Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 2 záznamů.  Hledání trvalo 0.02 vteřin. 
Disruption of transcription regulatory networks in childhood Acute lymphoblastic leukemia
Sadílek, Vojen ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Frič, Jan (oponent)
Mutace transkripčních faktorů jsou iniciální lézí ve většině případů dětské akutní lymfoblastické leukémie (ALL), často získané in utero. Tyto mutace hrají zásadní roli v utváření fenotypu a prognózy tohoto onemocnění. Tato práce se zaměřuje na široký popis transkriptomické krajiny z pohledu transkripčních faktorů a jejich cílů. Přizpůsobili jsme SCENIC (Aibar et al., 2017), nástroj pro inferenci genových regulačních sítí z dat jednobuněčné RNA sekvenace, pro rozsáhlý soubor 633 vzorků hromadného RNA sekvenování dětské ALL. To nám umožňuje vyhodnotit profil genové exprese jako výsledek aktivity transkripčních faktorů. Dále jsme se zaměřili na prohloubení našeho porozumění těmto již existujícím a cenným datům začleněním informací z několika "-omických" databází. V naší analýze jsme použili data jednobuněčné RNA sekvenace, protein-proteinových interakcí a predikovaných cis-regulačních elementů. Náš přístup pokrývá transkriptomickou krajinu nad rámcem diferenciálně exprimovaných či vysoce variabilních genů. Ukazujeme, že většina podtypů B- ALL má specifické vzorce aktivity transkripčních faktorů. U podtypů iniciovaných mutacemi transkripčních faktorů zkoumáme jejich vliv na výslednou aktivitu. Na příkladu MEF2D ilustrujeme výhodu kvantifikace aktivity transkripčního faktoru dle jeho cílů, jež se zde...

Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.