMP). Vprůběhu reakce dochází k cyklizaci fosfátu a vytvoření koordinačně-kovalentní vazby mezi platinou a dusíkem N7 guaninu. Zde studujeme geometrie molekul účastnících se jednotlivých fází reakce a sledujeme její průběh z termodynamického hlediska. Optimalizace struktur jsou provedeny na úrovni DFT s funkcionálem B3LYP v bázi 6-31G* v solvatačníim modelu PCM/UA0. Na úrovni B3LYP/6˗311++G(2df,2pd) v solvatačním modelu D˗PCM/sUAKS byly stanoveny energetické parametry reakce a rozložení nábojové hustoty.
|
|
| |
|
| |
|
|
Teoretický popis fotosyntetického reakčního centra
Vokáčová, Zuzana
Pomocí metod kvantové chemie byly studovány spektrální vlastnosti reakčního centra fotosystému II (RC PS II) a vybraných fotosyntetických pigmentů. Absorpční spektra šesti monomerních jednotek RC PS II byla spočtena semiempirickými metodami a metodou DFT. Spektra monomerů dosažená semiempirickými metodami jsou posunutá do červena, naproti tomu spektra získaná pomocí metody DFT do modra od experimentálních hodnot pro chlorofyl a. Posun je způsoben použitou metodou. Dále byly semiempirickými metodami získány elektronové přechody pro vybrané části chlorofylofeofytinového komplexu RC PS II. Snahou bylo popsat změny plynoucí ze zvětšování komplexu chlorofylových molekul. Byl nalezen rozdíl spekter skupin pigmentů v aktivní a neaktivní části komplexu a červený posun spektra dimeru od spektra monomerního chlorofylu a. Spektra pigmentů (chlorofylů, bakteriochlorofylů, karotenů, fykobilínů) vypočtená na DFT úrovni jsou v kvalitativní shodě s experimentem. Byl nalezen očekávaný vliv struktury na podobu spektra. Sledovanými závislostmi byla přítomnost různých substituentů, délka chromoforu a vybrané modifikace struktury.
|
|
|
Studium termodynamických a kinetických parametrů interakcí oligomerních modelů DNK s organokovovými komplexy aktivními v protirakovinné léčbě stanovených metodami kvantové chemie a kombinovanými QM/MM metodami
Matunová, Petra ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
Bylo prokázáno, že rutheniové a platinové komplexy jsou aktivní v protirakovi- nové léčbě. Dnes běžně používaná chemoterapeutika mají stále hodně negativních vedlejších účinků, proto je výzkum v této oblasti stále aktuální. První část diplo- mové práce se zabývá studiem cis-[Pt(NH3)2Cl2] (cisplatina, DDP) a čtyř plati- nových komplexů, potenciálních léčiv proti rakovině: PtCl2(diaminocyklohexan), PtCl2(NH3)(cyklohexylamin) (JM118), cis-[PtCl2(NH3)(piperidin)] a trans-[PtCl2(NH3)(thiazol)]. Tyto komplexy jsou studovány v semi-hydratované a plně-hydratované formě. Termodynamické a kinetické parametry reakcí těchto komplexů s guaninem, což je klíčový proces pro zahájení protirakovinné aktivity, jsou studovány QM metodami. Analýzy elektronové hustoty byly provedeny na úrovni B3LYP/6-311++G(2df,2pd) v IEF-PCM modelu. V druhé části práce je studována reakce tzv. 'piano stool' komplexu ruthenia, [Ru(II)(η6 -p-cymen(nalidixová kyselina)(Cl)]+ , nejdříve s guaninem pomocí QM metod a poté s modelem ds-DNA pomocí QM/MM metod. Reakční centrum popisované QM metodami tvoří dva guaniny a Ru(II) komplex. Analýzy ter- modynamických a kinetických parametrů a analýzy elektronových hustot byly provedeny na úrovni B97D/6-31G*. Všechny...
|
|
|
Computational Study of the Properties and Reactivity of Bioinroganic Transition Metal Complexes
Baxová, Katarína ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
Táto práca sa zaoberá reakciami diaqua-tetrakis(μ-acetylato)dirhódia(II,II) s guanínom, ktorý vykazuje protirakovinové účinky. Guanín sa na komplex môže viazať buď kyslíkom O6 alebo dusíkom N7. Uvažovali sme tri možné varianty sysému - protonovaný na guaníne, protonovaný na paddle-wheel štruktúre a neutrálny systém. Pre všekých 6 reakcií boli nájdené tranzitné štruktúry. Spočítali sme hodnoty elektrónovej hustoty v kritických bodoch väzieb, parciálne náboje na atómoch a interakčné energie systému, vody a guanínu pre reaktanty, tranzitné stavy a produkty na úrovni b3lyp/aug-cc-pvdz. V prípade rhódií bola použitá pseudobáza a preudopotenciály. Spočítali sme termodynamické parametry všetkých reakcií. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Studium interakcí komplexů přechodných kovů s biomolekulami metodami kvantové chemie.
Šebesta, Filip ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
U platinových komplexů byly stejně jako u mnoha sloučenin dalších tranzitních kovů prokázány protirakovinné účinky. Cílem dnešní medicíny je nahradit používané cisplatinové komplexy látkami, které vykazují méně vedlejších účinků. Tato práce se zabývá reakcí 5'-dGMP (2'˗deoxyguanosid˗5'˗monofosfát) s platičitým komplexem PtIV (dach)Cl4 (dach=diaminocyklohexan) za vzniku komplexu PtIV (dach)Cl3(N7-cGMP). Vprůběhu reakce dochází k cyklizaci fosfátu a vytvoření koordinačně-kovalentní vazby mezi platinou a dusíkem N7 guaninu. Zde studujeme geometrie molekul účastnících se jednotlivých fází reakce a sledujeme její průběh z termodynamického hlediska. Optimalizace struktur jsou provedeny na úrovni DFT s funkcionálem B3LYP v bázi 6-31G* v solvatačníim modelu PCM/UA0. Na úrovni B3LYP/6˗311++G(2df,2pd) v solvatačním modelu D˗PCM/sUAKS byly stanoveny energetické parametry reakce a rozložení nábojové hustoty.
|
|
|
Teoretický popis fotosyntetického reakčního centra
Vokáčová, Zuzana
Pomocí metod kvantové chemie byly studovány spektrální vlastnosti reakčního centra fotosystému II (RC PS II) a vybraných fotosyntetických pigmentů. Absorpční spektra šesti monomerních jednotek RC PS II byla spočtena semiempirickými metodami a metodou DFT. Spektra monomerů dosažená semiempirickými metodami jsou posunutá do červena, naproti tomu spektra získaná pomocí metody DFT do modra od experimentálních hodnot pro chlorofyl a. Posun je způsoben použitou metodou. Dále byly semiempirickými metodami získány elektronové přechody pro vybrané části chlorofylofeofytinového komplexu RC PS II. Snahou bylo popsat změny plynoucí ze zvětšování komplexu chlorofylových molekul. Byl nalezen rozdíl spekter skupin pigmentů v aktivní a neaktivní části komplexu a červený posun spektra dimeru od spektra monomerního chlorofylu a. Spektra pigmentů (chlorofylů, bakteriochlorofylů, karotenů, fykobilínů) vypočtená na DFT úrovni jsou v kvalitativní shodě s experimentem. Byl nalezen očekávaný vliv struktury na podobu spektra. Sledovanými závislostmi byla přítomnost různých substituentů, délka chromoforu a vybrané modifikace struktury.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.