|
|
Analýza mozkových drah pomocí pokročilých difuzních metod
Daňková, Martina ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je analýza mozkových drah pomocí pokročilých metod difuzní magnetické rezonance. V rámci literární rešerše jsou popsány principy difuzně váženého zobrazování, metody náběru a zpracování difuzně vážených dat a dostupné softwary pro zpracování a analýzu těchto dat. Praktická část práce se zabývá návrhem funkčního řešení pro analýzu difuzně vážených dat, které je otestováno na zmenšeném datasetu obsahujícím zdravé kontroly a pacienty s roztroušenou sklerózou. Na vzorku subjektů je provedeno kompletní předzpracování, traktografická analýza, sestavení konektomu a analýza odlišnosti konektomů zdravých a nemocných subjektů.
|
|
|
Prostorová koregistrace multimodálních MRI dat prostaty
Melichar, Ondřej ; Kojan,, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Většina existujících nástrojů pro zpracování medicínských obrazů podporuje několik modalit, datových typů a nabízí širokou paletu funkcí, ale často se specializují na rozbor snímků mozku. Předmětem práce je analýza současných technik pro koregistraci 3D MRI snímků a jejich využití na vyšetření prostaty. Cílem je kvalitní a rychlá metoda koregistrace T2 morfologických snímků s důrazem na experimentální T2 sekvenci, která by mohla mít uplatnění při diagnostice karcinomu prostaty.
|
|
|
Koregistrace DKI MRI dat s vysokou mírou difuzního vážení
Krejčí, Ladislav ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato bakářská práce se zabývá předzpracováním difúzně vážených MRI obrazů jejímž základem je koregistrace obrazů s různým kontrastem. Na začátku jsou uvedeny základní vlastnosti difúzních dat. V dalších kapitolách je zaměřena na metody, které odstraňují artefakty a geometrické nepřesnosti. Těmito metodami jsou převzorkování, vyhlazování, transformace a optimalizace. V práci je dále popsán software pracující s difúzními daty. V další části se věnuje kvantitativním a kvalitativním metodám srovnávající úspěšnost registrací. V praktické části jsou popsány jednotlivé postupy pro koregistraci. V závěru práce, který se zabývá kvantitativním a kvalitativním hodnocením koregistrace mezi difúzními daty, je navržen postup pro kvantitativní hodnocení registrace obrazů s uplatněním pro různé metody koregistrací nebo pro různá nastavení parametrů registrační metody.
|
|
|
Trasování axonálních svazků v difúzních MRI obrazech mozku
Piskořová, Zuzana ; Vojtíšek, Lubomír (oponent) ; Labounek, René (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá trasováním svazků bílé hmoty v difuzních MRI datech mozku (traktografií). Bílá hmota se vyznačuje specifickým charakterem profilu difuze. Úvodní rešeršní část práce obsahuje výčet existujících metod odhadu 3D profilu anizotropní difuze a popis základního rozdělení trasovacích alrgoritmů. Pro odhad profilu difuze byl vybrán difuzní tensorový model. Na základě DTI bylo vytvořeno vektorové pole nesoucí informaci o směru difuze pro každý voxel. Zadáním startovacího bodu jsme získali úlohu řešitelnou aparátem pro řešení obyčejných diferenciálních rovnic. Pro tuto úlohu byla testována Eulerova a Runge-Kuttova metoda, jako terminační podmínky byly zvoleny nízká hodnota frakční anizotropie a práh pro maximální povolené zakřivení trajektorie. Algoritmus byl testován na matematickém a traktografickém fantomu než bylo přistoupeno k aplikaci na reálná data. Výsledky trasování na fantomech prokázaly správnou funkčnost algoritmu. Dle očekávání se objevila chyba v místech křížení vláken, která souvisí s DTI modelem. Pro řešení problematických vláken zadaných startovacími body u okraje vlákna byl navržen algoritmus frakční anizotropií váhované trilineární interpolace, jehož implementace však nepřinesla zásadní zlepšení. Výsledky trasování na reálných biologických datech přinesly diskutabilnější výsledky. Trasování bylo provedeno na 5 subjektech a 4 anatomicky specifických traktech. Výsledky byly srovnány a vyhodnoceny na základě podobnosti s atlasem traktů bílé hmoty.
|
|
|
Koregistrace DKI MRI dat s vysokou mírou difuzního vážení
Krejčí, Ladislav ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato semestrální práce se zabývá různými možnostmi registrace medicínských obrazů. Na začátku jsou uvedeny základní vlastnosti DKI dat. V dalších kapitolách je zaměřena na metody, které odstraňují pohybové artefakty a geometrické nepřesnosti. Těmito metodami jsou převzorkování, vyhlazování transformace a optimalizace. V práci je dále popsán software provádějící samotnou registraci. Na konci se věnuje metodami srovnávající úspěšnost registrací.
