|
|
Genetic diversity within pennate diatoms: implications for taxonomy and ecology.
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Trobajo, Rosa (oponent) ; Poulíčková, Aloisie (oponent)
V posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...
|
|
|
Genetic diversity within pennate diatoms: implications for taxonomy and ecology.
Urbánková, Pavla ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Trobajo, Rosa (oponent) ; Poulíčková, Aloisie (oponent)
V posledních desetiletích,byla u morfologicky vymezených druhů rozsivek objevena znač- ná druhová diverzita, a to zejména pomocí molekulárních metod.Taxonomie rozsivek vyžaduje revizi a molekulární data při ní sehrají důležitou úlohu. Relativně levný a rychlý způsob, jak začlenit molekulární data do výzkumu rozsivek, představuje DNA-barcoding. Klíčovým kro- kem, který určuje využitelnost této metodiky, je výběr vhodného markeru. Vybrané markery jsme proto otestovali na modelovém rodu Frustulia. Získaná data podpořila vymezení dvou nových druhů, které jsme v samostatné studii popsali jako Frustulia curvata a Frustulia paulii. Nejvhodnějšími markery pro identifikaci druhů byl úsek velké ribosomální podjednotky (28S) a úsek genu, který kóduje enzym RUBISCO. Ve studii jsme ale objevili případ, kdy se tyto markery neshodovaly. Neshody mezi genovými stromy komplikují vymezení druhů na základě jediného molekulárního markeru. Pokud budeme používat barcode složený ze dvou markerů, sníží se riziko chybného vymezení druhů a neshody upozorní na případy, které zasluhují další studium. Vhodnější přístup k vymezování druhů na základě molekulárních dat nicméně před- stavují algoritmy, které jsme využili k vymezení druhů v komplexu Eunotia bilunaris-flexuosa. Tyto algoritmy využívají více lokusů a vycházejí ze...
|
|
|
Spatial variability and diversity of phytobenthos and metaphyton
Černá, Kateřina ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; Schagerl, Michael (oponent) ; Poulíčková, Aloisie (oponent)
Prostorová variabilita a ekologie společenstev fytobentosu v rašeliništích Abstrakt Předkládaná práce je zaměřena na dvě hlavní témata: prostorové rozšíření společenstev řas v prostředí rašelinišť mírného pásu a determinace morfologické plasticity vybraných druhů krásivek (Euastrum binale, Staurastrum hirsutum) v různých podmínkách prostředí za využití metod geometrické morfometriky. Hlavní cíle lze shrnout následovně: (1) zhodnotit sezónní a prostorové rozšíření společenstev řas v temperátním rašeliništi; (2) popsat prostorové rozšíření společenstev řas na malém měřítku ve dvou různých prostředích na vrchovištním rašeliništi; (3) zjistit rozsah morfologické plasticity u dvou vybraných druhů krásivek za různých podmínek prostředí; (4) zhodnotit druhové bohatství a disparitu krásivek z rašelinišť ve střední Evropě a jejich vztah k podmínkám prostředí. Prostorové rozšíření společenstev sinic a řas bylo studováno v podél lineárního transektu vytyčeného v homogenním prostředí rašeliniště během jednoho roku. Vzorky byly sbírány v květnu, srpnu a říjnu v různých vzdálenostech od sebe (10cm, 1m, 10m). Během sezóny jsme pozorovali nárůst druhové bohatosti a také pokles dominance druhů, spolu s významnými rozdíly v druhovém složení mezi jednotlivými odběry. Na zachování podobnosti druhového složení měly největší...
|
host ::
RSS.