|
|
Structure-assisted design of inhibitors targeting medicinally relevant enzymes
Djukic, Stefan ; Maloy Řezáčová, Pavlína (vedoucí práce) ; Kutá-Smatanová, Ivana (oponent) ; Kolenko, Petr (oponent)
Racionální návrh léčiv je moderní efektivní přístup, využívající detailní znalosti trojrozměrné struktury k návrhu a optimalizaci nových inhibitorů cílících na klinicky relevantní enzymy. Metodou strukturní biologie, hojně využívanou v racionálním návrhu léčiv, je rentgenová krystalografie. Její silnou stránkou je schopnost poskytnout detailní obraz komplexu protein-inhibitor s rozlišením umožňujícím analýzu jednotlivých interakcí mezi inhibitorem a proteinem.PNP hraje klíčovou roli v metabolické dráze záchrany purinových nukleotidů, a je tak zajímavým terapeutickým cílem nejen pro léčbu T buněčných hematologických malignit, ale i parazitických infekcí. V našich studiích jsme se zaměřili na lidskou PNP a její ortholog v M. tuberculosis s cílem vyvinout nové inhibitory s vysokou specificitou a selektivitou pro každý z enzymů. Prezentované inhibitory patří do skupiny acyklických nukleosid fosfátů s 9-deazahypoxanthinovou nukleobází, obsahující tři funkční skupiny, které se vážou na všechna tři důležitá rozhraní aktivního místa: purin, fenyl a fosfonátovou skupinu. Nejlepší z inhibitorů dosáhly hodnot IC50 až 19 nM a 4 nM pro lidskou, respektive mykobakteriální PNP. Zavedení malých substituentů, jako například methoxy- nebo bromo- skupiny, na centrální fenylový kruh vedlo ke snížení afinity inhibitoru...
|
|
|
Příprava a krystalizace metabolického represoru LutR z bakterie Bacillus subtilis
Soldánová, Anna ; Maloy Řezáčová, Pavlína (vedoucí práce) ; Kutá-Smatanová, Ivana (oponent)
Metabolické transkripční represory jsou proteiny, které regulují transkripci různých genů bakteriálního metabolismu. Typicky obsahují dvě domény: N-koncovou doménu vázající DNA (DBD, z angl. DNA-binding domain) a C-koncovou doménu vázající molekulu efektoru. Po vazbě efektoru (nejčastěji molekuly metabolitu) protein změní svou konformaci, čímž dojde ke změně jeho afinity k DNA operátoru a následné modulaci transkripce genů kódujících proteiny dané metabolické dráhy. LutR patří do rodiny bakteriálních transkripčních regulátorů GntR. V divokém kmeni Bacillus subtilis RO-NN-1 je LutR zodpovědný za represi transkripce genů potřebných pro využití laktátu, zatímco funkce LutR z laboratorních kmenů B. subtilis PY79 a 168 se liší. Díky mutaci je produkovaný protein o prvních 21 aminokyselin kratší, což výrazně ovlivňuje jeho vazebnou specificitu při rozpoznávání sekvence DNA. Tato varianta LutR pak funguje jako globální regulátor a reguluje velký počet genů, jejichž transkripce je spjata s přechodem z fáze exponenciálního růstu bakteriální populace do fáze stacionární. Znalost 3D struktury komplexu LutR s DNA by pomohla objasnit přesný mechanismus, jakým delece v DBD LutR mění její vazebnou specificitu. V rámci této práce byla heterologní expresí v Escherichia coli připravena DBD LutR z divokých kmenů B....
|
host ::
RSS.