|
|
Studium prekurzorových forem SARS-CoV-2 3-CL proteázy
Nováková, Veronika ; Majerová, Taťána (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Virus SARS-CoV-2 (z angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), původce onemocnění COVID-19 (z angl. coronavirus disease 2019), je obalený virus s pozitivním RNA genomem. Po vazbě viru na receptor buňky a po uvolnění genomu do cytoplazmy dochází k okamžité translaci virového genomu. Překládá se do polyproteinu skládajícího se z nestrukturních proteinů nezbytných pro replikaci viru. Součástí tohoto polyproteinu je také proteáza 3-CL, která se z tohoto polyproteinu autokatalyticky vyštěpuje a dále uvolňuje (a tím aktivuje) jednotlivé proteiny. Vzhledem k této klíčové funkci v replikaci viru se stala proteáza 3-CL významným cílem pro návrh specifických antivirotik. V rámci předložené diplomové práce jsme se zaměřili na studium prekurzorové formy této proteázy, tedy proteázy, která je stále součástí polyproteinu. Prekurzorová forma proteázy 3-CL byla napodobena připojením extramembránového C-koncového fragmentu sousedního proteinu nsp4 o velikosti sto aminokyselin na N-konec maturované formy proteázy. Cílem bylo zjistit, jakým způsobem sekvence přidaná na N-konec maturované proteázy ovlivňuje její enzymové charakteristiky. V rámci práce byly identifikovány mutace N-koncového štěpného místa, které zabrání rozštěpení prekurzoru na maturovanou formu, což umožňuje získání purifikované...
|
|
|
Ubiquitin-proteasome system in studies of its inhibition and its utilization in the cell-based assay measuring viral protease activity
Fürst, Eliška ; Majerová, Taťána (vedoucí práce) ; Čermák, Lukáš (oponent)
a klíčová slova Abstrakt a klíčová slova Ubikvitin-proteazomální systém (UPS) je specificky regulovaná dráha degradace proteinů. Inhibice komponentů UPS může představovat budoucnost léčení lidských nemocí, zejména rakoviny. Modulace UPS však může být i užitečným nástrojem základního výzkumu. Práce se zabývá dvěma nezávislými, avšak metodologicky propojenými, výzkumnými cíli - prvním cílem je hledání substrátu UPS inhibitoru CBU79 a druhým cílem je vývoj buněčného reportérového systému pro sledování aktivity proteáz založený na proteinové degradaci. V první části práce jsme potvrdili dřívější poznatky mechanismu inhibice UPS. Dále jsme pomocí metabolického značení proteinů založeného na click chemii zkoumali, jak UPS inhibitor CBU79 ovlivňuje syntézu proteinů. Analyzovali jsme též cytotoxicitu inhibitoru CBU79 na různých buněčných liniích. Nakonec jsme provedli celogenomové testování pomocí technologie CRISPR/Cas9 s cílem nalezení substrátu tohoto inhibitoru. Zjistili jsme, že inhibitor CBU79 negativně ovlivňuje syntézu proteinů pravděpodobně přes signalizaci buněčné odpovědi na špatně sbalené proteiny. Pomocí tohoto testování jsme nalezli 22 možných cílů inhibitoru, které budou ověřeny v dalších pracích. Ve druhé části práce jsme využili znalosti UPS k navržení neinfekční reportérové buněčné eseje,...
|
|
|
Ubiquitin-proteasome system in studies of its inhibition and its utilization in the cell-based assay measuring viral protease activity
Fürst, Eliška ; Majerová, Taťána (vedoucí práce) ; Čermák, Lukáš (oponent)
a klíčová slova Abstrakt a klíčová slova Ubikvitin-proteazomální systém (UPS) je specificky regulovaná dráha degradace proteinů. Inhibice komponentů UPS může představovat budoucnost léčení lidských nemocí, zejména rakoviny. Modulace UPS však může být i užitečným nástrojem základního výzkumu. Práce se zabývá dvěma nezávislými, avšak metodologicky propojenými, výzkumnými cíli - prvním cílem je hledání substrátu UPS inhibitoru CBU79 a druhým cílem je vývoj buněčného reportérového systému pro sledování aktivity proteáz založený na proteinové degradaci. V první části práce jsme potvrdili dřívější poznatky mechanismu inhibice UPS. Dále jsme pomocí metabolického značení proteinů založeného na click chemii zkoumali, jak UPS inhibitor CBU79 ovlivňuje syntézu proteinů. Analyzovali jsme též cytotoxicitu inhibitoru CBU79 na různých buněčných liniích. Nakonec jsme provedli celogenomové testování pomocí technologie CRISPR/Cas9 s cílem nalezení substrátu tohoto inhibitoru. Zjistili jsme, že inhibitor CBU79 negativně ovlivňuje syntézu proteinů pravděpodobně přes signalizaci buněčné odpovědi na špatně sbalené proteiny. Pomocí tohoto testování jsme nalezli 22 možných cílů inhibitoru, které budou ověřeny v dalších pracích. Ve druhé části práce jsme využili znalosti UPS k navržení neinfekční reportérové buněčné eseje,...
|
host ::
RSS.