|
|
|
Koregistrace difůzně vážených MR dat s vysokými b-hodnotami
Špaček, Vojtěch ; Říha, Pavel (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá koregistrací difuzně vážených dat magnetické rezonance s vysokými b-hodnotami. Cílem je porovnat vybrané metody koregistrace na reálných datech a kvantifikovat kvalitu výstupu. V teoretické části je popsán princip difuzního zobrazování, vliv b-hodnoty na obraz a různé metody předzpracování dat se zaměřením na možnosti koregistrace obrazů s různým kontrastem. Dále jsou prezentovány dostupné softwarové nástroje a metody hodnocení kvality koregistrace. V praktické části je provedeno předzpracování difuzních dat, včetně koregistrace vybranými metodami, a analyzována kvalita pomocí statistických metod.
|
|
|
Analýza vlivu odstranění šumu v diffuzně vážených MR obrazech
Coufal, Petr ; Kudlička, Petr (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá zobrazováním magnetickou rezonancí (MRI) a analýzou vlivu odstranění šumu (tzv. denoising) na výslednou kvalitu obrazu. Zejména se práce zaměřuje na difuzně vážené zobrazování (DWI), což je technika používaná k vizualizaci difuze ve tkáni. Úvodem je popsán základní princip magnetické rezonance a přehled důležitých pojmů. Dále je uveden princip difuzně váženého zobrazování s důrazem na potlačení šumu, korekci artefaktů a hodnocení kvality obrazu pomocí vybraných parametrů. Na konci teoretické části je přehled aktuálních softwarových nástrojů pro zpracování difuzně vážených dat či přímo pro denoising. V praktické části byla na skupině dobrovolníků naměřena difuzní data, na kterých poté byla provedena analýza vlivu potlačení šumu na kvalitu obrazu.
|
|
|
Koregistrace DKI MRI dat s vysokou mírou difuzního vážení
Krejčí, Ladislav ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato bakářská práce se zabývá předzpracováním difúzně vážených MRI obrazů jejímž základem je koregistrace obrazů s různým kontrastem. Na začátku jsou uvedeny základní vlastnosti difúzních dat. V dalších kapitolách je zaměřena na metody, které odstraňují artefakty a geometrické nepřesnosti. Těmito metodami jsou převzorkování, vyhlazování, transformace a optimalizace. V práci je dále popsán software pracující s difúzními daty. V další části se věnuje kvantitativním a kvalitativním metodám srovnávající úspěšnost registrací. V praktické části jsou popsány jednotlivé postupy pro koregistraci. V závěru práce, který se zabývá kvantitativním a kvalitativním hodnocením koregistrace mezi difúzními daty, je navržen postup pro kvantitativní hodnocení registrace obrazů s uplatněním pro různé metody koregistrací nebo pro různá nastavení parametrů registrační metody.
|
|
|
Koregistrace DKI MRI dat s vysokou mírou difuzního vážení
Krejčí, Ladislav ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato semestrální práce se zabývá různými možnostmi registrace medicínských obrazů. Na začátku jsou uvedeny základní vlastnosti DKI dat. V dalších kapitolách je zaměřena na metody, které odstraňují pohybové artefakty a geometrické nepřesnosti. Těmito metodami jsou převzorkování, vyhlazování transformace a optimalizace. V práci je dále popsán software provádějící samotnou registraci. Na konci se věnuje metodami srovnávající úspěšnost registrací.
|
|
|
Trasování axonálních svazků v difúzních MRI obrazech mozku
Piskořová, Zuzana ; Vojtíšek, Lubomír (oponent) ; Labounek, René (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá trasováním svazků bílé hmoty v difuzních MRI datech mozku (traktografií). Bílá hmota se vyznačuje specifickým charakterem profilu difuze. Úvodní rešeršní část práce obsahuje výčet existujících metod odhadu 3D profilu anizotropní difuze a popis základního rozdělení trasovacích alrgoritmů. Pro odhad profilu difuze byl vybrán difuzní tensorový model. Na základě DTI bylo vytvořeno vektorové pole nesoucí informaci o směru difuze pro každý voxel. Zadáním startovacího bodu jsme získali úlohu řešitelnou aparátem pro řešení obyčejných diferenciálních rovnic. Pro tuto úlohu byla testována Eulerova a Runge-Kuttova metoda, jako terminační podmínky byly zvoleny nízká hodnota frakční anizotropie a práh pro maximální povolené zakřivení trajektorie. Algoritmus byl testován na matematickém a traktografickém fantomu než bylo přistoupeno k aplikaci na reálná data. Výsledky trasování na fantomech prokázaly správnou funkčnost algoritmu. Dle očekávání se objevila chyba v místech křížení vláken, která souvisí s DTI modelem. Pro řešení problematických vláken zadaných startovacími body u okraje vlákna byl navržen algoritmus frakční anizotropií váhované trilineární interpolace, jehož implementace však nepřinesla zásadní zlepšení. Výsledky trasování na reálných biologických datech přinesly diskutabilnější výsledky. Trasování bylo provedeno na 5 subjektech a 4 anatomicky specifických traktech. Výsledky byly srovnány a vyhodnoceny na základě podobnosti s atlasem traktů bílé hmoty.
|
host ::
RSS.