|
|
Analysis of meiotic spindle microscopy images captured with light-sheet microscope
Mikeštíková, Anna ; Schier, Jan (vedoucí práce) ; Zemčík, Pavel (oponent)
Analýza dělícího vřeténka oocytů je nezbytná, avšak časově náročná součást výzkumu regulačních proteinů meiózy. V této práci se věnujeme návrhu metody pro automatické určení objemu vřeténka z mikroskopických snímků, která by mohla daný proces urychlit. Navrhovaná metoda je založena na konvolučních neuronových sítích a skládá se ze dvou fází: segmentace vřeténka na mikroskopickém snímku a výpočtu jeho objemu. Pro segmentaci je použita architektura 3D U-Net upravená pro naše potřeby a natrénovaná na augmentovaném datasetu volumetrických snímků. Volba architektury je podpořena důkladnou analýzou současných metod pro seg- mentaci obrazu se zaměřením na biomedicínské snímky a volumetrická data. Hyper- parametry jsou laděny pro nejlepší výkon na poskytnutých datech. Model je vyhodnocen na testovacím datasetu s ohledem na kvalitu segmentace a přes- nost odhadu objemu. Predikce modelu jsou kvalitní, proto navrhujeme zvážení použití této metody v praxi. 1
|
|
|
Acceleration of 2D Wavelet transform on parallel architectures
Kula, Michal ; Schier, Jan (oponent) ; Sojka, Eduard (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
Although a 2D discrete wavelet transform has been widely studied during the last two decades, some directions were not examined from all points of view. One of these directions is a technique for calculating such transform that has various balanced barriers, arithmetic operations, and memory usage focused on various architectures. This thesis shows several new methods of calculation of such transform with variously balanced operations. These methods are widely described and their behaviour is evaluated on several graphics adapters using GPGPU, graphics pipeline, and multicore CPU architectures using OpenMP.
|
|
|
Volumetric data processing for CT enterography
Horáček, Jan ; Pelikán, Josef (vedoucí práce) ; Czanner, Silvester (oponent) ; Schier, Jan (oponent)
Název: Zpracování objemových dat pro CT enterografii Autor: Jan Horáček Katedra: Katedra software a výuky informatiky Vedoucí: RNDr. Josef Pelikán, Katedra software a výuky informatiky Abstrakt: Primárním cílem našeho výzkumu bylo vyvinout algoritmy pro zpra- cování, segmentaci a sledování průběhu tenkého střeva na snímcích CT entero- grafie. Tenké střevo je spletitý orgán, u každého člověka výrazně odlišný a ani dva skeny jednoho pacienta nemusí být nutně podobné. Metoda CT entero- grafie využívá kontrastních materiálů ke zvýraznění a vyčištění střeva na snímcích výpočetní tomografie. Tím pádem mohou být diagnostikovány různé zánětlivé choroby, obstrukce a podobně. Ovšem manuální zpracování těchto snímků je vel- mi náročné. Vyžaduje mnoho času a úsilí kvůli tvaru střevního traktu, velkému množství šumu na snímcích a celkové velikosti dat. To může vést k chybám či přehlédnutím. Kvůli zjednodušení diagnostiky jsme připravili sadu metod pro automatické předzpracování, segmentaci a sledování průběhu, jejichž výsledky jsou vhodné pro přehlednou vizualizaci. Prvním krokem bylo umožnění využití algoritmu pro vysoce kvalitní odstraňování šumu na objemová data. Navrhli jsme implementační...
|
|
| |
|
|
Volumetric data processing for CT enterography
Horáček, Jan ; Pelikán, Josef (vedoucí práce) ; Czanner, Silvester (oponent) ; Schier, Jan (oponent)
Název: Zpracování objemových dat pro CT enterografii Autor: Jan Horáček Katedra: Katedra software a výuky informatiky Vedoucí: RNDr. Josef Pelikán, Katedra software a výuky informatiky Abstrakt: Primárním cílem našeho výzkumu bylo vyvinout algoritmy pro zpra- cování, segmentaci a sledování průběhu tenkého střeva na snímcích CT entero- grafie. Tenké střevo je spletitý orgán, u každého člověka výrazně odlišný a ani dva skeny jednoho pacienta nemusí být nutně podobné. Metoda CT entero- grafie využívá kontrastních materiálů ke zvýraznění a vyčištění střeva na snímcích výpočetní tomografie. Tím pádem mohou být diagnostikovány různé zánětlivé choroby, obstrukce a podobně. Ovšem manuální zpracování těchto snímků je vel- mi náročné. Vyžaduje mnoho času a úsilí kvůli tvaru střevního traktu, velkému množství šumu na snímcích a celkové velikosti dat. To může vést k chybám či přehlédnutím. Kvůli zjednodušení diagnostiky jsme připravili sadu metod pro automatické předzpracování, segmentaci a sledování průběhu, jejichž výsledky jsou vhodné pro přehlednou vizualizaci. Prvním krokem bylo umožnění využití algoritmu pro vysoce kvalitní odstraňování šumu na objemová data. Navrhli jsme implementační...
|
|
|
Analýza videa pro entomologii
Šerý, Martin ; Pelikán, Josef (vedoucí práce) ; Schier, Jan (oponent)
Analýza vzorců chování jedinců druhu Drosophila melanogaster je předmě- tem studia mnoha laboratořích. Sleduje se chování jedinců například v různých genových liniích. K tomu, aby byla tato analýza možná, je potřeba mít zařízení, které je schopné mušky sledovat a poskytnout o nich strojově čitelné informace. Tyto údaje jsou výstupem vyvinutého trasovacího programu FlyCatcher, který zaznamenává pozice sledovaných objektů. Díky tomu můžeme určit polohu, rych- lost vzájemné postavení jedinců a další parametry. FlyCatcher je postaven na využití knihovny AForge, která slouží ke zpracování multimediálních souborů. FlyCatcher umožňuje zpracování videí pořízených v laboratoři a poskytnutí vý- stupů ve formátu .csv. Tento formát je nadále zpracováván externími statistic- kými programy.
|
|
|
Srovnání a analýza vývoje ekonomiky Řecka a Lotyšska mezi lety 2005 až 2014
Schier, Jan ; Vostrovská, Zdenka (vedoucí práce) ; Ševčíková, Michaela (oponent)
Hlavním tématem této bakalářské práce je vývoj hospodářství Řecka a Lotyšska. Sledované období je mezi lety 2005 až 2014, protože během této doby se obě země dostaly do vážných ekonomických problémů, a zahrnuje období před i po pádu do recese vlivem světové finanční krize. První část se zabývá teoretickými východisky různých ukazatelů použitých k popisu vývoje ekonomiky obou zemí. Samotná analýza a srovnání detailněji zkoumá situaci obou zemí k nalezení příčin odlišného vývoje v tomto období, který má stálý přesah i do současnosti.
|
|
|
GenExLib C/C++ knihovna, Referenční příručka
Kovář, Bohumil ; Schier, Jan ; Kuneš, Michal
Tato technická zpráva obsahuje referenční příručku pro GenExLib C++ softwarovou knihovnu pro analýzu mikroskopických snímků, pořízených metodou FISH. Účelem knhovny je poskytnout metody pro detekci buněčných jader a fluorescenčních signálů, obsažených ve snímku a pro vyhodnocení jejich tvaru a základních statistických parametrů. Referenční příručka obsahuje detailní popis instalace knihovny a popis jejího použití v uživatelově kódu.
|
|
|
GenEx Software library for object detection in genetical analysis evaluation: User manual
Schier, Jan ; Kovář, Bohumil ; Kuneš, Michal
This technical report contains user manual for the GenEx library for evaluation of FISH microscopy images. The purpose of the library is to find and filter objects in images from fluorescence microscope and to detect fluorescence signals contained in these objects. The library has been designed to be used for diagnostics of the Turner syndrome chromosome aneuploidies in chromosome X, in other words, to find the (roughly round) interphase nuclei and to count the associated hybridization signals. It is characterized by the following features: - separate processing channels for DAPI and for the fluorescence signals. - no restrictions on the number of the signal channels - output in the form of a CSV-file.
|
|
|
Použití Matlabu pro kvantitativní analýzu růstu kvasinek
Schier, Jan ; Kovář, Bohumil
Kvantitativní analýza růstu se používá v mikrobiologii, genetice a medicínském výzkumu pro určení vlivu testované látky na růst kolonií určitého organismu (v našem článku se zabýváme koloniemi kvasinek). Jako příklady testované látky lze uvést antibiotika, mutageny, nebo léčiva. Pro vyhodnocení experimentu jsou kolonie, naočkované na Petriho misky, snímány digitální kamerou v temné komoře. Pro každý snímek je poté třeba určit pro následné statistické vyhodnocení relativní plochu porostu a celkový počet kolonií. V současné laboratorní praxi jsou tyto parametry často získávány ručním počítáním, což je proces s omezenou přesností a vysokou chybovostí. Rovněž, s ohledem na časovou náročnost ručního počítání, je omezené množství snímků, které lze rozumně zpracovat. V našem článku popisujeme nástroj pro poloautomatické počítání snímků misek, vytvořený v programovacím jazyku Matlab.
|
host ::
RSS.